DE19957827A1 - Oligomer-Array mit PNA- und/oder DNA-Oligomeren auf einer Oberfläche - Google Patents
Oligomer-Array mit PNA- und/oder DNA-Oligomeren auf einer OberflächeInfo
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Abstract
Beschrieben wird ein Oligomer-Array mit PNA- (Peptide Nucleic Acids)- und/oder DNA-Oligomeren auf einer Oberfläche, umfassend Oligomere aus jeweils zwischen 6 und 20 Monomeren oder Nukleobasen, wobei diese jeweils mindestens eine Sequenz der allgemeinen Formel DDCGDD oder der allgemeinen Formel DDTGDD oder der allgemeinen Formel HHCGHH oder derallgemeinen Formel HHCAHH umfassen, wobei DOLLAR A H eine der Basen Adenin (A), Cytosin (C) oder Thymin (T) bedeutet und DOLLAR A D eine der Basen Adenin (A), Guanin (G) oder Thymin (T) darstellt, DOLLAR A und wobei der Ort der Oligomere auf der Oberfläche mit der Sequenz der Oligomere korreliert ist. DOLLAR A Die erfindungsgemäßen Oligomar-Arrays werden zur Detektion von Cytosin-Methylierungen in genomischer DNA verwendet.
Description
Die Erfindung betrifft ein Oligomer-Array mit PNA-
(Peptide Nucleic Acids)- und/oder DNA-Oligomeren auf ei
ner Oberfläche.
Die nach den methodischen Entwicklungen der letzten Jahre
in der Molekularbiologie gut studierten Beobachtungsebe
nen sind die Gene selbst, die Übersetzung dieser Gene in
RNA und die daraus entstehenden Proteine. Wann im Laufe
der Entwicklung eines Individuums welches Gen angeschal
tet wird und wie Aktivieren und Inhibieren bestimmter Ge
ne in bestimmten Zellen und Geweben gesteuert wird, ist
mit Ausmaß und Charakter der Methylierung der Gene bzw.
des Genoms korrelierbar. Insofern ist die Annahme nahe
liegend, daß pathogene Zustände sich in einem veränderten
Methylierungsmuster einzelner Gene oder des Genoms äu
ßern.
5-Methylcytosin ist die häufigste kovalent modifizierte
Base in der DNA eukaryotischer Zellen. Sie spielt bei
spielsweise eine Rolle in der Regulation der Transkripti
on, genomischem Imprinting und in der Tumorgenese. Die
Identifizierung von 5-Methylcytosin als Bestandteil gene
tischer Information ist daher von erheblichem Interesse.
5-Methylcytosin-Positionen können jedoch nicht durch Se
quenzierung identifiziert werden, da 5-Methylcytosin das
gleiche Basenpaarungsverhalten aufweist wie Cytosin. Dar
über hinaus geht bei einer PCR-Amplifikation die epigene
tische Information, welche die 5-Methylcytosine tragen,
vollständig verloren.
Die Modifikation der genomischen Base Cytosin zu 5'-
Methylcytosin stellt den bis heute wichtigsten und bestuntersuchten
epigenetischen Parameter dar. Trotzdem gibt
es bis heute zwar Methoden, umfassende Genotypen von Zel
len und Individuen zu ermitteln, aber noch keine ver
gleichbaren Ansätze auch in großem Maße epigenotypische
Information zu generieren und auszuwerten.
Eine relativ neue und die mittlerweile am häufigsten an
gewandte Methode zur Untersuchung von DNA auf 5-
Methylcytosin beruht auf der spezifischen Reaktion von
Bisulphit mit Cytosin, das nach anschließender alkali
scher Hydrolyse in Uracil umgewandelt wird, welches in
seinem Basen-Paarungsverhalten dem Thymidin entspricht.
5-Methylcytosin wird dagegen unter diesen Bedingungen
nicht modifiziert. Damit wird die ursprüngliche DNA so
umgewandelt, daß Methylcytosin, welches ursprünglich
durch sein Hybridisierungsverhalten vom Cytosin nicht un
terschieden werden kann, jetzt durch "normale" molekular
biologische Techniken als einzig verbliebenes Cytosin
beispielsweise durch Amplifikation und Hybridisierung
oder Sequenzierung nachgewiesen werden kann. Alle diese
Techniken beruhen auf Basenpaarung, welche jetzt voll
ausgenutzt werden kann. Der Stand der Technik, was die
Empfindlichkeit betrifft, wird durch ein Verfahren defi
niert, welches die zu untersuchende DNA in einer Agarose-
Matrix einschließt, dadurch die Diffusion und Renaturie
rung der DNA (Bisulphit reagiert nur an einzelsträngiger
DNA) verhindert und alle Fällungs- und Reinigungsschritte
durch schnelle Dialyse ersetzt (Olek, A. et al., Nucl.
Acids. Res. 24, 5064-5066). Mit dieser Methode können
einzelne Zellen untersucht werden, was das Potential der
Methode veranschaulicht. Allerdings werden bisher nur
einzelne Regionen bis etwa 3000 Basenpaare Länge unter
sucht, eine globale Untersuchung von Zellen auf Tausende
von möglichen Methylierungsereignissen ist nicht möglich.
Allerdings kann auch dieses Verfahren keine sehr kleinen
Fragmente aus geringen Probenmengen zuverlässig analysieren.
Diese gehen trotz Diffusionsschutz durch die Matrix
verloren.
Eine Übersicht über die weiteren bekannte Möglichkeiten,
5-Methylcytsosine nachzuweisen, kann auch dem folgenden
Übersichtsartikel entnommen werden: Rein, T., DePamphi
lis, M. L., Zorbas, H., Nucleic Acids Res. 26, 2255
(1998).
Es gibt grundsätzlich mehrere Möglichkeiten, Oligomer-
Arrays auf den unterschiedlichsten Oberflächen herzustel
len:
- 1. Alle Oligomere werden auf herkömmliche Weise einzeln und in relativ großer Menge im Reagenzglas bzw. in den speziellen Syntheseautomaten hergestellt und danach ein zeln auf den Träger aufpipettiert. Dazu verwendet man üb licherweise automatische, hochpräzise Mikropipettierrobo ter. Der Vorteil dieses Verfahrens ist, daß es weitgehend auf bereits optimierten Standardmethoden und -Geräten be ruht. Dadurch kann man qualitativ hochstehende DNA-Arrays mit sehr reinen Oligomeren herstellen, was einen äußerst positiven Einfluß auf die mit dem Array erzielbare Detek tionsempfindlichkeit und -Zuverlässigkeit hat. Der große Nachteil des Verfahrens ist, daß es enorm aufwendig und deshalb teuer ist. Dies gilt in besonderem Masse für die Synthese der einzelnen Oligomere.
- 2. Die Oligomere werden durch Pipettieren in kleinsten Mengen direkt auf dem Substrat synthetisiert. Auf jedem Rasterpunkt wird die dort vorgesehene Oligomerkette Nu kleobase für Nukleobase aufgebaut. Zur Pipettierung ver wendet man ähnlich wie bei Verfahren 1) einen speziali sierten Mikropipettierroboter oder z. B. eine Vorrich tung, die Kanäle zur Zuführung der einzelnen Synthesebau steine zu den jeweiligen Punkten des Arrays enthält (EP-A 0915897). Das chemische Syntheseverfahren ist grundsätz lich das gleiche wie bei der herkömmlichen Oligomer- Synthese im Syntheseautomaten. Der Unterschied ist, daß alle Oligomere unabhängig von deren Anzahl gleichzeitig, von einer einzigen automatischen Anlage direkt am vorge sehenen Bestimmungsort hergestellt werden. Die bei Metho de 1) separaten Arbeitsschritte Oligomer-Synthese und Mi kropipettierung sind nun zu einem einzigen Arbeitsschritt zusammengefaßt. Der Aufwand an Geräten und an manueller Arbeit wird gegenüber Methode 1) erheblich reduziert.
- 3. Die Oligomere werden wie bei Methode 2) direkt auf dem Substrat synthetisiert, die gezielte Anbindung der richtigen Nukleobasen an den richtigen Rasterpunkten ge schieht jedoch durch eine vollkommen parallele, aus der Halbleiterfertigung stammende photolithographische Tech nik anstelle von sequentiellen, zielgenauen Pipettier schritten. Das Verfahren basiert darauf, daß man mit Licht einer bestimmten Wellenlänge gezielt die 5'-OH Schutzgruppen von Oligonukleotiden entfernen kann. Durch geeignete örtliche Bestrahlungsmuster kann man somit Oli gonukleotid-Enden an genau jenen Rasterpunkten reaktions fähig machen, an die man im nächsten Schritt einen neuen Nukleotidbaustein anbinden will. Bei vollständiger Benet zung der Arrayoberfläche mit einer Nukleotidbaustein- Lösung wird somit nur an den vorher belichteten Stellen eine Nukleobase angebunden, alle unbelichteten Stellen bleiben unverändert. Die örtlichen Belichtungsmuster wer den erzeugt, indem man eine mikrophotographische schwarz weiß Maske zwischen dem Substrat und der Lichtquelle po sitioniert, die alle Rasterstellen abdeckt, die nicht re aktionsfähig gemacht werden sollen. Die Verlängerung der Oligomer-Ketten auf allen Rasterpunkten um eine Nukleoba se geschieht demnach wie folgt: Mit Hilfe einer ersten Maske werden genau jene Rasterpunkt belichtet, welche um die erste der 4 möglichen Sorten von Nukleobasen (z. B. C) erweitert werden müssen. Danach wird der Array mit einer Lösung des entsprechenden Nukleotidbausteins benetzt, worauf nur die belichteten Punkte um diese Base verlän gert werden. Da die neu angebundenen Nukleotidbausteine noch alle über eine Schutzgruppe verfügen, werden sie in den folgenden Schritten nicht weiter reagieren, bis ihre Schutzgruppen durch eine weitere Belichtung abgespaltet werden. Nach diesem Reaktionsschritt wird das Array gewa schen. Nun werden mit Hilfe einer zweiten Maske genau je ne Rasterstellen belichtet, welche um die zweite der 4 möglichen Nukleobasen (z. B. T) erweitert werden müssen. Darauf wird das Array wiederum mit einer Lösung des ent sprechenden Nukleotidbausteins benetzt und die belichte ten Stellen dadurch um diese Base verlängert. Genauso verfährt man für die verbleibenden zwei Nukleobasen (G und A). Für die Verlängerung aller Oligomere um eine Nu kleobase benötigt man demzufolge vier Belichtungsschritte und somit 4 Photomasken.
Diese Methode ist wegen der hohen Parallelität in der
Verarbeitung sehr schnell und effizient, zudem ist sie
wegen der hohen Präzision, die mit Photolithographie er
reicht werden kann, gut dazu geeignet, sehr hohe Raster
dichten zu erzielen.
Eine Übersicht über den Stand der Technik in der Oligomer
Array Herstellung läßt sich auch einer im Januar 1999 er
schienen Sonderausgabe von Nature Genetics (Nature Gene
tics Supplement, Volume 21, January 1999) und der dort
zitierten Literatur entnehmen.
Patente, die sich allgemein auf die Verwendung von Oligo
mer Arrays und photolithographisches Maskendesign bezie
hen, sind z. B. US-A 5,837,832, US-A 5,856,174, WO-A 98/27430
und US-A 5,856,101. Zudem existieren einige
Stoff- und Verfahrenspatente, welche die Verwendung photolabiler
Schutzgruppen an Nukleosiden einschränken, so
z. B. WO-A98/39348 und US-A 5,763,599.
Um DNA zu immobilisieren, existieren verschiedene Verfah
ren. Das bekannteste Verfahren ist die Festbindung einer
DNA, welche mit Biotin funktionalisiert ist, an eine
Streptavidin-beschichtete Oberfläche. Die Bindungsstärke
dieses Systems entspricht einer kovalenten chemischen
Bindung ohne eine zu sein. Um eine Ziel-DNA kovalent an
eine chemisch vorbereitete Oberfläche binden zu können,
bedarf es einer entsprechenden Funktionalität der Ziel-
DNA. DNA selbst besitzt keine Funktionalisierung, die ge
eignet ist. Es gibt verschiedene Varianten in eine Ziel-
DNA eine geeignete Funktionalisierung einzuführen: Zwei
leicht zu handhabende Funktionalisierungen sind primäre,
aliphatische Amine und Thiole. Solche Amine werden quan
titativ mit N-Hydroxy-succinimidestern umgesetzt und
Thiole reagieren unter geeigneten Bedingungen quantitativ
mit Alkyliodiden. Eine Schwierigkeit besteht im Einführen
einer solchen Funktionalisierung in eine DNA. Die ein
fachste Variante ist die Einführung durch einen Primer
einer PCR. Gezeigte Varianten benützen 5'-modifizierte
Primer (NH2 und SH) und einen bifunktionalen Linker.
Ein wesentlicher Bestandteil der Immobilisierung auf ei
ner Oberfläche ist ihre Beschaffenheit. Bis jetzt be
schriebene Systeme sind hauptsächlich aus Silizium oder
Metall (magnetic beads). Eine weitere Methode zur Bindung
einer Ziel-DNA basiert darauf, eine kurze Erkennungsse
quenz (z. B. 20 Basen) in der Ziel-DNA zur Hybridisierung
an ein oberflächenimmobilisiertes Oligonukleotid zu ver
wenden.
Als Sonden, die in einem Oligomer-Array auf einer Ober
fläche fixiert werden, kommen Oligonukleotide in Frage,
jedoch bietet sich auch jede Modifikation von Nukleinsäuren
an, z. B. Peptide Nucleic Acids (PNA), (Nielsen, P. E.,
Buchardt, O., Egholm, M. and Berg, R. H. 1993. Peptide
nucleic acids. US Patent. 5,539,082; Buchardt, O., Eg
holm, M., Berg, R. H. and Nielsen, P. E. 1993. Peptide
nucleic acids and their potential applications in bio
technology. Trends in Biotechnology, 11: 384-386), Phos
phorothioatoligonukleotide oder Methylphosphonatoligonu
kleotide. Die Spezifität einer Sonde ist sehr wesentlich.
Peptide Nucleic Acids haben ein ungeladenes Rückgrat,
welches gleichzeitig chemisch sehr stark von der gängigen
Zucker-Phosphat Struktur des Rückgrats in Nukleinsäuren
abweicht. Das Rückgrat einer PNA hat eine Amidsequenz an
stelle des Zucker-Phosphat Rückgrats gewöhnlicher DNA.
PNA hybridisiert sehr gut mit DNA komplementärer Sequenz.
Die Schmelztemperatur eines PNA/DNA-Hybrids ist höher als
die des entsprechenden DNA/DNA-Hybrids und die Abhängig
keit der Hybridisierung von Puffersalzen ist relativ ge
ring.
Matrix-assistierte Laser Desorptions/Ionisations Massen
spektrometrie (MALDI) ist eine neue, sehr leistungsfähige
Entwicklung für die Analyse von Biomolekülen (Karas, M.
and Hillenkamp, F. 1988. Laser desorption ionization of
proteins with molecular masses exceeding 10.000 daltons.
Anal. Chem. 60: 2299-2301). Ein Analytmolekül wird in ei
ne im UV absorbierende Matrix eingebettet. Durch einen
kurzen Laserpuls wird die Matrix ins Vakuum verdampft und
das Analyt so unfragmentiert in die Gasphase befördert.
Eine angelegte Spannung beschleunigt die Ionen in ein
feldfreies Flugrohr. Auf Grund ihrer verschiedenen Massen
werden Ionen unterschiedlich stark beschleunigt. Kleinere
Ionen erreichen den Detektor früher als größere und die
Flugzeit wird in die Masse der Ionen umgerechnet.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es, Oligomer-
Arrays bereitzustellen, welche sich für die Detektion von
Cytosin Methylierungen besonders eignen.
Die Aufgabe wird erfindungsgemäß dadurch gelöst, daß ein
Oligomer-Array mit PNA-(Peptide Nucleic Acids)- und/oder
DNA-Oligomeren auf einer Oberfläche geschaffen wird, um
fassend Oligomere aus jeweils zwischen 6 und 20 Monomeren
oder Nukleobasen, wobei diese jeweils mindestens eine Se
quenz der allgemeinen Formel DDCGDD oder der allgemeinen
Formel DDTGDD oder der allgemeinen Formel HHCGHH oder der
allgemeinen Formel HHCAHH umfassen,
wobei
H eine der Basen Adenin (A), Cytosin (C) oder Thymin (T) bedeutet und
D eine der Basen Adenin (A), Guanin (G) oder Thymin (T) darstellt,
und wobei der Ort der Oligomere auf der Oberfläche mit der Sequenz der Oligomere korreliert ist.
H eine der Basen Adenin (A), Cytosin (C) oder Thymin (T) bedeutet und
D eine der Basen Adenin (A), Guanin (G) oder Thymin (T) darstellt,
und wobei der Ort der Oligomere auf der Oberfläche mit der Sequenz der Oligomere korreliert ist.
Erfindungsgemäß bevorzugt ist es, daß die Oberfläche eben
ist und die Oligomere in einem rechtwinkligen oder
hexagonalen Raster, das die Zuordnung zu Koordinaten er
laubt, darauf angeordnet sind. Es können aber auch andere
zweckmäßige geometrische Anordnungen gewählt werden, wel
che die Möglichkeiten der Automatisierung verbessern hel
fen wie beispielsweise circulare Anordnungen.
Bevorzugt ist ein Oligomer-Array umfassend Sequenzen der
allgemeinen Formel DDCGDD und der allgemeinen Formel
DDTGDD und der allgemeinen Formel HHCGHH und der allge
meinen Formel HHCAHH.
Besonders bevorzugt ist ein Oligomer-Array umfassend Se
quenzen der allgemeinen Formel DDCGDD und der allgemeinen
Formel DDTGDD oder Sequenzen der allgemeinen Formel
HHCGHH und der allgemeinen Formel HHCAHH.
Bevorzugt ist es dabei, daß dieses mindestens 100 ver
schiedene Oligomere umfaßt.
Es ist ferner bevorzugt, daß die Oberfläche aus Glas ist.
Bevorzugt ist auch, daß die Oberfläche aus Metall oder
einem anderen leitfähigen Material ist. Ganz besonders
bevorzugt ist dabei, daß die Oberfläche das Target eines
MALDI-Massenspektrometers ist.
Die vorliegende Erfindung beschreibt somit Oligomer-
Arrays, die zur Detektion des Methylierungszustandes ge
nomischer DNA Proben verwendbar sind.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist
daher die Verwendung eines erfindungsgemäßen Oligomer-
Arrays zur Hybridisierung von DNA-Fragmenten nach vorhe
riger Amplifikation.
Besonders bevorzugt ist es dabei, daß man die DNA vor der
Amplifikation mit einer Bisulfitlösung (oder Hydrogensul
fit-, Disulfitlösung) behandelt.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist
auch die Verwendung eines erfindungsgemäßen Oligomer-
Arrays zur Detektion von Cytosin-Methylierungen in geno
mischer DNA.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist also eine An
ordnung, vorzugsweise in Form eines Oligomer-Arrays, von
PNA(Peptide Nucleic Acids)- oder DNA-Oligomeren auf ei
ner Oberfläche, umfassend Oligomere aus jeweils zwischen
6 und 20 Monomeren (oder Nukleobasen), die wiederum Sequenzen
der allgemeinen Formel DDCGDD und/oder der allge
meinen Formel DDTGDD und/oder der allgemeinen Formel
HHCGHH und/oder der allgemeinen Formel HHCAHH umfassen,
wobei der Ort der Oligomere auf der Oberfläche jeweils
einen Rückschluß auf ihre Sequenz(en) erlaubt. Oligomer-
Arrays dieses Typs sind besonders zur Detektion von Cyto
sin Methylierungen in genomischer DNA geeignet. Die oben
aufgeführten Sequenzen hybridisieren je nach Methylie
rungsstatus der DNA nach deren chemischer Vorbehandlung
mit Bisulfit unterschiedlich stark.
Um die von diesen Hybridisierungen ausgehenden Signale
besser den eingesetzten Oligomersequenzen zuordnen zu
können, ist es besonders bevorzugt, daß die Oberfläche
eben ist und die Oligomere in einem rechtwinkligen oder
hexagonalen Raster, das die Zuordnung zu Koordinaten er
laubt, darauf angeordnet sind.
Besonders bevorzugt ist eine Anordnung von PNA(Peptide
Nucleic Acids)- oder DNA-Oligomeren auf einer Oberfläche,
umfassend Oligomere aus jeweils zwischen 6 und 20 Monome
ren (oder Nukleobasen), umfassend Sequenzen der allgemei
nen Formel DDCGDD und der allgemeinen Formel DDTGDD und
der allgemeinen Formel HHCGHH und der allgemeinen Formel
HHCAHH, wobei der Ort der Oligomere auf der Oberfläche
jeweils einen Rückschluß auf ihre Sequenz(en) erlaubt.
Besonders bevorzugt ist eine Anordnung von PNA(Peptide
Nucleic Acids)- oder DNA-Oligomeren auf einer Oberfläche,
umfassend Oligomere aus jeweils zwischen 6 und 20 Monome
ren (oder Nukleobasen) der allgemeinen Formel DDCGDD und
der allgemeinen Formel DDTGDD, wobei der Ort der Oligome
re auf der Oberfläche jeweils einen Rückschluß auf ihre
Sequenz(en) erlaubt.
Besonders bevorzugt ist eine Anordnung von PNA(Peptide
Nucleic Acids)- oder DNA-Oligomeren auf einer Oberfläche,
umfassend Oligomere aus jeweils zwischen 6 und 20 Monome
ren (oder Nukleobasen) der allgemeinen Formel HHCGHH und
der allgemeinen Formel HHCAHH, wobei der Ort der Oligome
re auf der Oberfläche jeweils einen Rückschluß auf ihre
Sequenz(en) erlaubt.
Besonders bevorzugt ist es zudem, daß die Anordnung min
destens 100 verschiedene Oligomere umfaßt, die jeweils
mindestens eine der Sequenzen DDCGDD, DDTGDD, HHCGHH oder
HHCAHH umfassen.
In einer besonders bevorzugten Ausführung besteht die
Oberfläche der Anordnung aus Glas. In einer weiteren be
vorzugten Ausführung besteht die Oberfläche der Anordnung
aus Metall oder einem anderen leitfähigen Material. In
einer ebenfalls besonders bevorzugten Ausführung ist die
Anordnung dadurch gekennzeichnet, daß die Oberfläche das
Target eines MALDI-Massenspektrometers ist.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist zudem die Ver
wendung einer Anordnung von PNA(Peptide Nucleic Acids)-
oder DNA-Oligomeren auf einer Oberfläche, umfassend Oli
gomere aus jeweils zwischen 6 und 20 Monomeren (oder Nu
kleobasen), die wiederum Sequenzen der allgemeinen Formel
DDCGDD und/oder der allgemeinen Formel DDTGDD und/oder
der allgemeinen Formel HHCGHH und/oder der allgemeinen
Formel HHCAHH umfassen, wobei der Ort der Oligomere auf
der Oberfläche jeweils einen Rückschluß auf ihre Se
quenz(en) erlaubt, zur Hybridisierung von DNA-Fragmenten,
die zuvor amplifiziert wurden.
Besonders bevorzugt ist dabei der Einsatz von DNA-
Fragmenten, die mittels der Polymerase-Kettenreaktion
hergestellt wurden.
Besonders bevorzugt ist zudem die Verwendung einer Anord
nung von PNA(Peptide Nucleic Acids)- oder DNA-Oligomeren
auf einer Oberfläche, umfassend Oligomere aus jeweils
zwischen 6 und 20 Monomeren (oder Nukleobasen), die wie
derum Sequenzen der allgemeinen Formel DDCGDD und/oder
der allgemeinen Formel DDTGDD und/oder der allgemeinen
Formel HHCGHH und/oder der allgemeinen Formel HHCAHH um
fassen, wobei der Ort der Oligomere auf der Oberfläche
jeweils einen Rückschluß auf ihre Sequenz(en) erlaubt,
zur Hybridisierung von DNA, die zuvor mit einer Bisulfit
lösung (oder Hydrogensulfit, Disulfit) behandelt wurde.
Besonders bevorzugt wurde die DNA amplifiziert.
Besonders bevorzugt ist zudem die Verwendung einer Anord
nung von PNA(Peptide Nucleic Acids)- oder DNA-Oligomeren
auf einer Oberfläche, umfassend Oligomere aus jeweils
zwischen 6 und 20 Monomeren (oder Nukleobasen), die wie
derum Sequenzen der allgemeinen Formel DDCGDD und/oder
der allgemeinen Formel DDTGDD und/oder der allgemeinen
Formel HHCGHH und/oder der allgemeinen Formel HHCAHH um
fassen, wobei der Ort der Oligomere auf der Oberfläche
jeweils einen Rückschluß auf ihre Sequenz(en) erlaubt,
für die Detektion von Cytosin-Methylierungen in genomi
scher DNA.
In der Fig. 1 ist die erfindungsgemäße Verwendung der
erfindungsgemäßen Oligomer-Arrays zur Detektion von Cyto
sin-Methylierungsmustern in genomischer DNA beispielhaft
erläutert.
In der Fig. 1 habe die Buchstaben H, D und N die folgen
de Bedeutung:
H stellt eine der Basen Adenin (A), Cytosin (C) oder Thymin (T),
D eine der Basen Adenin (A), Guanin (G) oder Thymin (T) und
N eine der Basen Adenin (A), Guanin (G), Cytosin (C) oder Thymin (T) dar.
H stellt eine der Basen Adenin (A), Cytosin (C) oder Thymin (T),
D eine der Basen Adenin (A), Guanin (G) oder Thymin (T) und
N eine der Basen Adenin (A), Guanin (G), Cytosin (C) oder Thymin (T) dar.
DNA-Sequenzen, welche sich lediglich in der Methylierung
von Cytosin unterscheiden, ergeben nach der Behandlung
mit Bisulfit eine veränderte Sequenz der Nukleobasen. Das
methylierte Cytosin wird durch die Bisulfitbehandlung
nicht verändert, während das nicht methylierte Cytosin zu
Thymin umgewandelt wird. Dies führt nach der Amplifikati
on zu unterschiedlichen Sequenzen, welche dann an ver
schiedenen Stellen des Oligomer-Arrays binden, an denen
komplementäre Sequenzen vorhanden sind. Somit ist, da die
Sequenzen auf dem Oligomer-Array bekannt sind, ein Rück
schluß auf eine in der ursprünglichen DNA vorhandenen Me
thlylierung des Cytosins möglich.
Claims (11)
1. Oligomer-Array mit PNA-(Peptide Nucleic Acids)-
und/oder DNA-Oligomeren auf einer Oberfläche, umfas
send Oligomere aus jeweils zwischen 6 und 20 Monome
ren oder Nukleobasen, wobei diese jeweils mindestens
eine Sequenz der allgemeinen Formel DDCGDD oder der
allgemeinen Formel DDTGDD oder der allgemeinen For
mel HHCGHH oder der allgemeinen Formel HHCAHH umfas
sen,
wobei
H eine der Basen Adenin (A), Cytosin (C) oder Thymin (T) bedeutet und
D eine der Basen Adenin (A), Guanin (G) oder Thy min (T) darstellt,
und wobei der Ort der Oligomere auf der Oberfläche mit der Sequenz der Oligomere korreliert ist.
H eine der Basen Adenin (A), Cytosin (C) oder Thymin (T) bedeutet und
D eine der Basen Adenin (A), Guanin (G) oder Thy min (T) darstellt,
und wobei der Ort der Oligomere auf der Oberfläche mit der Sequenz der Oligomere korreliert ist.
2. Oligomer-Array nach Anspruch 1, dadurch gekennzeich
net, daß die Oberfläche eben ist und die Oligomere in
einem rechtwinkligen oder hexagonalen Raster, das die
Zuordnung zu Koordinaten erlaubt, darauf angeordnet
sind.
3. Oligomer-Array nach Anspruch 1 oder 2, umfassend Se
quenzen der allgemeinen Formel DDCGDD und der allge
meinen Formel DDTGDD und der allgemeinen Formel
HHCGHH und der allgemeinen Formel HHCAHH.
4. Oligomer-Array nach Anspruch 1 oder 2, umfassend Se
quenzen der allgemeinen Formel DDCGDD und der allge
meinen Formel DDTGDD oder Sequenzen der allgemeinen
Formel HHCGHH und der allgemeinen Formel HHCAHH.
5. Oligomer-Array nach einem der Ansprüche 1 bis 4, da
durch gekennzeichnet, daß dieses mindestens 100 ver
schiedene Oligomere umfaßt.
6. Oligomer-Array nach einem der Ansprüche 1 bis 5, da
durch gekennzeichnet, daß die Oberfläche aus Glas
ist.
7. Oligomer-Array nach Ansprüche 1 bis 5, dadurch ge
kennzeichnet, daß die Oberfläche aus Metall oder ei
nem anderen leitfähigen Material ist.
8. Oligomer-Array nach Anspruch 7, dadurch gekennzeich
net, daß die Oberfläche das Target eines MALDI-
Massenspektrometers ist.
9. Verwendung eines Oligomer-Arrays nach Anspruch 1 zur
Hybridisierung von DNA-Fragmenten nach vorheriger
Amplifikation.
10. Verwendung gemäß Anspruch 9, dadurch gekennzeichnet,
daß man die DNA vor der Amplifikation mit einer Bi
sulfitlösung (oder Hydrogensulfit-, Disulfitlösung)
behandelt.
11. Verwendung eines Oligomer-Arrays nach Anspruch 1 zur
Detektion von Cytosin-Methylierungen in genomischer
DNA.
Priority Applications (20)
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---|---|---|---|
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DE50014333T DE50014333D1 (de) | 1999-11-25 | 2000-11-24 | Oligomer-array mit pna- und/oder dna-oligomeren auf einer oberfläche |
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Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE10145226A1 (de) * | 2001-09-13 | 2003-04-10 | Lifebits Ag | Herstellung von trägergebundenen Molekülen |
DE10142643A1 (de) * | 2001-08-31 | 2003-04-24 | Clondiag Chip Tech Gmbh | Detektion von Wechselwirkungen auf Sonden-Arrays |
Families Citing this family (41)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1263773A4 (de) | 2000-03-14 | 2005-08-31 | Active Motif | Analoge von oligonukleotiden, methoden der synthese und methoden der verwendung |
AUPR142500A0 (en) * | 2000-11-13 | 2000-12-07 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | A peptide nucleic acid-based assay for the detection of specific nucleic acid sequences |
US20110151438A9 (en) | 2001-11-19 | 2011-06-23 | Affymetrix, Inc. | Methods of Analysis of Methylation |
CA2442438C (en) * | 2002-10-04 | 2012-06-19 | Nisshinbo Industries, Inc. | Oligonucleotide-immobilized substrate for detecting methylation |
US7799525B2 (en) | 2003-06-17 | 2010-09-21 | Human Genetic Signatures Pty Ltd. | Methods for genome amplification |
WO2005024053A1 (en) | 2003-09-04 | 2005-03-17 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Nucleic acid detection assay |
CA2496997A1 (en) * | 2004-02-13 | 2005-08-13 | Affymetrix, Inc. | Analysis of methylation status using nucleic acid arrays |
US8168777B2 (en) | 2004-04-29 | 2012-05-01 | Human Genetic Signatures Pty. Ltd. | Bisulphite reagent treatment of nucleic acid |
WO2006026828A1 (en) | 2004-09-10 | 2006-03-16 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Amplification blocker comprising intercalating nucleic acids (tna) containing intercalating pseudonucleotides (ipn) |
EP3061833B1 (de) | 2004-09-30 | 2018-03-14 | Epigenomics AG | Verfahren zur bereitstellung von dna-fragmenten aus einer archivierten probe |
NZ555620A (en) | 2004-12-03 | 2008-08-29 | Human Genetic Signatures Pty | Methods for simplifying microbial nucleic acids by chemical modification of cytosines |
WO2006088978A1 (en) | 2005-02-16 | 2006-08-24 | Epigenomics, Inc. | Method for determining the methylation pattern of a polynucleic acid |
DK1871912T3 (da) | 2005-04-15 | 2012-05-14 | Epigenomics Ag | Fremgangsmåde til bestemmelse af DNA-methylering i blod- eller urinprøver |
AU2006251866B2 (en) | 2005-05-26 | 2007-11-29 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Isothermal strand displacement amplification using primers containing a non-regular base |
US8343738B2 (en) | 2005-09-14 | 2013-01-01 | Human Genetic Signatures Pty. Ltd. | Assay for screening for potential cervical cancer |
JP4960244B2 (ja) | 2005-09-22 | 2012-06-27 | 出光興産株式会社 | 酸化物材料、及びスパッタリングターゲット |
US8912129B2 (en) | 2005-11-17 | 2014-12-16 | Epigenomics Ag | Method for the determination of the DNA methylation level of a CPG position in identical cells within a tissue sample |
US7901882B2 (en) | 2006-03-31 | 2011-03-08 | Affymetrix, Inc. | Analysis of methylation using nucleic acid arrays |
US8586006B2 (en) | 2006-08-09 | 2013-11-19 | Institute For Systems Biology | Organ-specific proteins and methods of their use |
DK3101141T3 (da) | 2007-06-08 | 2020-02-03 | Epigenomics Ag | Fremgangsmåde til methyleringsanalyse |
EP2215250B1 (de) | 2007-11-27 | 2013-02-27 | Human Genetic Signatures Pty Ltd | Enzyme zur amplifikation und zum kopieren bisulphit-modifizierter nukleinsäuren |
CA2755784C (en) | 2009-03-16 | 2020-03-24 | Pangu Biopharma Limited | Compositions and methods comprising histidyl-trna synthetase splice variants having non-canonical biological activities |
EP2414513B1 (de) | 2009-03-31 | 2015-10-28 | Atyr Pharma, Inc. | Zusammensetzungen und verfahren mit aspartyl-trna-synthetasen mit nichtkanonischen biologischen aktivitäten |
AU2011248625B2 (en) | 2010-04-26 | 2017-01-05 | Pangu Biopharma Limited | Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of cysteinyl-tRNA synthetase |
JP6294074B2 (ja) | 2010-04-27 | 2018-03-14 | エータイアー ファーマ, インコーポレイテッド | イソロイシルtRNA合成酵素のタンパク質フラグメントに関連した治療用、診断用および抗体組成物の革新的発見 |
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CA2797374C (en) | 2010-04-29 | 2021-02-16 | Pangu Biopharma Limited | Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of asparaginyl trna synthetases |
CN103096912A (zh) | 2010-05-03 | 2013-05-08 | Atyr医药公司 | 与苯丙氨酰-α-tRNA合成酶的蛋白片段相关的治疗、诊断和抗体组合物的创新发现 |
CA2797978C (en) | 2010-05-03 | 2019-12-03 | Atyr Pharma, Inc. | Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of methionyl-trna synthetases |
CN103096925A (zh) | 2010-05-03 | 2013-05-08 | Atyr医药公司 | 与精氨酰-tRNA合成酶的蛋白片段相关的治疗、诊断和抗体组合物的创新发现 |
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JP6396656B2 (ja) | 2010-05-14 | 2018-09-26 | エータイアー ファーマ, インコーポレイテッド | フェニルアラニルβtRNA合成酵素のタンパク質フラグメントに関連した治療用、診断用および抗体組成物の革新的発見 |
JP6027965B2 (ja) | 2010-05-17 | 2016-11-16 | エータイアー ファーマ, インコーポレイテッド | ロイシルtRNA合成酵素のタンパク質フラグメントに関連した治療用、診断用および抗体組成物の革新的発見 |
US8962560B2 (en) | 2010-06-01 | 2015-02-24 | Atyr Pharma Inc. | Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of Lysyl-tRNA synthetases |
CA2804416C (en) | 2010-07-12 | 2020-04-28 | Atyr Pharma, Inc. | Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of glycyl-trna synthetases |
AU2011293294B2 (en) | 2010-08-25 | 2016-03-24 | Pangu Biopharma Limited | Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of Tyrosyl-tRNA synthetases |
CN103874766B (zh) | 2011-09-07 | 2017-07-18 | 人类遗传标记控股有限公司 | 分子检测测定 |
RU2659423C2 (ru) | 2012-02-16 | 2018-07-02 | ЭйТИР ФАРМА, ИНК. | ГИСТИДИЛ-тРНК-СИНТЕТАЗЫ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ АУТОИММУННЫХ И ВОСПАЛИТЕЛЬНЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ |
US10260103B2 (en) | 2012-11-27 | 2019-04-16 | Pontificia Universidad Catolica De Chile | Compositions and methods for diagnosing thyroid tumors |
Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1998015652A1 (en) * | 1996-10-04 | 1998-04-16 | Brax Genomics Limited | Nucleic acid sequencing by adaptator ligation |
WO1998020020A2 (en) * | 1996-11-06 | 1998-05-14 | Sequenom, Inc. | High density immobilization of nucleic acids |
WO1998048047A2 (en) * | 1997-04-21 | 1998-10-29 | Brax Group Limited | Characterising dna |
WO1999005320A1 (en) * | 1997-07-22 | 1999-02-04 | Rapigene, Inc. | Multiple functionalities within an array element and uses thereof |
WO1999029898A2 (de) * | 1997-12-05 | 1999-06-17 | MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Verfahren zur identifikation von nucleinsäuren durch matrix-assistierte laser desorptions/ionisations massenspektrometrie |
WO1999029897A1 (de) * | 1997-12-05 | 1999-06-17 | MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Verfahren zur identifikation von nucleinsäuren durch elektrospray massenspektrometrie |
WO1999057323A1 (en) * | 1998-05-04 | 1999-11-11 | Baylor College Of Medicine | Chemically modified nucleic acids and methods for coupling nucleic acids to solid support |
WO1999057311A2 (en) * | 1998-04-30 | 1999-11-11 | MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Novel method for the identification of clones conferring a desired biological property from an expression library |
Family Cites Families (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5695926A (en) * | 1990-06-11 | 1997-12-09 | Bio Merieux | Sandwich hybridization assays using very short capture probes noncovalently bound to a hydrophobic support |
US5474796A (en) * | 1991-09-04 | 1995-12-12 | Protogene Laboratories, Inc. | Method and apparatus for conducting an array of chemical reactions on a support surface |
WO1993025563A1 (en) | 1992-06-17 | 1993-12-23 | City Of Hope | A method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences |
US5824473A (en) * | 1993-12-10 | 1998-10-20 | California Institute Of Technology | Nucleic acid mediated electron transfer |
US5589330A (en) * | 1994-07-28 | 1996-12-31 | Genzyme Corporation | High-throughput screening method for sequence or genetic alterations in nucleic acids using elution and sequencing of complementary oligonucleotides |
US5514551A (en) * | 1994-10-14 | 1996-05-07 | Gen-Probe Incorporated | Compositions for the detection of Chlamydia trachomatis |
US6017704A (en) | 1996-06-03 | 2000-01-25 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids |
CA2297661A1 (en) * | 1997-07-22 | 1999-02-04 | Darwin Molecular Corp. | Amplification and other enzymatic reactions performed on nucleic acid arrays |
DE19754482A1 (de) * | 1997-11-27 | 1999-07-01 | Epigenomics Gmbh | Verfahren zur Herstellung komplexer DNA-Methylierungs-Fingerabdrücke |
US6664045B1 (en) * | 1998-06-18 | 2003-12-16 | Boston Probes, Inc. | PNA probes, probe sets, methods and kits pertaining to the detection of microorganisms |
US6605432B1 (en) * | 1999-02-05 | 2003-08-12 | Curators Of The University Of Missouri | High-throughput methods for detecting DNA methylation |
DE19951189C2 (de) * | 1999-10-15 | 2003-11-06 | Epigenomics Ag | Verfahren zur Unterscheidung von 5-Position-Methylierungsänderungen von Cytosin-Basen und Cytosin-zu-Thymin-Mutationen und zum Nachweis von single nucleotide polymorphisms (SNPs) oder Punktmutation in genomischer DNA |
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-
2006
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Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1998015652A1 (en) * | 1996-10-04 | 1998-04-16 | Brax Genomics Limited | Nucleic acid sequencing by adaptator ligation |
WO1998020020A2 (en) * | 1996-11-06 | 1998-05-14 | Sequenom, Inc. | High density immobilization of nucleic acids |
WO1998048047A2 (en) * | 1997-04-21 | 1998-10-29 | Brax Group Limited | Characterising dna |
WO1999005320A1 (en) * | 1997-07-22 | 1999-02-04 | Rapigene, Inc. | Multiple functionalities within an array element and uses thereof |
WO1999029898A2 (de) * | 1997-12-05 | 1999-06-17 | MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Verfahren zur identifikation von nucleinsäuren durch matrix-assistierte laser desorptions/ionisations massenspektrometrie |
WO1999029897A1 (de) * | 1997-12-05 | 1999-06-17 | MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Verfahren zur identifikation von nucleinsäuren durch elektrospray massenspektrometrie |
WO1999057311A2 (en) * | 1998-04-30 | 1999-11-11 | MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. | Novel method for the identification of clones conferring a desired biological property from an expression library |
WO1999057323A1 (en) * | 1998-05-04 | 1999-11-11 | Baylor College Of Medicine | Chemically modified nucleic acids and methods for coupling nucleic acids to solid support |
Non-Patent Citations (6)
Title |
---|
Anal.Chem. 69 (1997) 2438-2443 * |
Anal.Chem. 69 (1997) 4540-4546 * |
Angew.Chem. 111 (1999) 3039-3043 * |
Chem.Abstr. 131 (1999) 332581k, (BioMethods (Basel) 10 (1999) 399-415) * |
MEDLINE AN 96375669 (Genetic Analysis 13 (1996) 4-14) * |
Proc.Natl.Acad.Sci.USA 96(1999) 10016-10020 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE10142643A1 (de) * | 2001-08-31 | 2003-04-24 | Clondiag Chip Tech Gmbh | Detektion von Wechselwirkungen auf Sonden-Arrays |
DE10145226A1 (de) * | 2001-09-13 | 2003-04-10 | Lifebits Ag | Herstellung von trägergebundenen Molekülen |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP1232287A2 (de) | 2002-08-21 |
EP1816216A2 (de) | 2007-08-08 |
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