CN103289988A - 一种用于制备样品的盒 - Google Patents
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Abstract
一种从样品中分离核酸的方法,包括如下步骤:接收位于一盒的混合室中的样品,盒包括:混合室;第一清洗室;第一阀,其包括阀壳,阀壳界定了与混合室流体连通的第一阀孔和与第一清洗室流体连通的第二阀孔;第一反应室,其经配置以容纳裂解缓冲液;第二反应室,其经配置经容纳磁性颗粒;和第三反应室,其经配置以容纳结合缓冲液;其中第一、第二和第三反应室中的每一者包含可刺破部分,可刺破部分界定位于混合室和第一、第二和第三反应室之间的边界的至少一部分;通过刺破第一、第二、第三反应室的可刺破部分分别将裂解缓冲液、磁性颗粒输送和结合缓冲液输送至混合室;将样品的核酸结合至磁性颗粒;等等。
Description
本申请是申请号为200680043554.3、申请日为2006年10月18日、发明名称为“一种用于制备样品的盒”的发明专利申请的分案申请。
相关申请的交叉引用
本发明申请要求2005年10月19日提交的申请号为60/728569、发明名称为“用于分离核酸的方法和装置(Method and Apparatus for Isolating Nucleic Acid)”的美国临时申请,2005年12月22日提交的申请号为60/753622、发明名称为“用于样品制备的盒(Cassette for Sample Preparation)”的美国临时申请,以及2005年12月22日提交的申请号为60/753618、发明名称为“用于样品制备的盒(Cassette forSample Preparation)”的美国临时申请的优先权,这些专利申请通过引用结合在此。
技术领域
本发明涉及生物技术装置领域,并具体地涉及用于制备样品的装置和方法。
背景技术
DNA可以用于开发新的药物,或者将某人与犯罪联系起来。但是,在这样做之前,必须从样品中分离出DNA。例如,这些样品包括血液、尿液、人体细胞、头发、细菌、酵母和组织。这些样品的每一种均包括细胞,而细胞中含有核酸。核酸是一种能够传递遗传信息的核苷酸链。最常见的核酸形式是DNA和RNA。
为了从样品中分离出核酸,现有技术的装置使用了具有几个裸露空腔的盘。样品被置于一个空腔中,并采用常规的处理步骤从样品中分离出DNA。
此现有技术系统具有几个缺点,包括污染。由于空腔是裸露的,污染物容易影响DNA。另外,现有技术系统需要一次制备多个样品。采用现有技术装置难以一次制备一个或两个样品。
发明内容
这里提供一种用于制备样品的盒。所述盒包括:用于接收细胞样品的至少一个混合室;第一保持室;位于该第一保持室中的酶,所述酶能够被输送到至少一个混合室中,以将细胞破碎并从细胞中释放出核酸,得到松散的物质(bulk material)和位于该松散的物质中的核酸;第二保持室;位于该第二保持室中的磁性颗粒,所述磁性颗粒能够被输送到至少一个混合室中,以与核酸进行结合;和至少一个磁体,所述磁体为可定位的,以吸引至少一个混合室中的磁性颗粒与核酸,并且至少部分地从松散的物质分离出核酸。
所述混合室具有顶面,顶面中具有孔。还提供了可拆卸的盖,该可拆卸的盖用于提供与混合室的孔接触的途径。所述酶可以是蛋白酶K。在第一保持室和第二保持室中还可以具有第一柱塞和第二柱塞,每个柱塞均可以运动,以将酶和磁性颗粒分别输送到混合室中。还提供了薄膜,该薄膜是可破裂的,以通过薄膜的相应裂口将酶和磁性颗粒输送到混合室中。在第一保持室和第二保持室中还可以具有第一柱塞和第二柱塞,每个柱塞均可以运动,以使薄膜破裂并将酶和磁性颗粒分别输送到混合室中。还提供了第三保持室以及位于该第三保持室中的裂解液,所述裂解液能够被输送到混合室中,以溶解松散的物质。还提供了第四保持室和位于该第四保持室中的结合溶液,所述结合溶液能够被输送到混合室中,使核酸与磁性颗粒结合。还提供了用于对混合室进行加热的加热元件。
所述盒还可以包括:具有表面的第一分离件;第一输送件,所述第一输送件具有其中有空腔的表面,所述至少一个磁体将磁性颗粒与核酸一起输送到第一输送件的表面空腔中,第一输送件能够相对于第一分离件运动,从而使磁性颗粒与核酸一起离开混合室并经过第一分离件的表面;和第一接收室,所述第一接收室接收经过第一分离件表面的磁性颗粒与核酸。所述盒还可以包括:具有表面的第二分离件;第二输送件,该第二输送件具有其中有空腔的表面,第二输送件能够相对于第二分离件运动,从而使磁性颗粒与核酸一起离开第一接收室并经过第二分离件的表面;和第二接收室,所述第二接收室接收经过第二分离件表面的磁性颗粒与核酸。所述盒还可以包括:具有表面的第三分离件;第三输送件,所述第三输送件具有其中有空腔的表面,第三输送件能够相对第三分离件运动,从而使磁性颗粒与核酸一起离开第二接收室并经过第三分离件的表面;以及第三接收室,所述第三接收室接收经过第三分离件表面的磁性颗粒与核酸。
所述第一接收室可以是清洗室,所述盒还可以包括位于该清洗室中的清洗溶液。所述第二接收室可以是清洗室,所述盒还可以包括位于该清洗室中的清洗溶液。所述第三接收室可以是洗脱室,所述盒还可以包括位于该洗脱室中的洗脱缓冲液,所述洗脱缓冲液用于分离磁性颗粒与核酸。
这里提供一种用于制备样品的盒。所述盒包括:用于接收细胞样品的至少一个混合室,酶能够被加入到混合室中,以破碎细胞并从细胞中释放出核酸,得到松散的物质和位于该松散的物质中的核酸,磁性颗粒能够被加入到混合室中,以与核酸进行结合;具有表面的第一分离件;第一输送件,所述第一输送件具有其中有空腔的表面;磁体,所述磁体为可定位的,以吸引至少一个混合室中的磁性颗粒与核酸,并且至少部分地分离出核酸与松散的物质,并将磁性颗粒与核酸一起输送到第一分离件的表面空腔中,第一输送件能够相对第一分离件运动,使磁性颗粒与核酸一起离开混合室并经过第一分离件的表面;以及第一接收室,所述第一接收室接收经过第一分离件表面的磁性颗粒与核酸。
所述第二件能够相对于第一件转动。所述第一接收室可以是清洗室,所述盒还可以包括位于所述清洗室中的清洗溶液。所述盒还可以包括洗脱室,以及位于该洗脱室中的洗脱缓冲液,所述洗脱缓冲液用于分离磁性颗粒与核酸。所述盒还可以包括:具有表面的第二分离件;第二输送件,所述第二输送件具有其中有空腔的表面,第二输送件能够相对于第二分离件运动,从而使磁性颗粒与核酸一起离开第一接收室并经过第二分离件的表面;和第二接收室,所述第二接收室接收经过第二分离件表面的磁性颗粒与核酸。所述盒还可以包括:具有表面的第三分离件;第三输送件,所述第三输送件具有其中有空腔的表面,第三输送件能够相对于第三分离件运动,从而使磁性颗粒与核酸一起离开第二接收室并经过第三分离件的表面;和第三接收室,所述第三接收室接收经过第三分离件表面的磁性颗粒与核酸。所述第二接收室可以是清洗室,所述盒还可以包括位于所述清洗室中的清洗溶液。所述第三接收室可以是洗脱室,所述盒还可以包括位于所述洗脱室中的洗脱缓冲液,所述洗脱缓冲液用于分离磁性颗粒与核酸。
所述第二室可以是洗脱室,所述盒还可以包括洗脱室,以及位于所述洗脱室中的洗脱缓冲液,所述洗脱缓冲液用于分离磁性颗粒与核酸。所述盒还可以包括:具有表面的第二分离件;第二输送件,所述第二输送件具有其中有空腔的表面,第二输送件能够相对于第二分离件运动,从而使磁性颗粒与核酸一起离开第一接收室并经过第二分离件的表面;以及第二接收室,所述第二接收室接收经过第二分离件表面的磁性颗粒与核酸。所述盒还可以包括:具有表面的第三分离件;第三输送件,所述第三输送件具有其中有空腔的表面,第三输送件能够相对于第三分离件运动,从而使磁性颗粒与核酸一起离开第二接收室并经过第三分离件的表面;以及第三接收室,所述第三接收室接收经过第三分离件表面的磁性颗粒与核酸。第二接收室可以是清洗室,所述盒还可以包括位于所述清洗室中的清洗溶液。第三接收室可以是洗脱室,所述盒还可以包括洗位于所述脱室中的洗脱缓冲液,所述洗脱缓冲液用于分离磁性颗粒与核酸。
本发明提供一种用于制备样品的盒。所述盒包括封闭空间,所述封闭空间包括:混合室,所述混合室包括用于接收具有核酸的细胞样品的孔;具有容纳物的多个保持室,多个保持室中的一个保持室中的容纳物包括磁性颗粒,多个保持室中的一个保持室中的容纳物包括蛋白酶K溶液;多个柱塞,多个柱塞中的每一个柱塞均对应于多个保持室中的一个保持室,以将多个保持室的容纳物输送到混合室中,蛋白酶K溶液破碎细胞并释放出核酸,并且核酸结合于混合室中的磁性颗粒上;连接于混合室的第一阀,所述第一阀包括用于吸引磁性颗粒的可定位的磁体;连接于第一阀的清洗室;连接于第一清洗室的第二阀,所述第二阀包括用于吸引磁性颗粒的可定位的磁体;以及连接于第二阀的洗脱室,所述洗脱室包括用于从洗脱室中移出核酸的孔。
多个保持室之一可以包括结合溶液,多个保持室之一可以包括裂解液,其中,多个柱塞中的一个柱塞可以将结合溶液输送到混合室中,并且多个柱塞中的一个柱塞可以将裂解液输送到混合室中。
本发明提供一种用于制备样品的盒。所述盒包括:用于接收细胞样品的反应室;第一保持室;位于该第一保持室中的酶,所述酶能够被输送到反应室,以破碎细胞并从细胞中释放出核酸,得到松散的物质和位于该松散的物质中的核酸;颗粒室;颗粒室中用于结合核酸的颗粒;第二保持室;第二保持室中用于从颗粒上释放核酸的洗脱缓冲液;和接收洗脱缓冲液和释放的核酸的洗脱室,其中,洗脱缓冲液能够经过颗粒室从保持室被输送到反应室,并进入洗脱室。
所述盒可以包括第三保持室和位于该第三保持室中的裂解液,所述裂解液可以被输送到反应室中以溶解松散的物质。
所述盒可以包括第四保持室以及位于该第四保持室中的结合溶液,所述结合溶液能够被输送到反应室中,使核酸与颗粒结合。
所述反应室可以与颗粒室对齐,所述洗脱室可以与颗粒室对齐。
所述盒可以包括废液室,所述废液室用于接收酶和松散的物质。
所述盒可以包括柱塞,所述柱塞用于将反应室中的容纳物经过颗粒室而输送到废液室中。
所述盒可以包括柱塞,所述柱塞用于将反应室中的容纳物经过颗粒室而输送到洗脱室中。
所述盒可以包括各个第一保持室和位于该第二保持室中的阀,所述阀用于将每个第一保持室和第二保持室中的容纳物输送到反应室中。
所述阀可以包括柱塞,所述柱塞用于从阀将容纳物输送到反应室中。
本发明还提供另一种用于制备样品的盒。所述盒包括封闭空间,所述封闭空间包括:反应室,所述反应室包括用于接收具有核酸的细胞样品的孔;多个保持室;多个保持室中的一个保持室中的酶;多个保持室中的一个保持室中的裂解缓冲液;多个保持室中的一个保持室中的结合缓冲液;多个保持室中的一个保持室中的洗脱缓冲液;颗粒室;位于该颗粒室中的颗粒,所述颗粒能够可释放地与核酸结合;和用于接收释放出的核酸的洗脱室,所述洗脱室包括用于从封闭空间中移出核酸的孔。
所述封闭空间可以包括废液室。
多个保持室中的每一个保持室均可以包括能够将多个保持室中的容纳物输送到反应室中的柱塞。
所述盒可以包括在多个保持室中的一个或多个保持室中的一种或多种清洗缓冲液。
反应室可以与颗粒室对齐,并且所述洗脱室可以与颗粒室对齐。
本发明提供另一种用于制备样品的盒。所述盒包括:用于接收细胞样品的反应室;第一保持室;位于该第一保持室中的酶,所述酶能够被输送到反应室中,以破碎细胞并从细胞中释放出核酸,得到松散的物质和位于该松散的物质中的核酸;颗粒室;位于该颗粒室中的用于结合核酸的颗粒;第二保持室;位于该第二保持室中的洗脱缓冲液,所述洗脱缓冲液用于将核酸从颗粒上释放出;和用于接收洗脱缓冲液和释放的核酸的洗脱室,其中,每个保持室均包括其中具有第一室和至少一个孔的外壳,第一室接收阀,所述阀包括其中具有第二室和至少一个孔的内壳,所述内壳能够相对外壳转动,所述内壳的至少一个孔与外壳的至少一个孔对齐,所述第二室具有容纳物;和位于所述第二室中的柱塞,所述柱塞能够在内壳的至少一个孔与外壳的至少一个孔对齐时,经过内壳的至少一个孔和外壳的至少一个孔对第二室中的容纳物进行输送。
所述盒可以包括第三保持室和位于该第三保持室中的裂解液,所述裂解液能够被输送到反应室中以溶解松散的物质。
所述盒可以包括第四保持室以及位于该第四保持室中的结合溶液,所述结合溶液能够被输送到反应室中以使核酸与颗粒结合。
所述盒可以包括接收酶和松散的物质的废液室。
所述盒可以包括柱塞,所述柱塞用于将反应室中的容纳物经过颗粒室而输送到废液室中。
所述盒可以包括柱塞,所述柱塞用于将反应室中的容纳物经过颗粒室而输送到洗脱室中。
所述反应室可以与颗粒室对齐,并且所述洗脱室可以与颗粒室对齐。
附图说明
下面将参考附图以例子的方式来描述本发明,在附图中:
图1是根据本发明一个实施方式的用于制备样品的盒的侧剖视图;
图2是根据本发明一个实施方式的用于制备样品的盒的透视图;
图3是根据本发明一个实施方式的,使用移液管将样品置于盒内的侧剖视图;
图4是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒使用的舱的透视图;
图5是根据本发明一个实施方式的,图4中的舱使用的仪器的透视图;
图6是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了PK(蛋白酶K)溶液向混合室中的转移;
图7是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了裂解液向混合室中的转移;
图8是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了结合溶液向混合室中的转移;
图9是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了金属珠向混合室中的转移;
图10是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了结合于第一阀的金属珠;
图11是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了金属珠从混合室向清洗室的转移;
图12是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒中使用阀的末端透视图;
图13是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了结合于第二阀的金属珠;
图14是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了金属珠从第一清洗室向第二清洗室的转移;
图15是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了结合于第三阀的金属珠;
图16是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了金属珠从第二清洗室向洗脱室的转移;
图17是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了金属珠从洗脱室向第二清洗室的转移;
图18是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的侧剖视图,该图显示了从洗脱室中移出制备的样品;
图19是舱的透视图,所述舱使用多通道移液管接触多个盒的多个样品;
图20是根据本发明一个实施方式的,图1中的盒的另一个可选实施方式的剖面透视图;
图21是根据本发明一个实施方式的,图20中的盒的组件部分的具体透视图;
图22是根据本发明一个实施方式的,图20中的盒的柱塞的具体透视图;
图23是根据本发明一个实施方式的盒的阀的具体透视图;
图24是根据本发明一个实施方式的,图23中的阀的具体透视图;
图25是根据本发明一个实施方式的用于制备样品的盒的透视图;
图26是图25的盒的部分剖视图;
图27是图25的盒中使用的阀的部分剖面透视图;
图28是图25的阀的部分侧剖视图;
图29是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面立体图,表示将样品加入混合室中;
图30是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了PK溶液向混合室的转移;
图31是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了裂解液向混合室的转移;
图32是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了结合溶液向混合室的转移;
图33是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了样品经过颗粒进入废液室的转移;
图34是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了清洗缓冲液向混合室的输送;
图35是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了清洗缓冲液经过颗粒的输送;
图36是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了第二清洗缓冲液向混合室的输送;
图37是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了第二清洗缓冲液经过颗粒的输送;
图38是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了洗脱缓冲液向混合室输送;
图39是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了第二洗脱缓冲液经过颗粒进入洗脱室的转移;和
图40是根据本发明一个实施方式的,图25中的盒的剖面透视图,该图显示了从洗脱室中移出样品。
具体实施方式
图1表示盒10,可以用于制备细胞样品。盒10包括外壳12,混合室14,第一、第二、第三和第四保持室16、18、20和22,第一、第二、第三和第四柱塞24、26、28和30,第一、第二和第三阀32、34和36,第一和第二清洗室38和40,洗脱室42,第一、第二、第三和第四泵44、46、48和50,第一和第二盖52和54,第一和第二加热元件56和58以及磁体60。
室14、16、18、20、22、38、40和42,柱塞24、26、28和30,阀32、34和36,泵44、46、48和50以及加热元件56和58中的每一个均装在外壳内。盖52和54可移动地装在外壳12上。磁体60可拆卸地定位在第一阀32、第二阀34和第三阀36上。
混合室14具有顶面62、底面64和相对的侧面66、68。混合室的顶面62包括其中的孔70。
第一盖52设计成提供与混合室顶面62的孔70接触的途径。第一盖52和孔70是同轴的。图示的第一盖52可移动地装在外壳12上,从而当打开或去掉盖52时,则孔70为可接触的;如果关闭或装上盖52,则孔70为不可接触的。
薄膜74形成混合室14的一个壁。薄膜74是可破裂的,从而在薄膜74已经破裂或撕开时,混合室14为可接触的。
图示的第一保持室16、第二保持室18、第三保持室20和第四保持室22位于混合室14的旁边,并且彼此垂直对齐。保持室16、18、20、22中的每一个保持室均具有与混合室14的薄膜74相邻的孔76。
盒10还包括位于所述第一保持室16中的磁性铁珠形式的磁性铁颗粒。盒10还包括位于所述第二保持室18中的结合溶液。盒10还包括位于所述第三保持室20中的裂解液。盒10还包括位于所述第四保持室22中的蛋白酶K(PK)溶液。
第一、第二、第三和第四柱塞24、26、28和30分别位于第一、第二、第三和第四保持室16、18、20和22之中。
柱塞16、18、20、22中的每一个柱塞均包括底78、杆80和穿刺件82。杆80从底78上伸出。穿刺件82位于杆80上与底78相反的末端,并且是有尖的。穿刺件82设计成能够破坏或刺破混合室14的薄膜74。
第一泵44是具有抽送部分和喷嘴部分的风箱泵。第一泵44的喷嘴部分位于混合室14内。第一泵44的抽送部分位于混合室的外部,从而使抽送部分能够被启动。
在混合室14的底面64具有加热元件56,用于加热混合室14内的容纳物。加热元件56可以是可变加热元件。
混合室14的相反侧面68还包括孔84。在混合室14的侧面68的孔84与第一清洗室38之间具有第一阀32。
第一阀32具有第一静止件86和第二运动件88,第二运动件88能够相对于第一静止件86运动。第一静止件86包括第一孔90和第二孔92,并具有表面94。第二运动件88具有表面96,其中具有空腔98。磁体60的形状对应于第二运动件88的孔94。磁体60在第二运动件88的孔94中可以运动,并且可以从第二运动件88中卸掉。
盒10包括位于所述第一清洗室38中的清洗溶液。第二泵46也是一个风箱泵,并且第二泵46的喷嘴部分位于第一清洗室38中。
第二阀34位于第一清洗室38和第二清洗室40之间。第二阀34在结构和功能上与第一阀43相同,并且也包括第一静止件86和第二运动件88。第一静止件86包括第一孔90和第二孔92,并具有表面94。第二运动件88具有表面96,其中具有空腔98。
盒10包括位于所述第二清洗室40中的清洗溶液。第三泵48也是风箱泵,并且第三泵48的喷嘴部分位于第二清洗室40中。
在第二清洗室40和洗脱室42之间具有第三阀36。第三阀36在结构和功能上与第一阀32和第二阀34相同,并且也包括第一静止件86和第二运动件88。第一静止件86包括第一孔90和第二孔92,并具有表面94。第二运动件88具有表面96,其中具有空腔98。
盒10包括洗脱室42内的清洗溶液。第四泵50也是风箱泵,并且第四泵50的喷嘴部分位于洗脱室42内。
在洗脱室42的底面具有加热元件58,用于加热洗脱室42内的容纳物。加热元件58可以是可变加热元件。
洗脱室42包括在其顶面的孔100,用于引入洗脱室42内的容纳物。
第二盖54设计成能够提供与洗脱室42顶面的孔100接触的途径。第二盖54与孔100同轴。第二盖54在图中可运动地装在外壳12上,从而当打开或卸掉盖54时,可以接触到孔100;如果关闭或装上盖54,则不能接触到孔100。
参看图2,如上所述,盒10包括外壳12。外壳12包括第一组件部分102、第二组件部分104和第三组件部分106。
第一组件部分102包括混合室14,清洗室38和40,洗脱室42和阀32、34和36中每一个阀的第一静止件86。第一组件部分102还包括位于其一个末端的连接部分108、110(见图1),以及连接件112(见图1)。
第二组件部分104包括保持室16、18、20和22以及用于接收第一泵44的孔。第二组件部分104还包括连接接收部分114、116(见图1)。
第三组件部分106包括分别用于接收第二、第三和第四泵46、48和50的孔,并包括盖52和54。
盒10是通过将第一组件部分102的连接部分108、110分别插入到第二组件部分104的连接接收部分114、116中来进行组装的。然后,利用连接件112将第三组件部分106固定于第一组件部分,从而形成组装的盒10,如图2所示。柱塞24、26、28和30,泵44、46、48和50以及阀32、34和36中每一个阀的第二运动件88插入到盒10中。
在使用时,如图3所示,卸掉第一盖52可以接触到混合室14的孔70。利用移液管118将细胞样品置于组装的盒10中。样品中的细胞包括核酸。将其中具有样品的移液管118置于混合室14中。从移液管118中释放出样品。
如图4所示,通过关闭第一盖52来关闭盒10。然后将盒10与类似的盒10一起装入用于容纳一系列盒10的舱120或架子中。
如图5所示,将舱120置于仪器122中。可以选择一种程序来制备仪器122的盒10中的样品。
如图6所示,将PK溶液加入到样品中。通过移动第四保持室22的柱塞30加入PK溶液。对柱塞30的底78施加作用力使柱塞30移动。当柱塞30的穿刺件82朝混合室14前进时,穿刺件82穿破并撕裂薄膜74。薄膜74破裂后,可以接触到混合室14。柱塞30的继续运动将使第一保持室22的容纳物(例如PK溶液)进入混合室14。
通过第一泵44抽送混合物,使PK溶液与样品混合。PK溶液使样品的细胞壁破碎,得到松散的物质以及位于该松散的物质中的核酸。
如图7所示,将裂解液加入到样品中。按照与柱塞30相同的方式操作柱塞28,将第三保持室20中的裂解液输送到混合室14。抽送样品,将裂解缓冲液与PK溶液和细胞样品混合。所述裂解液通常是盐或清洁剂。裂解液用于溶解松散的物质。裂解液通常不能溶解蛋白质。
加热元件56可以用于加热裂解液和样品。加热元件56可以通过仪器122来控制。如上所述,加热元件56的温度可以变化,并且通过温度的选择来优化裂解液的有效性。
如图8所示,将结合溶液加入到样品、PK溶液和裂解缓冲液中。按照与柱塞30相同的方式操作柱塞26,将第二保持室18中的结合溶液输送到混合室14中。抽送溶液,使结合溶液与PK溶液、溶解溶液和样品混合。结合溶液通常是疏水性的,并增加溶液中的盐。结合溶液使核酸充磁。
如图9所示,将磁珠加入到溶液中,并抽送两分钟。按照与柱塞30相同的方式操作柱塞24,将第一保持室18中的裂解液输送到混合室14中。磁珠与充磁的核酸结合。
如图10所示,磁珠与核酸一起结合于第一阀32。将可拆卸的可定位磁体60置于第一阀32上,并滑动到第一阀32的位置上,将与核酸结合的磁珠从混合室14中吸引到第一阀32。
如图11所示,接着,将磁珠与核酸一起从混合室14移出并进入到第一清洗室38。
图12是阀32、34、36的详细图,显示了磁珠从混合室14向第一清洗室38的运动。如上所述,阀32、34和36中的每一个阀均包括第一静止件86和第二运动件88,第二运动件88能够相对于第一静止件86运动。
将磁体60插入第二运动件88的孔94。将磁体60插入到对应于第一静止件86的孔90和92的位置。磁体60从混合室14经由第一静止件86的孔90吸引磁珠,并进入到第二运动件88的空腔98中。旋转第二运动件88,使磁珠密封在第二运动件88与第一静止件86的表面之间的第二运动件88的空腔98中。第二运动件88转过第一静止件86的表面94,从而使空腔98能够与第一静止件86的孔92接触。接着,从第二运动件88的孔94中取出磁体60,并从第二运动件88的空腔98中释放出磁珠。
如图13所示,接着通过第二泵46抽送清洗溶液,用清洗溶液清洗磁珠和核酸。接着,通过将磁体60插入第二阀34,使磁珠与核酸一起结合到第二阀34上,如同参考图12的描述。
如图14所示,接着,利用第二阀34将磁珠与核酸一起从第一清洗室38移至第二清洗室40。第二阀34将磁珠和核酸从第一清洗室38输送到第二清洗室40,如同参考图12的描述。
如图15所示,接着,利用第三泵48抽送溶液,用清洗溶液第二次清洗磁珠和核酸。然后,将磁体60定位在第三阀36中,使磁珠与核酸一起结合到第三阀36上,如同参考图12的描述。
如图16所示,接着将磁珠和核酸一起从第二清洗室40移至洗脱室42。利用上面参考图12描述的程序,将磁珠和核酸从第二清洗室40中输送到洗脱室42。
然后,通过用第四泵50抽送洗脱缓冲液,使洗脱缓冲液与磁珠和核酸混合。加热元件58可以用于加热洗脱缓冲液、磁珠和核酸。加热元件58可以由仪器122控制。加热元件56的温度可以变化,并且通过温度的选择来优化磁珠上核酸的释放。
接着,如同参考图12的描述,通过将磁体60定位在第三阀36中,再次将磁珠结合到第三阀36上。
如图17所示,接着,将磁珠从洗脱室42中单独回收到第二清洗室40中,将核酸留在洗脱室42中。利用上面参考图12描述的程序,将磁珠从洗脱室42输送到第二清洗室40。
如图18所示,利用第二移液管124可以接触到制备的样品核酸。卸下第二盖54可以接触到洗脱室42的孔100。将移液管124插入孔100,并取出制备的样品核酸。
如图19所示,可以使用多通道移液管126接触多个盒10的多个样品。
图20表示盒10的另一个实施方式。图20所示的盒10a与图1所示的盒10不同在于,组件部分104a包括密封130,柱塞24a、26a、28a和30a中的每一个柱塞分别包括密封132、134、136和138,并且阀32a、34a和36a具有不同结构,这将在下面描述。
图21更详细地显示了组件部分104a。组件部分104a包括密封130。图示的密封130是双弹性体,所述双弹性体可以沿组件部分104a的周边延伸。
图22更加详细地显示了柱塞24a。柱塞24a包括密封132。图示的密封132也是双弹性体,所述双弹性体可以沿柱塞24a的周边延伸。可以理解的是,柱塞26a、28a和30a中的每一个柱塞也可以具有类似的结构。
图23和24更详细地显示了阀32a。可以理解的是,阀34a和36a也可以具有类似结构。阀32a包括磁体60a、外壳142和轴144。外壳142包括用于接收磁体60a的第一孔(未图示),以及用于使磁体60a露出并接收颗粒146的第二孔148。磁体60a的形状对应于孔148,并且选择性地吸引颗粒146。外壳142还包括用于接收轴144的第三孔(未图示)。如图24所示,轴144可以包括插入件150。插入件150的形状与盒10a啮合。可以理解的是,轴可以是可拆卸的,或者是阀32a的集成件。还应理解的是,外壳142也可选择性地包括插入件。
轴144可以与外壳142和磁体60a啮合,以便相对盒10a旋转外壳142和磁体60a,使颗粒146从混合室14a移动到清洗室38a。可以理解的是,阀34a和36a以相似的方式工作,分别将颗粒146从清洗室38a输送到清洗室40a,并从清洗室40a输送到洗脱室42。
在一个实施方式中,将总量200μL的样品置于盒中。通过抽送样品和PK溶液的混合物一分钟,将样品与总量50μL的PK溶液混合。将总量200μL的裂解液加入到样品和PK溶液中,并将溶液抽送一分钟使溶液混合。接着,将混合物在60℃加热约10分钟,并使混合物冷却5分钟。在冷却的同时进一步抽送混合物。将总量500μL的结合溶液加入到混合物中。将溶液抽送1分钟。将磁珠加入到溶液中,并抽送2分钟。如上所述输送并清洗磁珠。在每个清洗室中加入总量为700μL的清洗溶液。在洗脱室中加入总量为200μL的洗脱溶液。通过抽送混合物2分钟,使磁珠与洗脱溶液混合。接着,将混合物在90℃加热2分钟。如上所述继续此过程。
虽然将盒10描述为具有混合室14、两个清洗室38和40以及洗脱室42,但可以预计到,也可以选择性地仅提供一个清洗室或没有清洗室。
虽然上面将盒描述为使用了单一可拆卸磁体60,但可以预计到,每个阀均可以包括可定位磁体,从而不需要去掉磁体。磁体60可以是可旋转的,并用于旋转阀的第二件。另外,磁体可以仅仅在每个阀内部滑动,并且第二件的旋转与磁体无关。
可以预计到,可以使用这里所述的不使用阀的盒10,能够将磁性颗粒从混合室输送到洗脱室。在此实施方式中,可滑动磁体可以用于将磁性颗粒从一个室输送到下一个室。
虽然上面描述的盒10使用PK溶液、裂解液、结合溶液和磁珠,以释放核酸和磁珠,但可以预计到,不使用每种上述溶液也可以实施本发明。另外,虽然描述为使用PK溶液作为溶液来破坏细胞,但可以预计到,本发明可以使用导致细胞破坏而释放核酸的任何酶。
可以预计到,外壳12可以是透明的,从而能够观察到过程的进行。
在一个实施方式中,薄膜74是层叠的。
在一个实施方式中,盖52和54可以是螺旋盖。在一个实施方式中,盖52、54包括疏水膜,所述疏水膜能够使气体通过盖排出,但不使液体逸出盒100。
在一个实施方式中,泵50可以插入孔100中。在一个实施方式中,泵50也可以作为从盒10中取出样品的移液管。
还可以预计到,混合室14可以不具有可穿孔的薄膜74。在这种实施方式中,柱塞24、26、28和30不需要穿刺件82。相反,柱塞24、26、28和30具有密封件,用于在柱塞移动之前防止与每个柱塞24、26、28和30有关的保持室16、18、20和22的容纳物泄露出。
图25表示可以用于制备细胞样品的盒200。盒200包括外壳202、第一、第二、第三、第四、第五、第六、第七、第八保持室204a-h。每个保持室204a-h包括阀组件206a-h。也可以提供锁件207。
图26更加详细地表示了盒200。盒200还包括反应室208、颗粒室210、废液室212、废液溢流室214、洗脱室216、柱塞218以及第一和第二盖220和222。盒200还可以包括一个或多个加热元件(未图示)。
外壳202内包括每个保持室204a-h、阀组件206a-h、反应室208、颗粒室210、废液室212、废液溢流室214以及柱塞218。盖222、224可移动或可拆卸地装在外壳202上。
反应室208具有顶面226、底面228和相反侧面230、232。
反应室208的顶面226包括其中的孔234。第一盖222设计成能够提供与反应室208的顶226的孔234接触的途径。图示的盖222是螺旋盖,但也可以是能够提供与孔234接触的途径的任何其它盖(可拆卸的)。
反应室208的底面228包括其中的孔236。孔236使反应室208与颗粒室210流体连通。
侧面232包括其中的孔238a-h。孔238a-h分别使反应室208与保持室204a-h流体相通。
盒200包括位于保持室204a中的结合溶液。盒200还包括位于保持室204b中的裂解液。盒200还包括位于保持室204c中的蛋白酶K(PK)溶液。盒200还包括位于保持室204d-e中一个或多个保持室中的清洗溶液。盒200还包括位于保持室204f中的洗脱溶液。
图示的柱塞218和第一盖222彼此连接,形成集成的抽吸系统。柱塞218是可压缩的,用于抽送反应室208中的容纳物。另外,也可以提供单独的泵,以抽送反应室208中的容纳物。柱塞218也可以在反应室208内移动,推动反应室208中的容纳物通过颗粒室210。
保持室204a-h形成在盒200的外壳202中。保持室204a-h中的每一个保持室均包括可以与阀组件206的相应槽配合的引导件240a-h。保持室204a-h还包括至少一个孔242a-h,所述孔与阀组件206a-h中的相应孔相配合。外壳202可以包括槽244a-h,所述槽与阀组件206a-h的相应引导件相配合。
颗粒室210包括主体250,所述主体具有第一孔252、第二孔254以及多个颗粒256。所述颗粒可以是磁性的或非磁性的,这取决于盒200的用途。例如,所述颗粒可以是纤维素、塑料或铁。图中的颗粒室210与反应室208对齐。
废液室212和洗脱室216彼此集成,并能够相对于外壳202旋转。废液溢流室214位于废液室212附近,并且能与废液室212流体连通。废液室212和洗脱室216与颗粒室对齐,并且能与颗粒室210流体连通。
废液室212具有顶面270、底面272、内面274和外面276。废液溢流室具有顶面278、底面280和相反侧面282、284。洗脱室216还具有顶面286、底面288、内面290和外面292。
可以理解的是,废液室212的外面276与洗脱室216的外面292彼此集成。还可以理解的是,废液室212的内面274与洗脱室216的内面290相同。
废液室212的顶面270和洗脱室216的顶面286均分别具有孔294、296。这些孔294、296与颗粒室210的孔252对齐,在颗粒室210与废液室212和洗脱室216之间形成流体连通。
废液室212的外面276包括其中的孔298。废料溢流室214的侧面282、284中一个侧面包括其中的孔300。孔298和孔300是对齐的,从而使流入废液室212的流体能够从废液室212中流出并流入废液溢流室214。
洗脱室216的底面288包括其中的孔302。第二盖224设计成能够提供与洗脱室216底面288的孔302接触的途径。图示的盖224是螺旋盖,但也可以是能够提供与孔302接触的途径的任何其它盖(可拆卸的)。
图27和28更加详细地表示了阀组件206。阀组件206包括外壳310。外壳310包括其中的室312,槽314,以及从上面伸出的突起316。室312包括其中的泵318。在外壳的末端具有盖320,用于密封室310。盖包括第一和第二孔322、324,穿过室312并提供与室312的流体连通。
当孔322、324不与孔238a-h对齐时,室312的容纳物被密封在阀组件内,但是当孔322、324对准孔238a-h时,可以从室312中释放出室312中的容纳物。槽314用于引导孔322、324到达孔322、324与孔238a-h对齐的位置。泵318用于将容纳物从室312中输出,并通过孔322、324输入到反应室214中。
盒200的通过将阀组件206a-h插入到外壳的保持室204a-h中来进行组装。锁件207可以连接到外壳,用于将阀组件206a-h固定在保持室204a-h。废液室和洗脱室216组件插入外壳202,将盖224固定在外壳202上。还将柱塞218插入反应室208,将盖222固定在外壳上。
在使用时,如图29所示,将第一盖222卸掉,提供了与反应室208的孔234接触的途径。利用移液管352将细胞样品350置于盒200中。样品中的细胞包括核酸。将其中具有样品的移液管352放入反应室208。从移液管352中释放出样品。
如图30所示,将PK溶液加入到样品中。通过相对外壳202旋转的阀组件206c加入PK溶液。将阀组件206c的至少一个孔322、324与保持室204c的孔242c对齐,从保持室204c中释放PK溶液,并通过外壳202的孔238c流入反应室208。
通过用柱塞218抽送混合物,将PK溶液与样品混合。如上所述,PK溶液破坏样品细胞的壁,得到松散的物质以及位于该松散的物质中的核酸。
如图31所示,将裂解液加入到样品中。按照与阀组件206c相同的方式操作阀组件206b,将保持室204b中的裂解液输送到反应室208。通常抽送样品,使裂解液与混合的PK溶液和样品混合。裂解液通常可以是盐或清洁剂,并用于溶解松散的物质,如同上面的所述。
如图32所示,将结合溶液加入到样品、PK溶液和裂解液中。按照与阀组件206c相同的方式操作阀组件206a,将保持室204a中的结合溶液输送到反应室208。抽送溶液,使结合溶液与PK溶液、裂解液和样品混合。结合溶液通常是疏水性的,并增加了溶液中的盐。
如图33所示,将溶液抽送,以经过颗粒室210中的颗粒。核酸与颗粒室的颗粒结合,而剩余的溶液流入到废液室212中;并且如果需要,可流入到废液溢流室214中。如上所述,当废液室212中的孔298与废液溢流室214中的孔300对齐时,溶液能从废液室212流入到废液溢流室214中。
如图34所示,通过按照与阀组件206c相同的方式操作阀组件206d,将清洗溶液加入反应室208,从而将清洗溶液从保持室204d输送到反应室208。
如图35所示,将第一清洗溶液抽送,经过颗粒室210并流入废液室212中;并且如果需要,可流入到废液溢流室214中。
如图36所示,通过按照与阀组件206c相同的方式操作阀组件206e,将第二清洗溶液加入到反应室208中,从而将清洗溶液从保持室204e输送到反应室208中。
如图37所示,将第二清洗溶液抽送,经过颗粒室210并流入废液室212中,并且如果需要,可流入到废液溢流室214中。
如图38所示,通过按照与阀组件206c相同的方式操作阀组件206f,将洗脱溶液加入到反应室208中,从而将洗脱溶液从保持室204f输送到反应室208中。
转动废液室和洗脱室组件,使洗脱室216的孔296与颗粒室210的孔252对齐,从而将洗脱溶液输送到洗脱室216中。可以理解的是,可以在洗脱溶液加入到反应室208中之前或之后,将孔296与孔252对齐。
如图39所示,将洗脱溶液抽送,经过颗粒室210,从而对结合的核酸进行洗脱。核酸和洗脱溶液流入洗脱室216。
如图40所示,利用移液管354可以接触到制备的核酸样品。卸下第二盖224可以提供与洗脱室216的孔302的接触。将移液管354插入孔302,取出制备的核酸样品。
可以理解的是,盒200可以与类似的盒一起置于可容纳一系列盒的舱或架子中。舱或架子可以置于仪器中,可以选择一种程序来制备仪器中盒200的样品。
盒200可以包括一个或多个加热元件,如上参考盒100的描述。
盒100、200可以是一次性的。
可以理解的是,虽然参考破碎细胞提取核酸描述了盒100、200,但盒100、200可以用于破碎细胞提取其它细胞成分,例如蛋白质。而且,虽然说明使用裂解液来破碎细胞,但可以理解为,也可以采用其它任何能破碎细胞的物质,例如试剂、酶、裂解盐(catatropic salt)、其它裂解液以及类似的物质。
这里所述的盒由于是封闭的,因而具有优势。在处理过程中,样品不会被污染。另外,可以制备较少的样品,包括至少一个样品。
上面参考附图的描述仅是对所述方法的可能实施方式的说明,并且应当仅认为如此。本领域的一般技术人员应该认识到,在本发明理念的范围和精神内,可以做出很多其它可能的具体实施方式。本发明的范围以权利要求限定,而不是上面的说明书。在与权利要求等同的含义和范围内的任何和所有修改,均应当认为包括在本发明的范围内。
Claims (26)
1.一种从样品中分离核酸的方法,包括:
(a)接收位于一盒的混合室中的样品,所述盒包括:所述混合室;第一清洗室;第一阀,其包括阀壳,所述阀壳界定了与所述混合室流体连通的第一阀孔和与所述第一清洗室流体连通的第二阀孔;第一反应室,其经配置以容纳裂解缓冲液;第二反应室,其经配置经容纳磁性颗粒;和第三反应室,其经配置以容纳结合缓冲液;其中所述第一、第二和第三反应室中的每一者包含可刺破部分,所述可刺破部分界定位于所述混合室和所述第一、第二和第三反应室之间的边界的至少一部分;
(b)通过刺破所述第一反应室的所述可刺破部分而将所述裂解缓冲液输送至所述混合室;
(c)通过刺破所述第二反应室的所述可刺破部分而将所述磁性颗粒输送至所述混合室;
(d)通过刺破所述第三反应室的所述可刺破部分而将所述结合缓冲液输送至所述混合室;
(e)将所述样品的核酸结合至所述磁性颗粒;
(f)将所述磁性颗粒和所结合的核酸接收于由设置于所述阀壳中的阀元件界定的空腔中;
(g)通过将所述阀元件相对于所述阀壳从第一位置移动至第二位置,而将所述磁性颗粒和所结合的核酸从所述混合室输送至第一清洗室,其中在所述第一位置,所述空腔与所述混合室流体连通,在所述第二位置,所述空腔与所述清洗室流体连通。
2.根据权利要求1所述的方法,其中,所述第一反应室的所述可刺破部分由所述第一反应室中的柱塞的穿刺件刺破。
3.根据权利要求1所述的方法,其中,所述第二反应室的所述可刺破部分由所述第二反应室中的柱塞的穿刺件刺破。
4.根据权利要求1所述的方法,其中,所述第三反应室的所述可刺破部分由所述第三反应室中的柱塞的穿刺件刺破。
5.根据权利要求1所述的方法,其中所述盒还包括第四反应室,其经配置以包含蛋白酶K(PK)溶液,其中所述第四反应室包括可刺破部分,所述可刺破部分界定位于所述混合室和所述第四反应室之间的边界的至少一部分。
6.根据权利要求5所述的方法,进一步包括通过刺破所述第四反应室的所述可刺破部分而将所述PK输送至所述混合室。
7.根据权利要求6所述的方法,其中在将所述裂解缓冲液添加至所述混合室之前,将所述PK输送至所述混合室。
8.根据权利要求1所述的方法,其中,所述盒还包括与所述混合室流体连通的泵。
9.根据权利要求8所述的方法,其中,所述泵是风箱泵。
10.根据权利要求8所述的方法,进一步包括启动所述泵以将所述样品与所述裂解缓冲液、磁性颗粒和结合缓冲液中的一者或多者混合。
11.根据权利要求1所述的方法,其中所述接收和输送所述磁性颗粒包括当所述阀在第一位置时,将磁体插入所述阀元件中,以吸引所述磁性颗粒和所结合的核酸,将所述阀移动至第二位置,及从所述阀元件中取出所述磁体。
12.根据权利要求1所述的方法,进一步包括在所述混合室中加热所述样品和所述裂解缓冲液。
13.根据权利要求1所述的方法,进一步包括将第一清洗溶液输送至所述第一清洗室,并将所述清洗溶液与所述磁体磁性颗粒和所结合的核酸在所述第一清洗室中混合。
14.根据权利要求1所述的方法,其中所述盒进一步包括:
(a)第二阀,其包括阀壳,所述阀壳界定了与所述第一清洗室流体连通的第一阀孔和与第二清洗室流体连通的第二阀孔;
(b)第三阀,其包括阀壳,所述阀壳界定了与所述第二清洗室流体连通的第一阀孔和与洗脱室流体连通的第二阀孔。
15.根据权利要求14所述的方法,进一步包括:
(a)将所述磁性颗粒和所结合的核酸接收于由设置于所述第二阀的所述阀壳中的阀元件界定的空腔中;
(b)通过将所述阀元件相对于所述第二阀的所述阀壳从第一位置移动至第二位置,而将所述磁性颗粒和所结合的核酸从所述第一清洗室输送至所述第二清洗室,其中在所述第一位置,所述空腔与所述第一清洗室流体连通,在所述第二位置,所述空腔与所述第二清洗室流体连通;
(c)将第二清洗溶液输送至所述第二清洗室,并将所述清洗溶液与所述磁体磁性颗粒和所结合的核酸在所述第二清洗室中混合;
(d)将所述磁性颗粒和所结合的核酸接收于由设置于所述第三阀的所述阀壳中的阀元件界定的空腔中;
(e)通过将所述阀元件相对于所述第三阀的所述阀壳从第一位置移动至第二位置,而将所述磁性颗粒和所结合的核酸从所述第二清洗室输送至所述洗脱室,其中在所述第一位置,所述空腔与所述第二清洗室流体连通,在所述第二位置,所述空腔与所述洗脱室流体连通。
16.根据权利要求15所述的方法,进一步包括:通过向所述洗脱室输送洗脱缓冲液而将所述核酸从所述磁性颗粒洗脱,以及在所述洗脱室中将所述洗脱缓冲液与所述磁性颗粒和所述核酸混合。
17.根据权利要求16所述的方法,进一步包括加热所述洗脱室。
18.根据权利要求16所述的方法,进一步包括:
(a)将所述磁性颗粒接收于由设置于所述第三阀的所述阀壳中的阀元件界定的空腔中;
(b)通过将所述阀元件相对于所述第三阀的所述阀壳从第一位置移动至第二位置,而将所述磁性颗粒从所述洗脱室输送至所述第二清洗室,其中在所述第一位置,所述空腔与所述洗脱室流体连通,在所述第二位置,所述空腔与所述第二清洗室流体连通。
19.根据权利要求1所述的方法,其中所述第一、第二、第三反应室的所述可刺破部分是薄膜。
20.根据权利要求1所述的方法,其中所述样品包括细胞。
21.一种方法,包括:
(a)在一盒的反应室中移动活塞,使得所述活塞刺破可刺破元件的一部分,所述可刺破元件界定所述反应室的边界,所述移动所述活塞将多个磁性颗粒从所述反应室传输至由所述盒的壳体界定的第一室;
(b)将磁性轴至少部分地设置于所述阀的可移动的阀元件中,以将所述多个磁性颗粒吸引至由所述可移动的阀元件界定的空腔中,所述阀至少部分设置于所述壳体中,所述阀包括所述可移动的阀元件和阀壳;以及
(c)相对于所述阀壳移动所述阀元件,以将所述多个磁性颗粒在由所述壳体的所述第一室和由所述壳体界定的第二室之间传输。
22.根据权利要求21所述的方法,进一步包括从所述阀的所述可移动的阀元件中移除所述磁性轴,以从所述空腔中释放所述多个磁性颗粒。
23.根据权利要求22所述的方法,其中所述阀是第一阀,所述方法进一步包括:
(a)将所述磁性轴至少部分地设置于第二阀的可移动的阀元件中,以将所述多个磁性颗粒吸引至由所述第二阀的所述可移动的阀元件界定的空腔中,所述第二阀至少部分设置于所述壳体中,所述第二阀包括所述可移动的阀元件和阀壳;以及
(b)相对于所述第二阀的所述阀壳移动所述第二阀的所述阀元件,以将所述多个磁性颗粒在由所述壳体的所述第二室和由所述壳体界定的第三室之间传输。
24.根据权利要求23所述的方法,进一步包括从所述第二阀的所述可移动的阀元件中移除所述磁性轴,以从所述空腔中释放所述多个磁性颗粒。
25.根据权利要求21所述的方法,其中通过旋转至少部分地设置于所述阀元件中的所述磁性轴而使所述阀元件相对于所述阀壳移动。
26.根据权利要求1所述的方法,其中所述可刺破部分是薄膜。
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