CN102460152B - 通过测量Her-3确定患者反应的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供测量和/或定量样品中Her-3和/或复合物中的Her-3的存在和/或量的方法。本发明也提供特异于Her-3的抗体。

Description

通过测量Her-3确定患者反应的方法
【相关申请的交叉引用】 
本申请根据35USC§119(e)要求提交于2009年5月8日的美国临时申请No.61/176,630，提交于2009年6月17日的美国临时申请No.61/187,962，和提交于2009年1月15日的美国临时申请61/145,029的权益和优先权，将它们通过引用整体并入本文。 
【背景技术】
生物标记通常特征在于可作为正常生物学过程的，病原性过程或对治疗性干预的药理学应答的指示物客观地测量和评估。见Atkinson等人，2001，Clin.Pharmacol.Ther.69：89-95。生物标记在性质，测量的容易性和与目的生理状态的相关性上广泛变化。见，例如，Frank等人，2003，Nature Reviews Drug Discovery 2：566-580。广泛认为，新确认的生物标记的开发将导致医疗保健和药物开发成本显著降低，以及导致广泛的疾病和病情的治疗的显著的改善。由此，大量的努力针对使用新技术发现新类型的生物标记。见，例如，Petricoin et al.，2002，Nature Reviews Drug Discovery，1：683-695；and Sidransky，2002，Nature Reviews Cancer 2：210-219；Ludwig and Weinstein，2005，Nature Reviews Cancer 5：845-856；Lee et al.，2007，Adv.Cancer.Res.，96：269-298；Dhani and Siu，2008，Cancer Metastasis Rev.27：339-349；Carden et al.，2009，Clin.Pharmacol.Ther.85：131-133。 
细胞表面膜成分的相互作用在将细胞外信号传输给正常生理和疾病状态的细胞中发挥重要作用。尤其是，许多类型的细胞表面受体经历与细胞外事件或信号转导为细胞应答(例如，例如，增殖，增加的或降低的基因表达等)关联的二聚化，寡聚化或群集。见，例如，George et al.，2002，Nature Reviews Drug Discovery 1：808-820；Mellado et al， 2001，Ann.Rev.Immunol.19：397-421；Schlessinger，2000，Cell103：211-225；和Yarden，2001，Eur.J.Cancer 37：S3-S8。所述事件在疾病(例如癌)中的作用已经是锐意研究的对象，且导致几种新药物和药物候选物的开发。见，例如，Herbst and Shin，2002，Cancer94：1593-1611；Yarden and Sliwkowski，2001，Nature Reviews Molecular Cell Biology 2：127-137；McCormick，1999，Trends in Cell Biology 9：53-56(1999)；and Blume-Jensen and Hunter，2001，Nature411：355-365。 
个体细胞表面受体(例如乳腺癌中的Her-2)的表达水平已被用作生物标记，尤其用于测定患者预后或是否患者会或不会响应某些治疗。此外，致癌酪氨酸激酶例如(表皮生长因子受体家族的成员)已提供了药物开发的靶。但是，靶向EGFR和Her-2的酪氨酸激酶抑制剂已显示相比从有希望的临床前研究预期的少的临床功效，其已导致对其他EGFR-家族成员(例如Her-3)的兴趣，部分为生物标记的预后值，而部分因为与其他家族成员的相互作用，产生潜在的新药物靶。见Menendez and Lupu，2007，Breast Cancer Research 9：111；Lee-Hoeflich et al.，2008，Cancer Res 68：5878-5887；Fuchs et al.，2006，Anticancer Res.26：4397-4402；Sergina  et al.，2007，Nature445：437-441；and Tovey et al.，2006，J.Pathol.210：358-362。 
Her-3有时在乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，膀胱癌，前列腺癌，非-小细胞肺癌，黑色素瘤，咽癌，胰腺癌，食管癌，神经胶质瘤，胆道癌，胆管上皮癌，胃癌，子宫内膜癌，胆囊癌，鳞状细胞癌或基底细胞癌中过-表达。常规免疫组织化学(IHC)或荧光原位杂交(FISH)分析已用于检测Her-3过表达。不幸的是，IHC和FISH作为诊断性工具有某些限制，它们不是必然精确的，且也易于被不同的实验室人员不同解释。目前无精确地评定Her-3水平的方法。用于测量Her-3的定量方法的出现将辅助精确地测定癌患者的预后和/或是否患者可能响应某些治疗的能力。见Mosesson等人，2004，Semin.Cancer.Biol.14：262-270。 
【发明概述】 
在第1方面，本发明针对测量和/或定量样品中Her-3和/或复合物中的Her-3的存在和/或量的方法，所述方法包括：提供样品和确定样品中Her-3和/或复合物中的Her-3的存在和/或量。在某些实施方式中，Her-3量在第1阈值以上，以至于样品分划为具有“高”Her-3量(例如，总Her-3和/或Her-3同源二聚体和/或Her-3异源二聚体)。在一些实施方式中，Her-3的第1阈值是≥0.158的总Her-3(H3T)，且低Her-3值在此阈值以下。或者，依赖于监控的患者同群和/或显著的事件可使用其他范围。由此，本文所述的各阈值和/或阈值范围可在对数标度上以约0.5个对数单位或更少和/或在线性标度上25％或更少变化(即是≤25％大于和/或≤25％小于本文中公开的特定范围)，或以约20％或更少，或以约15％或更少，或以约10％或更少，或以约5％或更少。 
在优选的实施方式中，样品是生物学样品。在优选的实施方式中，样品是组织样品。在优选的实施方式中，样品是新鲜组织样品，固定的样品，冷冻的样品或裂解产物。在优选的实施方式中，样品是肿瘤样品。在优选的实施方式中，样品是冷冻的肿瘤组织样品。在优选的实施方式中，样品包括来自新鲜或冷冻的肿瘤样品的肿瘤裂解产物。在优选的实施方式中，样品是FFPE或溶解的FFPE样品。在优选的实施方式中，样品包括乳腺癌样品。在某些实施方式中，乳腺癌是早期阶段(即辅佐性)乳腺癌或转移性乳腺癌。 
在本文中公开的发明的各方法和/或方面的某些实施方式中，所述方法包括检测样品中的其他生物标记。例如，可测量其他生物标记，例如Her-2和/或p95。或者，其他生物标记例如可为下列中的至少一种：FOXM1，PRAME，Bc12，STK15，CEGP1，Ki-67，GSTM1，CA9，PR，BBC3，NME1，SURV，GATA3，TFRC，YB-1，DPYD，GSTM3，RPS6KB1，Src，Chk1，ID1，EstR1，p27，CCNB1，XIAP，Chk2，CDC25B，IGF1R，AK055699，P13KC2A，TGFB3，BAGI1， CYP3A4，EpCAM，VEGFC，pS2，hENT1，WISP1，HNF3A，NFKBp65，BRCA2，EGFR，TK1，VDR，Contig51037，pENT1，EPHX1，IF1A，CDH1，HIF1α，IGFBP3；CTSB，Her3或DIABLO。在某些实施方式中，其他生物标记可为VEGF，CD31，KDR，p95或Her-2。 
在本文中公开的发明的各方法和/或方面的某些实施方式中，乳腺癌中Her-2的表达水平高。在某些实施方式中，高Her-2表达是log10H2T≥约1.14-1.25。在某些实施方式中，高Her-2表达包括非常高和/或中等高的表达。在某些实施方式中，非常高Her-2表达是log10H2T≥约1.84～2.21。在本文中公开的各方法的某些实施方式中，中等高表达在1.14～1.25和1.84～2.21之间(即≥1.14～1.25和≤1.84～2.21)。或者，依赖于监控的患者同群和/或显著的事件可使用其他范围。由此，本文所述的各阈值和/或阈值范围可在对数标度上以约0.5个对数单位或更少和/或在线性标度上25％或更少变化(即是≤25％大于和/或≤25％小于本文中公开的特定范围)，或以约20％或更少，或以约15％或更少，或以约10％或更少，或以约5％或更少。 
而且，在本文中公开的发明的各方法和/或方面的某些实施方式中，p95水平可评价为任一高或低。在一些实施方式中，p95的第1阈值是≥90的总p95值(在线性标度上)且低p95值在此阈值以下。或者，依赖于监控的患者同群和/或显著的事件可使用其他范围。由此，本文所述的各阈值和/或阈值范围可在对数标度上以约0.5个对数单位或更少和/或在线性标度上25％或更少变化(即是≤25％大于和/或≤25％小于本文中公开的特定范围)，或以约20％或更少，或以约15％或更少，或以约10％或更少，或以约5％或更少。 
在某些实施方式中，如果Her-3水平高，患者欠可能或不可能响应靶向治疗。在某些实施方式中，如果Her-3水平低，患者更可能响应靶向治疗。在某些实施方式中，所述治疗是Her-作用剂。在某些实施方式中，所述治疗是Her-2作用剂或靶向Her-3的制剂中的至少一种。 
由此，在本文中公开的发明的各方法和方面的某些实施方式中， 所述方法包括测量来自受试者癌的生物学样品中的Her-2和/或Her-2同源二聚体的量，其中如果Her-2和/或Her-2同源二聚体的量是中等高，且Her-3表达低，则患者可能响应Her-2作用剂和/或患者具有长时间进程。在某些实施方式中，所述方法包括测量来自受试者癌的生物学样品中的Her-2和/或Her-2同源二聚体的量，其中如果Her-2和/或Her-2同源二聚体的量是中等高，且Her-3表达高，则患者不可能响应Her-2作用剂和/或患者具有短时间进程。 
另外，在本文中公开的发明的各方法和方面的某些实施方式中，所述方法包括测量来自受试者癌的生物学样品中的p95量，其中如果p95和Her-3表达量低，则患者可能响应治疗性作用剂和/或患者具有长时间进程。在一个实施方式中，患者也具有高(或中等高)水平的Her-2。在某些实施方式中，所述方法包括测量来自受试者癌的生物学样品中的Her-2和/或Her-2同源二聚体的量，其中如果Her-2和/或Her-2同源二聚体的量高和/或中等高和Her-3表达和/或p95表达高，则患者不可能响应Her-2作用剂和/或患者具有短时间进程。 
在优选的实施方式中，样品是血，血浆或淋巴样品。在优选的实施方式中，血或血浆样品含循环肿瘤细胞。在优选的实施方式中，样品包括细胞系。在优选的实施方式中，测量可为跨宽动态范围的定量。 
在优选的实施方式中，所述方法包括：将样品与结合化合物混合，及确定结合到Her-3和/或复合物中的Her-3的结合化合物的存在和/或量。在优选的实施方式中，结合化合物特异性地与Her-3结合。在优选的实施方式中，结合化合物包括抗体。在优选的实施方式中，抗体是针对如实施例2和图2A所示的具有SEQ ID NO：1～8的肽之一产生的。在优选的实施方式中，抗体是包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：13，14和15分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：16，17和18分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和/或包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：19，20和21分别所 示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：22，23和24分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3。在优选的实施方式中，抗体是分别具有表1中所示(见发明详述)的SEQ ID NO：9和11的氨基酸序列的轻链和重链的抗体和/或分别具有表1中所示(见发明详述)的SEQ ID NO：10和12的氨基酸序列的轻链和重链的抗体。在优选的实施方式中，所述方法包括混合(i)样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3；(ii)接近探针，其能结合Her-3，所述接近探针具有有效接近距离，和(iii)至少一种结合化合物，所述至少一种结合化合物能结合Her-3且有一种或更多种信号转导分子附接于其上，其中接近探针和结合化合物的在有效接近距离内的结合由与Her-3和/或复合物中的Her-3的存在和/或量关联的分子标签产生信号。在优选的实施方式中，接近探针和/或结合化合物能特异性地与Her-3或至少一种其他分析物结合。在优选的实施方式中，接近探针和/或结合化合物还包括抗体，且各抗体可与Her-3上的特定表位结合。在优选的实施方式中，抗体是针对如实施例2和图2A所示的具有SEQ ID NO：1～8的肽之一产生的。在优选的实施方式中，抗体是包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：13，14和15分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：16，17和18分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和/或包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：19，20和21分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：22，23和24分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3。在优选的实施方式中，抗体是分别具有表1中所示(见发明详述)的SEQ ID NO：9和11的氨基酸序列的轻链和重链的抗体和/或分别具有表1中所示(见发明详述)的SEQ ID NO：10和12的氨基酸序列的轻链和重链的抗体。在优选的实施方式中，样品是生物学样品。在优选的实施方式中，样品是组织样品。在优选的实施方式中，样品是固定的样品，冷冻的样品或裂解产 物。在优选的实施方式中，样品是肿瘤样品。在优选的实施方式中，样品是冷冻的肿瘤组织样品。在优选的实施方式中，样品包括肿瘤裂解产物。在优选的实施方式中，样品包括乳腺癌样品。在优选的实施方式中，样品是FFPE样品或溶解的FFPE样品。在优选的实施方式中，样品是血，血浆或淋巴样品。在优选的实施方式中，血或血浆样品含循环肿瘤细胞。在优选的实施方式中，样品包括细胞系。在优选的实施方式中，测量可为跨宽动态范围的定量。在优选的实施方式中，宽动态范围是约2个对数。在更优选的实施方式中，宽动态范围在乳腺癌样品中是约1～1.5个对数。在优选的实施方式中，方法提供Her-3表达的定量连续谱。在优选的实施方式中，测量或量敏感于如通过利用良好-表征的细胞系模型和交叉-确认技术(例如ELISA和流式细胞术)的精确度研究测定的至少约1000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约5000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约10,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约25,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量如使用同种型对照抗体测定的和与常规IHC方法比较是特异的。 
在进一步优选的实施方式中，接近探针包括抗体和第1核酸，且结合化合物包括抗体和第2核酸，其中第1和第2核酸彼此互补，且能够杂交以测定有效接近距离和通过杂交直接或间接产生信号。在优选的实施方式中，接近探针和/或结合化合物能特异性地与Her-3结合。在优选的实施方式中，结合化合物和/或接近探针还包括抗体，且各抗体结合Her-3上的不同的表位。在优选的实施方式中，抗体是针对如实施例2和图2A所示的具有SEQ ID NO：1～8的肽之一产生的。在优选的实施方式中，抗体是包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：13，14和15分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：16，17和18分别所示的序列的CDR1，CDR2和 CDR3；和/或包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：19，20和21分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ IDNO：22，23和24分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3。在优选的实施方式中，抗体是分别具有表1中所示(见发明详述)的SEQ IDNO：9和11的氨基酸序列的轻链和重链的抗体和/或分别具有表1中所示(见发明详述)的SEQ ID NO：10和12的氨基酸序列的轻链和重链的抗体。在优选的实施方式中，样品是生物学样品。在优选的实施方式中，样品是组织样品。在优选的实施方式中，样品是固定的样品，冷冻的样品或裂解产物。在优选的实施方式中，样品是肿瘤样品。在优选的实施方式中，样品是冷冻的肿瘤组织样品。在优选的实施方式中，样品包括肿瘤裂解产物。在优选的实施方式中，样品包括乳腺癌样品。在优选的实施方式中，样品是FFPE样品或溶解的FFPE样品。在优选的实施方式中，样品是血，血浆或淋巴样品。在优选的实施方式中，血或血浆样品含循环肿瘤细胞。在优选的实施方式中，样品包括细胞系。在优选的实施方式中，测量可为跨宽动态范围的定量。在优选的实施方式中，宽动态范围是约2个对数。在更优选的实施方式中，宽动态范围在乳腺癌样品中是约1～1.5个对数。在优选的实施方式中，方法提供Her-3表达的定量连续谱。在优选的实施方式中，测量或量敏感于如通过利用良好-表征的细胞系模型和交叉-确认技术(例如ELISA和流式细胞术)的精确度研究测定的至少约1000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约5000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约10,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约25,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量如使用同种型对照抗体测定的和与常规IHC方法比较是特异的。 
在优选的实施方式中，接近探针包括：切割探针，其具有切割-诱导部分；和至少一种结合化合物，其具有通过可切割的连接附接到 结合化合物的一种或更多种分子标签，其中可切割的连接在有效接近距离内可切割，产生与Her-3的存在和/或量关联的信号。在优选的实施方式中，切割探针和/或结合化合物能特异性地与Her-3结合。在优选的实施方式中，结合化合物和/或接近探针还包括抗体，且各抗体结合Her-3上的不同的表位。在优选的实施方式中，抗体是针对如实施例2和图2A所示的具有SEQ ID NO：1～8的肽之一产生的。在优选的实施方式中，抗体是包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：13，14和15分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：16，17和18分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和/或包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：19，20和21分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：22，23和24分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3。在优选的实施方式中，抗体是分别具有表1中所示(见发明详述)的SEQ ID NO：9和11的氨基酸序列的轻链和重链的抗体和/或分别具有表1中所示(见发明详述)的SEQ ID NO：10和12的氨基酸序列的轻链和重链的抗体。在优选的实施方式中，样品是生物学样品。在优选的实施方式中，样品是组织样品。在优选的实施方式中，样品是固定的样品，冷冻的样品或裂解产物。在优选的实施方式中，样品是肿瘤样品。在优选的实施方式中，样品是冷冻的肿瘤组织样品。在优选的实施方式中，样品包括肿瘤裂解产物。在优选的实施方式中，样品包括乳腺癌样品。在优选的实施方式中，样品是FFPE样品或溶解的FFPE样品。在优选的实施方式中，样品是血，血浆或淋巴样品。在优选的实施方式中，血或血浆样品含循环肿瘤细胞。在优选的实施方式中，样品包括细胞系。在优选的实施方式中，测量可为跨宽动态范围的定量。在优选的实施方式中，宽动态范围是约2个对数。在更优选的实施方式中，宽动态范围在乳腺癌样品中是约1～1.5个对数。在优选的实施方式中，方法提供Her-3表达的定量连续谱。在优选的实施方式中，测量或量 敏感于如通过利用良好-表征的细胞系模型和交叉-确认技术(例如ELISA和流式细胞术)的精确度研究测定的至少约1000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约5000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约10,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约25,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量如使用同种型对照抗体测定的和与常规IHC方法比较是特异的。 
在第2方面，本发明针对用于确定患癌受试者是否可能响应靶向治疗处理，用于预测疾病时间进程和/或用于预测受试者的癌时间进程中的显著事件的概率的方法，包括测量来自受试者癌的生物学样品中的Her-3量，其中方法依赖于Her-3水平。在某些实施方式中，如果Her-3水平高，患者欠可能或不可能响应靶向治疗。在某些实施方式中，如果Her-3水平低，患者更可能响应靶向治疗。在本文中更详细的某些实施方式中，所述治疗是Her作用剂。在进一步实施方式中，所述治疗是Her-2作用剂或靶向Her-3的制剂中的至少一种。在某些实施方式中，Her-3量在第1阈值以上，以至于样品分划为具有“高”Her-3量(例如，总Her-3和/或Her-3同源二聚体和/或Her-3异源二聚体)。在一些实施方式中，Her-3的第1阈值是≥0.158的总Her-3(H3T)，且低Her-3值在此阈值以下。或者，依赖于监控的患者同群和/或显著的事件可使用其他范围。由此，本文所述的各阈值和/或阈值范围可在对数标度上以约0.5个对数单位或更少和/或在线性标度上25％或更少变化(即是≤25％大于和/或≤25％小于本文中公开的特定范围)，或以约20％或更少，或以约15％或更少，或以约10％或更少，或以约5％或更少。 
在优选的实施方式中，受试者癌是乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，膀胱癌，前列腺癌，非-小细胞肺癌，黑色素瘤，咽癌，胰腺癌，食管癌，神经胶质瘤，胆道癌，胆管上皮癌，胃癌，子宫内膜癌，胆囊癌，鳞状细胞癌或基底细胞癌。在优选的实施方式中，受试者癌是乳腺癌， 黑色素瘤，滑膜癌，结直肠癌或卵巢癌。在优选的实施方式中，受试者癌是Her-2阳性乳腺癌。在某些实施方式中，乳腺癌是早期阶段(即辅佐性)乳腺癌或转移性乳腺癌。 
如上所述，在某些实施方式中，所述方法包括检测样品中的其他生物标记。例如，可测量其他生物标记，例如Her-2和/或p95。或者，其他生物标记例如可为下列中的至少一种：FOXM1，PRAME，Bc12，STK15，CEGP1，Ki-67，GSTM1，CA9，PR，BBC3，NME1，SURV，GATA3，TFRC，YB-1，DPYD，GSTM3，RPS6KB1，Src，Chk1，ID1，EstR1，p27，CCNB1，XIAP，Chk2，CDC25B，IGF1R，AK055699，P13KC2A，TGFB3，BAGI1，CYP3A4，EpCAM，VEGFC，pS2，hENT1，WISP1，HNF3A，NFKBp65，BRCA2，EGFR，TK1，VDR，Contig51037，pENT1，EPHX1，IF1A，CDH1，HIF1α，IGFBP3；CTSB，Her3或DIABLO。在某些实施方式中，其他生物标记可为VEGF，CD31，KDR，p95或Her-2。 
在某些实施方式中，乳腺癌中Her-2的表达水平高。在某些实施方式中，高Her-2表达是log10H2T≥约1.14-1.25。在某些实施方式中，高Her-2表达包括非常高和/或中等高的表达。在某些实施方式中，非常高Her-2表达是log10H2T≥约1.84-2.21。在本文中公开的各方法的某些实施方式中，中等高表达在1.14～1.25和1.84～2.21之间(即≥1.14～1.25和≤1.84～2.21)。或者，依赖于监控的患者同群和/或显著的事件可使用其他范围。由此，本文所述的各阈值和/或阈值范围可在对数标度上以约0.5个对数单位或更少和/或在线性标度上25％或更少变化(即是≤25％大于和/或≤25％小于本文中公开的特定范围)，或以约20％或更少，或以约15％或更少，或以约10％或更少，或以约5％或更少。 
而且，在某些实施方式中，p95水平可评价为任一高或低。在一些实施方式中，p95的第1阈值是＞或≥90的总p95值(在线性标度上)且低p95值在此阈值以下。或者，依赖于监控的患者同群和/或显著的事件可使用其他范围。由此，本文所述的各阈值和/或阈值范围可变化 以约25％或更少(即是≤25％大于和/或≤25％小于本文中公开的特定范围)，或以约20％或更少，或以约15％或更少，或以约10％或更少，或以约5％或更少。 
在某些实施方式中，如果Her-3水平高，患者欠可能或不可能响应靶向治疗。在某些实施方式中，如果Her-3水平低，患者更可能响应靶向治疗。在某些实施方式中，所述治疗是Her-作用剂。在某些实施方式中，所述治疗是Her-2作用剂或靶向Her-3的制剂中的至少一种。 
由此，在某些实施方式中，所述方法包括测量来自受试者癌的生物学样品中的Her-2和/或Her-2同源二聚体的量，其中如果Her-2和/或Her-2同源二聚体的量是中等高，且Her-3表达低，则患者可能响应Her-2作用剂和/或患者具有长时间进程。在某些实施方式中，所述方法包括测量来自受试者癌的生物学样品中的Her-2和/或Her-2同源二聚体的量，其中如果Her-2和/或Her-2同源二聚体的量是中等高，且Her-3表达高，则患者不可能响应Her-2作用剂和/或患者具有短时间进程。 
另外，在某些实施方式中，所述方法包括测量来自受试者癌的生物学样品中的p95量，其中如果p95和Her-3表达量低，则患者可能响应治疗性作用剂和/或患者具有长时间进程。在一个实施方式中，患者也具有高(或中等高)水平的Her-2。在某些实施方式中，所述方法包括测量来自受试者癌的生物学样品中的Her-2和/或Her-2同源二聚体的量，其中如果Her-2和/或Her-2同源二聚体的量高和/或中等高和Her-3表达和/或p95表达高，则患者不可能响应Her-2作用剂和/或患者具有短时间进程。 
在优选的实施方式中，靶向治疗是至少一种靶向Her家族的制剂。在优选的实施方式中，靶向Her家族的制剂是多靶向或单靶向制剂。在优选的实施方式中，多靶向制剂是双激酶抑制剂或双特异性抗体。在优选的实施方式中，靶向Her家族的制剂是曲妥珠单抗，拉帕替尼或培妥珠单抗。在优选的实施方式中，至少一种靶向Her家族的制剂 是至少2种制剂，其中至少2种制剂是一种或更多种靶向Her-2的单克隆抗体和/或靶向EGFR的单克隆抗体和/或EGFR和Her-2双激酶抑制剂。在优选的实施方式中，单克隆抗体是曲妥珠单抗。在优选的实施方式中靶向EGFR的单克隆抗体是西妥昔单抗或帕尼单抗。在优选的实施方式中，双激酶抑制剂是拉帕替尼，厄洛替尼或吉非替尼。在优选的实施方式中，靶向治疗是Her-3或Her-3信号转导通路作用剂。在优选的实施方式中，Her-3或靶向Her-3信号转导通路的制剂是Her-3单克隆抗体，Her-3二聚化抑制剂，Her-3磷酸化抑制剂和/或Her-3信号转导通路成员的抑制剂，其选自PI3K，Akt，mTOR和ERK1/2。在优选的实施方式中，响应的可能性，具有长时间进程的可能性和/或具有显著的事件的可能性使用RECIST标准测量为：总体存活率，进展用时间，无疾病存活，无进展存活，和/或对象肿瘤应答。 
在优选的实施方式中，是否癌是Her-2阳性通过IHC，FISH，CISH，定量mRNA，杂交阵列，或 测定。在优选的实施方式中，确定Her-3水平使用IHC，FISH，CISH，定量mRNA，杂交阵列，或 进行。 
在优选的实施方式中，方法还包括确定不可能响应根据本发明的方法治疗的患Her-2阳性癌的受试者，然后给出给受试者施用有效量的不同的治疗剂的治疗选项的医学专业性的建议。 
在第3方面，本发明针对结合Her-3的纯化的抗体。在优选的实施方式中，抗体是多克隆抗体或单克隆抗体。在优选的实施方式中，抗体是单克隆抗体。在优选的实施方式中，抗体是针对如实施例2和图2A所示的具有SEQ ID NO：1～8的肽之一产生的。在优选的实施方式中，抗体是包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：13，14和15分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ IDNO：16，17和18分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和/或包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：19，20和21分别所示的序列的CDR1，CDR2 和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：22，23和24分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3。在优选的实施方式中，抗体是分别具有表1中所示(见发明详述)的SEQ ID NO：9和11的氨基酸序列的轻链和重链的抗体和/或分别具有表1中所示(见发明详述)的SEQ ID NO：10和12的氨基酸序列的轻链和重链的抗体。 
【附图说明】
图1显示在用HER3表达载体转染的HEK 293(人胚胎肾细胞)的几个稳定-转染的克隆中通过Her-3ELISA试剂盒(R&D Systems，Inc.)测定的Her-3表达水平。表达载体的构建描述于实施例1。一个克隆，293H3-克隆1，表达高水平的HER3，及选定为用于优化的HER3 测定的对照。 
图2A列出用于免疫小鼠以产生Her-3-特异性抗体的肽序列，其中 
SEQ ID NO：1是LGSALSLPVLNRPRGTGQSLLSP； 
SEQ ID NO：2是SAYHSQRHSLLTPVTPLSP； 
SEQ ID NO：3是VGSDLSASLGSTQSCPLHPVPI； 
SEQ ID NO：4是CQGPGHQAPHVHYARLKTLRS； 
SEQ ID NO：5是LEEVELEPELDLDLDLEAE； 
SEQ ID NO：6是CFDNPDYWHSRLFPKANA； 
SEQ ID NO：7是CPDYWHSRLFPKANAQRT；以及 
SEQ ID NO：8是CFPKANAQRT。 
肽序列代表来自Her-3的C-端区的不同的表位(显示了相对于蛋白N-末端的各肽的长度和位置)。在第4栏列出针对各肽产生的抗体。各抗体已确证为在ELISA，IHC和 测定中是测试阳性。图2B显示IHC研究的结果，其中用B9A11(针对Her-3肽之一产生的Her-3-特异性抗体)，Her-2-特异性抗体Ab8(HerceptTestTM)，和对照抗体ITC-IgG2a筛选出2种细胞系。一种细胞系，SKOV3(上图)已知表达高水平的HER2和低水平的HER3。其他细胞系，293H3- 克隆1(下图)是描述于实施例1和显示于图1的稳定转染的细胞系，其过表达HER3但表达低水平的HER2。IHC结果显示用293H3-克隆1细胞而非SKOV3细胞的强B9A11信号，如所期望。 
图3显示通过自4种不同的细胞系的FFPE块的 测定的，用从3种其他测定(IHC，ELISA和流式细胞术)的数据交叉-确认的HER3水平。选择表达变化的水平的HER3的细胞系用于这些研究：293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDAMB-468和SKOV3(后来的3种来自ATCC)。选择细胞系以代表跨大于2个对数的HER3受体水平。如实施例3所述制备FFPE块，用于用HER3 测定和IHC测试。使用流式细胞术测试来自相同群的部分细胞的HER3受体数。而且，由相同群的细胞制备全细胞裂解产物用于用ELISA试剂盒(人ErbB3-DuoSet ELISA：R&D Systems，Inc.)定量HER3。数据显示 测定的宽动态范围，结果与全部3种其他方法一致。 
图4显示患者肿瘤样品的实施例，其中广泛认证的病理学家已圈定了肿瘤区。 
图5显示使用的设备和HER3 测定的工作流程。FFPE样品首先使用一系列溶剂脱蜡及再水化(最上图1)。在高压锅中使用1×DAKO(Lab Vision)实现抗原收回(最上图2)。然后用水润洗样品，且将疏水笔用于绕样品画圈，在载玻片上保持试剂。然后封闭样品，且用缀合 的Ab-6(Lab Vision)和缀合生物素的B9A11的混合物处理(最上图3)。温育和洗涤后，添加缀合链霉亲和素的亚甲蓝试剂，温育和洗涤，然后添加含荧光素和2种毛细管电泳内部标记物(分别MF和ML，第1和最后标记物)的照射缓冲液。结合的 使用光活化 的切割的LED阵列释放(最上图4)。 立即使用硼氢化钠还原成可定量的形式，并将 报告子分离和使用毛细管电泳检测(ABI3130CE仪器，最上图5)。 
图6显示自设计为鉴定用于最大化 测定的动态范围 的最佳抗体浓度的实验的结果。选择跨测定的整个动态范围的细胞系：293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDA-MB-468，MDA-MB-231和SKOV3。如下改变抗体B9A11-生物素和Ab-6Pro-11的浓度(表的第1列)：在第4，5和6行分别1mg/mL B9A11-生物素和1mg/mL Ab-6Pro-11，1mg/mL B9A11-生物素和2mg/mL Ab-6Pro-11和2mg/mL B9A11-生物素和1mg/mL Ab-6Pro-11。各细胞系的结果以条形图显示。配对比较的期望的倍数变化基于自相同的细胞系FFPE块制备物的HER3流式细胞术和ELISA结果。选择2mg/mL B9A11-生物素和1mg/mL Ab-6Pro-11的最佳浓度(圈住的)用于相比显示于表的第2行的期望的倍数变化基于HER3的精确的检测的最佳实施。这里显示的动态范围是约2个对数。 
图7显示使用来自4种良好-表征的细胞系(293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDA-MB-468和SKOV3)的3个成功的重复测定的HER3 的精确度。将 测量与室内产生的流式细胞术和ELISA数据相比。100％的结果匹配来自流式细胞术和ELISA的室内数据，其中293H3-克隆1＞MDA-MB-453＞MDA-MB-468＞SKOV3。未在4个细胞系样品之任何的信号水平之间观察到重叠。 
图8展示HER3 测定的灵敏度。将含低HER3表达对照细胞系，MDA-MB-468的8个重复的一批与低/阴性HER3表达对照细胞系，SKOV3的8个重复相比，以测定灵敏度。MDA-MB-468和SKOV3之间的全部配对比较(64/64)产生具有相比SKOV3更高水平的HER3的MDA-MB-468。 
图9显示HER3 测定的批间重复性。8个分离HER3总 测定在4种良好-表征的细胞系，293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDA-MB-468和SKOV3上，使用不同的CE照明灯，几个算子以及在4周期间的不同的天进行。批标准化过程后，比较跨8批的数据，以确定重复性。跨动态范围的存活力系数在8和15％之间。值表现为Log10normRPA，其为标准化的相对峰面积/肿瘤面积的 对数，然后使用期望的值标准化批。 
图10显示HER3 测定的精确度。HER3 测定的批内重复性通过比较各3个对照细胞系，293H3-克隆1，MDA-MB-453和MDA-MB468的15个重复的表现来展示。配对比较由各批的15个重复组成，以测定精确度。95％的293H3-克隆1数据在1.2倍之内，且95％的MDA-MB-468数据在1.37倍之内。各细胞系的15个重复的 数据(以标准化的RPA显示)由各图右侧的15个条所示。将表达中等到高水平的HER3的3种细胞系和表达低/阴性HER3的细胞系，SKOV3的对照数据显示在各图左侧。 
图11显示使用不同的样品尺寸的HER3 测定的线性。在 测定中测试来自各3种良好-表征的细胞系，293H3-克隆1，MDA-MB-453和MDA-MB-468的渐小尺寸(1×，1/2×，1/4×，1/16×)的样品，及将数据以配对方式比较，以评定测定的线性。MDA-MB-453细胞系显示降至原样品尺寸的约1/16的线性；MDA-MB-468显示降至原样品尺寸的约1/2的线性。 
图12显示如通过同种型对照测定的HER3 测定的特异性。以 测定形式测试同种型对照抗体，以确定测定的非特异性背景。对于HER3Ab-6-Pro11抗体，同种型对照是IgG1-Pro11。对于HER3B9A11-生物素抗体，同种型对照是IgG1-生物素。使用这些同种型对照来源的信号不是抗原-特异性和因此代表非特异性背景。在各图中，对于使用标记为“对照”的条中的HER3Ab6-Pro11和B9A11-生物素抗体的正常测定形式显示 结果。在左图中，对于在标记为“IgG-生物素”的条中的HER3Ab6-Pro11和IgG1-生物素抗体显示 数据。在右图中，对于在标记为“IgG-Pro11”的条中的HER3B9A11-生物素和IgG1-Pro11抗体显示 数据。在包括标准细胞系对照(293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDA-MB468，SKOV3和T47D)以及几个肿瘤样品(41776B1，32712A2，30345C2，106305A2和106341A2)的FFPE样品的阵列上测试各抗体配对。单位是标准化的 RPA＊IB/TA。 
图13显示来自国际血清Her-2/neu研究组试验的肿瘤样品的 数据。在1999和2006之间的曲妥珠单抗处理期间预期地观察了此患者同群(n＝105)。全部患者通过任一IHC或FISH测定为Her-2阳性，且在研究之前未暴露于曲妥珠单抗。在8个分离批中使用HER3 测定评估样品的HER3水平。结果显示于此图的8个小图。各小图也包括5种对照细胞系的结果：293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDA-MB-468，SKOV3和T47D(显示在各图左侧)。结果以log10标准化的RPA单位显示。 
图14显示来自用于测定曲妥珠单抗(即赫赛汀)应答的最佳截止的位置扫描分析的数据。在左图中，统计学地显著的截止以上的患者(见箭标)具有相比截止以下的患者不利的进展用时间(TTP)(危害比＝2.3；p＝0.0004)。在右图中，显著的截止值不可测定，但使用对于TTP发现的截止，观察截止以上的患者(通过箭标指定的)中更差的总体存活(OS)的趋势(危害比＝1.7；p＝0.059)。 
图15显示首先通过总HER2水平(H2T)分划的，然后还通过总HER3水平(H3T)分划的82个曲妥珠单抗-处理的患者同群的Kaplan-Meier图。在上左图中，Kaplan-Meier图显示对于亚分为(基于之前报告的截止)HER2-正常和HER-2过表达组的2组患者的具有无进展存活(月)的患者的百分率。然后使用显示于图14的截止基于HER3的水平将HER2过表达组还亚分为2个亚组。这2个亚组的Kaplan-Meier图显示于上右图。下图显示来自上图的3组结果：正常HER2组(对数(H2T)＜1.14)，HER2-高，HER3-低组(对数(H2T)＞1.14，H3T＜0.158)和HER2-高，HER3-高组(对数(H2T)＞1.14，H3T＞0.158)。检查HER3-过表达亚组的单变量Cox比例危险度分析将H3T(高对比低)鉴定为进展用时间的最显著的预估(TTP；HR＝2.98，p＝0.0004)。 
图16显示滑膜癌，结肠癌和卵巢癌中HER3 测定的结果。最上图显示一组滑膜癌样品的结果。左侧的4个条是对照样品(从左到右分别为293H3-克隆13，MDA-MB-453，MDAMB-468和 SKOV3)。中图显示一组结肠癌样品的结果。使用相同的对照细胞系(显示于左4条)。下图显示比较一组卵巢肿瘤样品中的HER2表达和HER3表达的结果。结果以标准化的RPA单位显示。这些肿瘤样品的动态范围跨0.5～1.5，取决于癌。 
图17显示随着高HER2(H2T)组(log10H2T＞1.25，或＞13.8，在线性标度上)，基于高或低p95(p95＞90或＜＝90)和高或低HER3(H3T)将患者亚分组为不同的组的能力允许如通过中位TTP所测的临床结果的进一步分划。用组合的p95和H3T亚组的单变量KM分析，给出此图中KM图的结果。这些数据提示，如通过HERmark/ (即高H2T，即log10H2T＞1.25或＞13.8，在线性标度上)评定的HER2-阳性乳腺癌患者可分类为曲妥珠单抗处理后具有不同的结果的至少4个亚组。在KM中，具有低H3T(在HER3测定的第一代中，H3T＜0.158)且低p95(p95＜90)的组具有15.0个月的中位TTP，相比具有低H3T(H3T＜0.158)和高p95(p95＞90)的组的9.3个月；相比高H3T组(H3T＞0.158，在HER3测定的第一代中)且低p95组的6.4个月，以及相比高H3T(H3T＞0.158)和高p95(p95＞90)的3.2个月。组中差异的趋势显著(p＜0.0001)。 
图18显示比较来自Lipton同群的各亚组的y轴上的无进展的百分率对轴上的时间(进展用时间，TTP)的Kaplan-Meier(KM)分析，如通过HER2总(H2T高或低)，p95HER2(p95高或低)，和HER3总(H3T)高(H3T＞0.158，在H3T测定的第1代中)或H3T低(H3T＜＝0.158，在测定的第1代中)的组合的 测量指定的。截止通过位置扫描分析中的最低p-值鉴定。H2T高＝(log10H2T＞1.25或在线性标度上，＞13.8)。低H2T＝log10H2T＜＝1.25或在线性标度上，＜＝13.8.p95低＝p95＜＝90和p95高＝p95＞90(在线性标度上)，以及H3T hi在线性标度上是＞0.158，而H3Tlo＜＝0.158(在线性标度上)。KM分析展示，FISH阳性，H2T高，p95lo(低)和H3T lo(低)的患者相比也不进展的4个其他组具有14.7个月的中位TTP。具有几乎重合的线(即FISH阴性/H2Tlo组-中位TTP＝4.5，FISH阳 性/H2Tlo(低)组-中位TTP＝3.7，活动FISH阳性/H2Thi(高)/p95hi(高)/H3T hi(高)-中位TTP＝3.2)的3组全部相比组FISH阳性/H2Thigh/p95lo/H3Tlo-中位TTP＝15具有更短的中位TTP。定义为FISH阳性/H2Thi(高)/和p95或H3Thigh的组具有中位TTP＝9.3，其在具有最佳中位TTP组(FISH阳性/H2Thigh/p95lo/H3Tlo)和以红/蓝和黑表示的3组之间。由此，HERmark测定鉴定了具有如通过对基于曲妥珠单抗的治疗的TTP所测的变化的临床结果的HER2阳性患者的多个亚组。既非HER2过表达量值也非这些亚组的结果可通过FISH/CEP17拷贝数预测。具有高p95和/或高H3T的HER2FISH阳性MBC患者可代表具有对于曲妥珠单抗的新抗性的患者的亚组。而申请人不愿受任何特定理论束缚，可解释在这些亚组中观察到的对于曲妥珠单抗的差的应答的可能的机理可包括不足的曲妥珠单抗和/或缺失曲妥珠单抗结合靶(即p95)和经未被曲妥珠单抗完全抑制的异源二聚体的形成的增加的信号转导。 
【发明详述】 
本文中的术语“实施方式”和“方面”互换使用。 
“抗体”是指结合，及由此定义为互补于，另一分子的特定空间和极性组织的免疫球蛋白。抗体可为单克隆，多克隆或重组和可通过本领域熟知的技术(例如宿主免疫和血清收集)(多克隆)或通过制备连续的杂交细胞系和收集分泌的蛋白(单克隆)或通过克隆和表达至少编码结合需要的氨基酸序列的核苷酸序列或其经诱变的形式来制备。抗体可包括完全免疫球蛋白或其片段，该免疫球蛋白包括各类和同种型，例如IgA，IgD，IgE，IgG1，IgG2a，IgG2b和IgG3，IgM，等。其片段可包括Fab，Fv和F(ab’)2，Fab’等。抗体也可为单链抗体，嵌合抗体，人源化的抗体或任何本领域技术人员已知保留特异于特定结合位点的结合活性的其他抗体衍生物。此外，只要维持对于特定结合位点的结合亲和性且适当就可使用免疫球蛋白或它们的片段的聚集物，聚合物和缀合物。用于免疫测定的抗体和抗体衍生物的产生 和选择，包括所述采用可释放的分子标签的测定(如以下所述)的介绍可见于容易得到的文本和手册，例如，Harlow and Lane，1988，Antibodies：A Laboratory Manual，Cold Spring Harbor Laboratory Press，New York；Howard and Bethell，2001，Basic Methods in Antibody Production and Characterization，CRC Press；Wild，ed.，1994，The Immunoassay Handbook，Stockton Press，New York。 
“结合化合物”指能结合到另一目的分子的分子。结合化合物可为抗体，肽，细胞表面受体的肽或非-肽配体，蛋白，寡核苷酸，寡核苷酸类似物，例如肽核酸，凝集素或能特异性结合靶分子或复合物的任何其他分子实体。在一实施方式中，靶分子是蛋白或蛋白复合物。在另一实施方式中，结合化合物还包括接近探针。在一实施方式中，结合化合物包括一种或更多种附接到结合部分的分子标签。在另一实施方式中，第2结合化合物可结合到结合化合物和测试或定量为存在结合化合物的关联，其结合到靶蛋白。作为另一特定例，任一第1或第2结合化合物可产生以有效接近距离与接近探针联合作用的效应分子，产生与存在靶蛋白关联的信号。而且，在另一实施方式中，结合化合物可具有在有效接近距离内与另一个相互作用而形成产生信号或可以与存在靶蛋白关联的方式检测和测量的复合物的分子标签。更特别是，靶蛋白或复合物可为Her-3或复合物中的Her-3。 
“结合部分”指能结合分析物的、分子标签可直接或间接附接于其上的任何分子。结合部分包括，但不限于，具有达约1000Da的分子量且含选自氢，碳，氧，氮，硫和磷的原子的抗体，肽，蛋白，核酸和有机分子。优选，结合部分是抗体。 
“细胞系”指已从它们的原组织分离的，克隆倍增的和/或培养中维持的细胞。作为特定例，细胞系可源于各类型的癌和多种不同的细胞系可源于相同类型的癌样品。不同类型的细胞系例包括，但不限于，乳腺癌细胞系，例如MCF-7，MDA-MB-453，MDA-MB-468或T-47D或源于其他组织的细胞系，例如SKOV3或HEK293。 
“化学治疗剂”是指用于治疗病情，尤其癌的化学物质。 
本文中的“可切割的连接”指可经切割释放用可切割的连接连接到结合部分的可检测的分子标签的化学连接基团。 
本文中的“切割-诱导部分，”或“切割剂”是产生能切割可切割的连接的活性物质的基团。优选，活性物质是呈现短-寿命的活性，从而其切割-诱导效应仅在其产生位点附近的化学物质。 
本文中的“切割探针”指试剂，其包括切割-诱导部分，本文中定义的，和结合化合物，例如抗体，肽，细胞表面受体的肽或非-肽配体，蛋白(例如链霉亲和素)，小分子(例如生物素)，寡核苷酸，寡核苷酸类似物(例如肽核酸)，凝集素或能结合到靶蛋白或分子或稳定的分子复合物的任何其他分子实体。 
“双激酶抑制剂”指抑制多于一种激酶的分子，例如但不限于，EGFR和Her-2激酶活性的抑制剂，例如拉帕替尼。 
本文中的“有效接近距离”描述足以产生可检测的信号，表明有靶分子的2个结合化合物之间的距离。例如，接近探针和在有效接近距离内结合于Her-3(或另一目的分析物)的结合化合物将产生可检测的信号，表明和/或定量Her-3和/或Her-3复合物的存在。优选，对于许多检测系统，有效接近距离范围小于200nM，更优选地，小于50nM。 
“EGFR”，“ErbB1”，“erbB-1”，“HER1”，“her-1”，“Her-1”指表皮生长因子受体和其等位基因变体，例如，Ono和Kuwano(见Ono和Kuwano(2006)Cuin.Cancer Res.12：7242-7251)和Genbank登录号P00533所示。除非另有说明，术语“EGFR”，“ErbB1”，“erbB-1”，“HER1”，“her-1”，“Her-1”在本文中指人蛋白。 
“表位”指抗体分子或其他结合化合物结合其上的分子(通常蛋白)表面位点。通常，蛋白具有几个或许多不同的表位，也称为抗原决定簇，且与不同的特异性的抗体反应。 
“FFPE”应指一组细胞或一定量的固定的组织，尤其常规福尔马林-固定的石蜡-嵌入样品。所述样品一般，例如，无限制地，用于封固于显微镜载玻片或相当的表面的固定的组织的薄的切片(例如3～10μm厚)形式的受体复合物的测定。所述样品一般也经历常规再-水 合过程，且任选作为测定测量的部分，或在测定测量之前经历抗原收回过程。 
本文中的“大于或等于”(即≥或＞＝)可在某些替代性的实施方式中指“大于”(＞)。而且，本文中的“小于或等于”(即≤或＜＝)可在某些替代性的实施方式中指“小于”(＜)。 
“Her-2”，“ErbB2”，“c-Erb-B2”，“HER2”，“Her2”和“neu”在本文中互换使用，且指天然的Her-2，及其等位基因变体，例如在Semba等人，1985，P.N.A.S.USA 82：6497-650和Yamamoto等人，1986，Nature 319：230-234和Genebank登录号X03363所述。除非另有说明，术语“Her-2”，“ErbB2”，“c-Erb-B2”，“HER2”和“Her2”在本文中指人蛋白。编码Her2的基因在本文中指“erbB2”。 
本文中的“Her-2-作用剂”指可改变Her-2或表达Her-2的细胞或Her-2阳性癌细胞的生物学活性的化合物。所述生物学活性包括，但不限于，二聚化，自磷酸化，另一受体的磷酸化，信号转导等。生物学活性可包括，无限制地，细胞存活和细胞增值，且所述活性的由Her-2作用剂的抑制可为直接或间接细胞杀伤(例如ADCC)，蛋白复合物破坏或复合物形成，蛋白运输或酶抑制的调节。生物学活性也可包括本申请所示的患者应答。例示Her-2-作用剂包括，但不限于，大分子4D5，培妥珠单抗和曲妥珠单抗和小分子例如AEE-788和拉帕替尼。Her-2复合物用于说明蛋白复合物，例如异源二聚体，其中Her-2是一种成分。Her-2复合物可包括Her-2同源二聚体，或包括Her-2的异源二聚体(例如，Her-2/Her-3异源二聚体) 
“Her-3”，“ErbB3”，“c-erb-B3”，“erbB-3”，“HER3”和“Her3”在本文中互换使用，且指天然的Her-3，及其等位基因变体，例如，在Kraus MH，等人(1989)Proc Natl Acad Sci U S A 86：9193-9197和Plowman GD，等人(1990)Proc Natl Acad Sci U S A 87：4905-4909和Genbank登录号P21860所述。除非另有说明，术语“Her-3”，“ErbB3”，“c-erb-B3”，“erbB-3”，“HER3”和“Her3”在本文中指人蛋白。基因编码Her3在本文中指“erbB3”。 
“Her-3复合物”用于描述蛋白复合物，例如异源二聚体，其中Her-3是成分。包括Her-3的异源二聚体例包括但不限于Her-1/Her-3和Her-2/Her-3。 
“靶向Her-3的制剂”或“靶向Her-3信号转导通路的制剂”指改变Her-3或Her家族信号转导通路的成员的生物学活性的治疗剂。所述生物学活性包括，但不限于，二聚化，自磷酸化，另一受体的磷酸化，信号转导等。生物学活性可包括，无限制地，细胞存活和细胞增值，且所述活性的由Her-3或Her-3信号转导通路成员作用剂的抑制可为直接或间接细胞杀伤(例如ADCC)，蛋白复合物破坏或复合物形成，蛋白运输或酶抑制的调节。生物学活性也可包括本申请所示的患者应答。例示Her-3或Her-3信号转导通路成员作用剂可包括，但不限于，靶向Her-3，PI3K，Akt，mTOR、ERK1/2或PYK2的大分子(例如抗体)或小分子(例如小分子激酶抑制剂)。 
“高”指测量，其大于正常，大于标准(例如预定测量或亚组测量)，或其相对大于另一亚组测量。例如，高Her-3指大于正常Her-3测量的Her-3测量。正常Her-3测量可根据本领域技术人员可用的任何方法测定。高Her-3也可指等于或大于预定测量(例如预定截止值)的测量。高Her-3也可指高Her-3亚组具有相比另一亚组相对更大的Her-3水平的Her-3测量。例如，无限制地，根据本说明书，2个不同的患者亚组可通过围绕以数学方法测定的点分组样品来创建，例如，无限制地，中位，由此创建测量高(即高于中位)的亚组和测量低的另一亚组。Her-3可通过本领域技术人员已知的任何方法测量，例如，无限制地，使用 或使用任何标准免疫组织化学(IHC)方法。在一些情况中，“高”表达水平可包括非常高的表达范围和”中等高”的表达范围，其中中等高是大于正常，但小于“非常高”的表达水平。本文提供高(包括非常高和中等高)Her-2表达和/或高Her-3和/或高p95表达范围的例。 
“IHC，FISH和CISH”是用于检测细胞或组织内有分子实体的方法(分别是免疫组织化学，荧光原位杂交，和发色原位杂交)。例如， 膜受体(例如Her-3)和/或受体EGFR家族的其他成员可使用这些方法检测。 
“同种型对照抗体”指具有相同的作为基础的免疫球蛋白结构作为用作结合化合物但不对靶向的表位具有特异性的特异性抗体的抗体。同种型对照抗体的使用允许观察由于非-特异性结合的任何结合。 
本文中的“可能”(及“不可能”)指物品，对象，事物或人会发生的增加的(或降低的)概率。由此，在一个实例中，可能响应用曲妥珠单抗治疗的受试者具有相对于参照受试者或受试者组响应用曲妥珠单抗治疗的增加的概率。 
本文中的“长”指时间测量，其大于正常，大于标准(例如预定测量或亚组测量)，且其相比另一亚组测量相对更长。例如，相应于患者的寿命，长时间进展指相比正常时间进展更长的时间进展。是否时间进展长或不长可根据本领域技术人员可用的任何方法测定。在一实施方式中，“长”指大于疾病中显著的事件发生需要的中位时间进程的时间。 
术语“低”指测量，其小于正常，小于标准(例如预定测量或亚组测量)，且其相对小于另一亚组测量。例如，低Her-3是指在特定组的患者样品中小于正常Her-3测量的Her-3测量。正常Her-3测量可根据本领域技术人员可用的任何方法测定。低Her-3也可指小于预定测量(例如预定截止值)的测量。低Her-3也可指低Her-3亚组相对低于另一亚组的测量。例如，无限制地，根据本说明书，2个不同的患者亚组可通过围绕以数学方法测定的点分组样品来创建，例如，无限制地，中位，由此创建相应于测量高(即大于中位)的另一组测量低(即小于中位)的组。Her-3可通过本领域技术人员已知的任何方法测量，例如，无限制地，使用 方法或使用任何标准免疫组织化学(IHC)方法。本文提供Her-3，Her-2和p95表达低值范围例。 
“裂解产物”指当细胞的细胞膜无论通过物理或化学方法破裂时产生的溶液。例如，“肿瘤裂解产物”一般含包括肿瘤的代表性的细胞成 分，包括但不限于，蛋白标记物，酶，核酸和蛋白复合物和可随后以各种测定测量的其他分子。 
本文中的“分子标签”指可直接或间接测量，可基于分离的分子中的一种或更多种物理，化学或光学差异，包括但不限于，电泳迁移率，分子量，形状，溶解度，pKa，疏水性，带电性，荷质比，极性等从其他分子区别的分子。在一实施方式中，多种或一组分子标签在电泳迁移率和光学检测特征上不同，且可通过电泳分离。在另一实施方式中，多种或一组分子标签可在分子量，形状，溶解度，pKa，疏水性，带电性，极性上不同，且可通过正相或反相HPLC，离子交换HPLC，毛细管电子层析，质量光谱学，气相层析等技术分离。 
分子标签的测量也可涉及使用二级分子相互作用，有或无进一步修饰，来检测，增强或扩增发挥分析物(例如Her-3或复合物中的Her-3)的存在和/或量的关联物的作用的可测量的信号。在一实施方式中，一组2种或更多种分子标签可在有效接近距离内相互作用以产生可测量的信号。作为分子标签，可测量的信号可，例如，通过检测当互补序列在有效接近距离内时杂交的2个互补核酸序列来产生。产生可测量的信号或可使用本领域已知的检测方法测量的其他例包括，但不限于，FRET，BRET，BiFC，LCI和QPCR。 
“总体存活”或“OS”指从治疗开始到死亡或潜意识抑制测量的时间。潜意识抑制可来自研究结束或治疗变化。总体存活可指概率，例如，以在特定时间活着的Kaplan-Meier图代表的概率，该时间是治疗开始到死亡或潜意识抑制之间的时间。 
本文中的“预测定的截止值”指对呈现允许最佳区别2个或更多个类别的属性的某些属性的受试者预定测量的值。例如，可使用用于确定总体存活的允许区别2个类别(例如高Her-3表达和低Her-3表达)的预测定的截止值。预测定的截止值可用于分离具有低于或高于预测定的截止值的值的受试者，以优化预测模型。 
本文中的“接近探针”指试剂，其包括能在有效接近距离内作用于结合化合物上的分子标签以产生可检测的信号和以下物质的部分：抗 体，肽，细胞表面受体的肽或非-肽配体，蛋白(例如链霉亲和素)，小分子(例如生物素)，寡核苷酸，寡核苷酸类似物(例如肽核酸)，凝集素或能特异性结合靶蛋白或分子或稳定的复合物的任何其他分子实体。例如，包括靶向具有分子标签的Her-3的抗体的接近探针可能在对一种或更多种Her-3结合化合物，或有一种或更多种附接的分子标签的另一目的蛋白的结合化合物的有效接近距离内结合到Her-3。在一实施方式中，接近探针包括结合分子和第1核酸，且结合分子包括抗体和第2核酸，其中第1和第2核酸彼此互补，且各为预定长度，从而当核酸彼此在有效接近距离内，它们杂交。杂交可通过本领域技术人员已知的任何方法测量。例如，荧光团可附接到核酸作为杂交的指示物。在优选的实施方式中，杂交用核酸扩增方法测量，例如，无限制地，滚环扩增方法(见，例如，Lizardi et al，.，(1998)Nat Genet.19：225～232)。 
“RECIST”应指“实体瘤中的应答评估标准”且是一组定义治疗期间癌患者改善(“响应”)，保持相同(“稳定的”)或变差(“进展”)的公开的规则。RECIST定义的应答标准已公开，例如，在Journal of the National Cancer Institute，Vol.92，No.3，2000年2月2日，且RECIST标准可包括其他类似公开定义及规则集。 
本文中的“响应”治疗，及其他形式的此动词，指受试者对用制剂治疗的反应。作为例，受试者响应治疗，如果受试者中的肿瘤生长延迟约10％，20％，30％，40％，50％，60％，70％，80％，90％或更多。在另一例中，受试者响应治疗，如果受试者肿瘤缩减约5％，10％，20％，30％，40％，50％或更多，如通过任何适当的测量测定的，例如，通过质量或体积。在另一例中，受试者响应用Her-2作用剂治疗，如果受试者经历预期寿命延长约5％，10％，20％，30％，40％，50％或更多超过在未施用治疗时预测的预期寿命。在另一例中，受试者响应用制剂的治疗，如果受试者具有总体存活或增加的进展用时间。几种方法可用于测定是否患者响应治疗，包括本文中所示的RECIST标准。 
“样品”或“组织样品″或“患者样品”或“患者细胞或组织样品”或“样本”各指从受试者或患者组织获得的一批类似细胞。组织样品的来源可为如来自新鲜组织，冷冻的和/或保存的器官或组织或活组织检查或吸入的固体组织；血或任何血成分，体液例如脑脊液，羊水，腹膜液或间质液或来自受试者妊娠或发育中的任何时间的细胞。组织样品可含不是天然地与天然组织混合的化合物，例如防腐剂，抗凝剂，缓冲液，固定剂，营养剂，抗生素等。细胞可以常规方式固定，例如以FFPE方式。 
本文中的“短”指时间测量，其短于正常，短于标准(例如预定测量或亚组测量)，且其相对短于另一亚组测量。例如，相应于患者的寿命，短时间进展指短于正常时间进展或短于预测的时间进展的时间进展。是否时间进展短或不短可根据本领域技术人员可用的任何方法测定。在一实施方式中，“短”指小于疾病中显著的事件发生需要的中位时间进程的时间。 
“信号转导通路”，本文中的指细胞外信号转导分子与细胞-表面受体的结合引发细胞内事件的过程，和/或处理其中细胞内信号转导级联可通过细胞内相互作用引发。例如，受体酪氨酸激酶是将来自细胞表面的生长因子信号扩大为控制关键功能(例如生长，分化，血管发生和凋亡抑制)的细胞内过程的跨膜蛋白。在癌中，这些信号转导通路常用于辅助肿瘤生长和转移。受体酪氨酸激酶的一种所述家族是表皮生长因子受体(EGFR)家族。EGFR家族成员，EGFR，HER2，HER3和HER4，在广泛的肿瘤类型中过表达。 
本文中的“显著的事件”应指患者的疾病中由本领域技术人员测定为重要的事件。显著的事件例包括，例如，无限制地，初始诊断，死亡，复发，患者的疾病是转移性的确定，患者的疾病的复发或患者的疾病从以上提及的阶段中的任何一个到另一个的进展。显著的事件可为用于评定OS，TTP和/或使用RECIST或如由本领域技术人员测定的其他应答标准的任何重要的事件。 
本文中的术语“受试者”和“患者”互换使用。本文中的术语“受试 者”和“受试者”指动物，优选哺乳动物，其包括非-灵长类动物(例如，牛，猪，马，驴，山羊，骆驼，猫，狗，豚鼠，大鼠，小鼠或羊)和灵长类动物(例如，猴，例如短尾猴，大猩猩，黑猩猩或人)。 
“靶向治疗”指企图鉴定和处理涉及不伤害或改变正常细胞的疾病的特异性细胞的治疗性处理。靶向治疗剂可包括但不限于小分子，例如拉帕替尼和易瑞沙/格列卫，单克隆抗体，例如曲妥珠单抗或核酸，例如用于阻断涉及疾病过程的基因产物的表达的siRNA。靶向治疗在治疗许多疾病过程，例如癌中有用。 
本文中的“时间进程”应指初始事件和随后事件之间的时间量。例如，相应于患者的癌，时间进程可涉及患者的疾病和可通过计量在疾病过程中的显著的事件来测量，其中第1事件可为诊断，而随后事件可为转移，例如。 
“进展用时间”或“TTP”指如从治疗开始到进展或癌或潜意识抑制测试的时间。潜意识抑制可来自研究结束或来自治疗中的变化。进展用时间也可表示为概率，例如，在Kaplan-Meier图中，其中进展用时间可代表经特定时间无进展的概率，该时间是治疗开始到进展或潜意识抑制之间的时间。 
“治疗”和此词的其他形式指施用防止疾病(例如癌生长)的制剂，以导致癌的重量或体积缩减，以延长受试者的期望的存活时间和/或肿瘤的进展用时间等。治疗也可指技术人员(例如，治疗医师)认为有利的任何过程。 
术语 指用于进行和利用所述测定的单次和多次进行的和多-标记物测定，材料，方法和技术，包括但不限于试剂，分析过程和与那些测定相关的软件。术语 vTag和 应互换使用。 
在第1方面，本发明针对测量和/或定量样品中Her-3和/或复合物中的Her-3的存在和/或量的方法，所述方法包括：提供样品和确定样品中Her-3和/或复合物中的Her-3的存在和/或量。在优选的实施方式中，样品是生物学样品。在优选的实施方式中，样品是组织样品。 在优选的实施方式中，样品是新鲜组织样品，固定的样品，冷冻的样品或裂解产物。在优选的实施方式中，样品是肿瘤样品。在优选的实施方式中，样品是冷冻的肿瘤组织样品。在优选的实施方式中，样品包括来自新鲜或冷冻的肿瘤样品的肿瘤裂解产物。在优选的实施方式中，样品是FFPE样品或溶解的FFPE样品。在优选的实施方式中，样品包括乳腺癌样品。在某些实施方式中，乳腺癌是早期阶段(即辅佐性)乳腺癌或转移性乳腺癌。在某些实施方式中，乳腺癌中Her-2的表达水平高。在某些实施方式中，高Her-2表达是log10H2T≥约1.14～1.25。在某些实施方式中，高Her-2表达包括非常高和/或中等高的表达。在某些实施方式中，非常高Her-2表达是log10H2T≥约1.84～2.21。或者，可依赖于患者同群使用其他范围。在某些实施方式中，如果Her-3水平高，患者欠可能或不可能响应靶向治疗。在某些实施方式中，如果Her-3水平低，患者更可能响应靶向治疗。在本文中更详细的某些实施方式中，所述治疗是Her作用剂。在进一步实施方式中，所述治疗是Her-2作用剂或靶向Her-3的制剂中的至少一种。 
在优选的实施方式中，样品是血，血浆或淋巴样品。在优选的实施方式中，血或血浆样品含循环肿瘤细胞。在优选的实施方式中，样品包括细胞系。在优选的实施方式中，测量可为跨宽动态范围的定量。 
在优选的实施方式中，所述方法包括：将样品与结合化合物混合，及确定结合到Her-3和/或复合物中的Her-3的结合化合物的存在和/或量。在优选的实施方式中，结合化合物特异性地与Her-3结合。在优选的实施方式中，结合化合物包括抗体。在优选的实施方式中，抗体是针对如实施例2和图2A所示的具有SEQ ID NO：1～8的肽之一产生的。在优选的实施方式中，抗体是包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：13，14和15分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：16，17和18分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和/或包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：19，20和21分别所 示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：22，23和24分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，如表1B所示。在优选的实施方式中，抗体是具有表1A所示的分别SEQ ID NO：9和11的氨基酸序列的轻链和重链，和/或表1B所示的分别SEQ ID NO：10和12的轻链和重链的抗体。 
表1A 
Her3轻链序列： 
＞Her3.B9A11.H1_LC(克隆6-6) 
SEQ ID NO：9MDSQAQVLILLLLWVSGTCGDIVMSQSPSSLAVSAGEKVTLSCKSSQSLLNSRTRKNYLAWYQQKPGQSPKLLIY WASTRESGVPD RFTGSGSGTDFTLTVSSVQAEDLAVYYCKQSYNLWTFGGGTKLEIK 
＞Her3.F9B10.3_LC(克隆7-3) 
SEQ ID NO：10 
MRCLAEFLGLLVLWIPGAIGDIVMTQGAPSVPVTPGE SVSISCRSSKSLLQNNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLRISRVEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLGLK 
Her3重链序列： 
＞Her3.B9A11.H1_HC(克隆1-14) 
SEQ ID NO：11MECNWILPFILSVTSGVYSEVQLQQPGTVLARPGASVRMSCKASGYTFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGAIYPGNSDTRDNQKFKGKAELTAVTSASTAYMELSSLTNEDSAVYYCTS YYFDGAGYFDFWGOGTTLTVSS 
＞Her3.F9B10.3_HC(克隆2-1) 
SEQ ID NO：12MEWSWVFLFLLSVIASVQSQVQLQQSGAEVVRPGASVTLSCKASAYTFTDYELHWMRQTPVHGLEWIGASDPETGGSAYNQKFKGKAILTADKSSSTAFMELRSLTSEDSAVYFCTR RIFYFGSRGDFFDYWGQGTSLTVSS 
表1B 
【表1A和1B】结合Her3，Her3.B9A11.H1和Her3.F9B10.3的2种抗体的轻链和重链的氨基酸序列显示于表1A。显示序列来源的克隆分离物，并给互补决定区(CDR)加了下划线。轻链和重链分别通过“_LC”或“_HC”标识。表1B分别显示B9A11.H1轻链和重链和F9B10.3轻链和重链的3个CDR。 
在优选的实施方式中，所述方法包括混合(i)样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3；(ii)接近探针，其能结合Her-3和/或至少一种其他分析物，接近探针具有有效接近距离和(iii)至少一种结合化合物，所述至少一种结合化合物能结合Her-3且有一种或更多种信号转导分子附接于其上，其中接近探针和结合化合物的在有效接近距离内的结合由与Her-3和/或复合物中的Her-3的存在和/或量关联的分子标签产生信号。在优选的实施方式中，接近探针和/或结合化合物能特异性地与Her-3结合。在优选的实施方式中，接近探针和/或结合化合物还包括抗体，且各抗体可与Her-3上的特定表位结合。在优选的实施方式中，抗体是针对如实施例2和图2A所示的具有SEQ ID NO：1～8的肽之一产生的。在优选的实施方式中，抗体是包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQID NO：13，14和15分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ 1D NO：16，17和18分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和/或包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：19，20和21分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：22，23和24分别所示的序列的CDR1， CDR2和CDR3(表1B)。在优选的实施方式中，抗体是具有表1A所示的分别SEQ ID NO：9和11的氨基酸序列的轻链和重链，和/或表1A所示的分别SEQ ID NO：10和12的轻链和重链的抗体。在优选的实施方式中，样品是生物学样品。在优选的实施方式中，样品是组织样品。在优选的实施方式中，样品是固定的样品，冷冻的样品或裂解产物。在优选的实施方式中，样品是肿瘤样品。在优选的实施方式中，样品是冷冻的肿瘤组织样品。在优选的实施方式中，样品包括肿瘤裂解产物。在优选的实施方式中，样品包括本文中所述的乳腺癌样品。例如，在某些实施方式中，乳腺癌是早期阶段(即辅佐性)乳腺癌或转移性乳腺癌。在某些实施方式中，乳腺癌中Her-2的表达水平高。在某些实施方式中，高Her-2表达是log10H2T≥约1.14～1.25。在某些实施方式中，高Her-2表达包括非常高和/或中等高的表达。在某些实施方式中，非常高Her-2表达是log10H2T≥约1.84～2.21。或者，可依赖于患者同群使用其他范围。 
在优选的实施方式中，样品是FFPE样品或溶解的FFPE样品。在优选的实施方式中，样品是血，血浆或淋巴样品。在优选的实施方式中，血或血浆样品含循环肿瘤细胞。在优选的实施方式中，样品含外来体和/或其他囊泡。在优选的实施方式中，样品包括细胞系。在优选的实施方式中，测量可为跨宽动态范围的定量。在优选的实施方式中，宽动态范围是约2个对数。在更优选的实施方式中，宽动态范围在乳腺癌样品中是约1～1.5个对数。在优选的实施方式中，方法提供Her-3表达的定量连续谱。在优选的实施方式中，测量或量敏感于如通过利用良好-表征的细胞系模型和交叉-确认技术(例如ELISA和流式细胞术)的精确度研究测定的至少约1000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约5000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约10,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约25,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量如使用同种型对照抗体测定的和与常规 IHC方法比较是特异的。 
在优选的实施方式中，确定结合到Her-3的结合化合物的存在和/或量还包括：提供第2结合化合物，第2结合化合物能够特异性地结合结合到Her-3的结合化合物，以及确定第2结合化合物的存在和/或量作为结合到Her-3的结合化合物的存在和/或量关联。在优选的实施方式中，第2结合化合物是抗体。 
能特异性结合第1结合化合物且具有一种或更多种分子标签的第2结合化合物的使用可具有实践优势。例如，多种Her-3-特异性第1结合化合物可使用单个附接了一种或更多种分子标签的第2结合化合物测试，消除将分子标签附接到各多种Her-3-特异性第1结合化合物的需要。在优选的实施方式中，第1结合化合物是小鼠抗体，而第2结合化合物是在非-小鼠物种中产生的抗-小鼠抗体(例如，山羊抗-小鼠抗体)，其上已附接可切割的分子标签。 
第2结合化合物一般用对于检测有用的探针标记。通常用于检测第2结合化合物的检测系统包括但不限于本文所述的可切割的分子标签；放射性标记物(即放射性同位素例如I-125)；将化学物质转变为可测量的比色，荧光或电化学信号的酶(例如，过氧化物酶)和荧光蛋白(例如，绿荧光蛋白和其许多衍生物)。 
抗体可为单克隆，多克隆或重组抗体，且可通过本领域熟知的技术制备。抗体可包括完全免疫球蛋白或其片段，该免疫球蛋白包括各类和同种型，例如IgA，IgD，IgE，IgG1，IgG2a，IgG2b和IgG3，IgM，等。其片段可包括Fab，Fv和F(ab’)2，Fab’等。抗体也可为单链抗体，嵌合抗体，人源化的抗体或任何本领域技术人员已知保留特异于特定结合位点的结合活性的其他抗体衍生物。此外，只要维持结合亲和性，可适当使用免疫球蛋白或它们的片段的聚集物，聚合物和缀合物。 
为了辅助开发测量生物学样品中的Her-3的方法，创建了Her-3-特异性单克隆抗体。针对来自Her-3的肽(显示于图2A)免疫小鼠，使用本文中进一步所示及本领域技术人员已知的标准方法创建杂交 瘤。已知许多创建和产生单克隆抗体的方法，例如，首先被Koehler等人(1975)Nature 256：495-497描述的杂交瘤方法或其他方法描述于文献(见Goding，JW(1980)J.Immunol.Methods 34：285-308；Harlow E and Lane D(1988)in Antibodies：A Laboratory Manual，Chapter 6；Kennett RH et al.(1980)Monoclonal Antibodies，Plenum Press；Zola H(1987)Monoclonal Antibodies：A Manual of Techniques，CRCPress)。 
在一实施方式中，创建杂交瘤的方法开始于免疫宿主动物，例如小鼠，以引起产生靶向目的肽或蛋白的抗体的淋巴细胞的产生。淋巴细胞也可体外免疫。使用的抗原可为肽，蛋白或在细胞表面展示抗原的细胞。收集淋巴细胞，然后一般在阻止亲本骨髓瘤细胞生长和/或存活的条件下通过化学(例如，用PEG)或电学(例如，通过电融合)方法与骨髓瘤细胞融合以形成杂交瘤细胞。使融合的细胞生长，因为它们含辅助在培养基中存活的酶。在优选的实施方式中，培养基含次黄嘌呤，氨基蝶呤和胸苷(HAT培养基)，其阻止缺少次黄嘌呤奎宁磷酸核糖基转移酶(HPRT)的细胞生长。通过淋巴细胞偶体将HPRT供给到融合的细胞，允许杂交瘤存活，但防止缺乏HPRT的亲本骨髓瘤细胞的存活。 
一般使用各种技术(见Voller，等人(1978)J.Clin.Pathol.31：507-520)(包括但不限于，免疫沉淀或体外结合测定例如酶联免疫吸附试验(ELISA；见Engvall E(1977)in Biomedical Applications of Immobilized Enzymes and Proteins，edited by TMS Chang，2：87-96，Plenum Press)，放射免疫测定(RIA；见Sonksen PH(1974)Brit.Med.Bull.30：1-103)，蛋白印迹或流式细胞术)测定杂交瘤生长的培养基(即条件培养基)中针对抗原的单克隆抗体的产生。在一系列测定(包括ELISA(图1)，蛋白印迹(图2)和流式细胞术(图3))中表征来自杂交瘤的条件培养基。在优选的实施方式中，进行使用天然的和渗透的和固定的细胞的研究，以鉴定在使用固定的细胞或组织的应用(例如免疫组织化学(IHC))中表现良好的抗体。目的克隆可通过 有限稀释或单细胞流式细胞术亚克隆。 
如本领域技术人员所熟知，由杂交瘤克隆(或亚克隆)分泌的单克隆抗体可使用常规纯化过程例如但不限于透析，亲和性层析，凝胶电泳或蛋白A-琼脂糖(或蛋白L-琼脂糖)层析纯化。 
选择产生的一种抗体，B9A11(即SEQ ID NO：9和11)，其针对来自Her-3的肽CFDNPDYWHSRLFPKANA(SEQ ID NO：6)产生，用于本文所述的Her3- 测定实验。根据布达佩斯条约及以ATCC登录号PTA-10574和PTA-10575，将抗体B9A11和F9B10于2010年1月13日保藏在美国典型培养物保藏中心，10801Boulevard大学，Manassas，Va.20110。 
许多方法和试剂通常用于制备分析用生物学样品。本文中描述或引用了几种方法，且许多其他本领域技术人员已知。含可适于用作生物标记的Her-3的样品可来自广泛的来源，包括细胞培养，动物或植物组织，患者活组织检查，血等。优选，样品是人患者样品。使用常规技术制备用于本发明的测定的样品，其可取决于获取样品的来源。对于活组织检查和医学样本，下列参考文献中提供了介绍：BancroftJD & Stevens A，eds.1977，Theory and Practice of Histological Techniques，Churchill Livingstone，Edinburgh，；Pearse，1980，Histochemistry.Theory and applied.4th ed.，Churchill Livingstone，Edinburgh。 
可使用的患者组织样品例包括，但不限于乳腺，前列腺，卵巢，结肠，肺，子宫内膜，胃，唾液腺或胰腺组织。组织样品可通过各种过程得到，包括手术切除，抽吸或活组织检查。组织可为新鲜或冷冻的。在一实施方式中，生物学样品可为体外培养的和作为细胞沉淀通过离心收集的细胞。在一实施方式中，样品可为患者血样品或特定血细胞类型或血细胞类型的子集(例如，血沉棕黄层)。在一实施方式中，生物学样品可为外来体或含外来体的样品。外来体为可被多数细胞类型，包括肿瘤细胞体内和体外分泌的小(30～200nm)囊泡(见Mignot et al(2006)J.Cell.Mo1.Med.10：376-388)。肿瘤-来源的外来体被认 为在肿瘤能力中发挥作用以避免免疫系统及具有对于诊断性和治疗性应用的潜力(见Taylor and Black(1985)J.Natl.Cancer Inst.74：859-867)，且因此是目的生物学样品。 
在优选的实施方式中，样品是肿瘤样品。肿瘤样品类型例包括癌例如，无限制地，癌，肉瘤，骨髓瘤，白血病，淋巴瘤和混合型癌。在一实施方式中，癌是骨癌，例如，尤因肉瘤，骨肉瘤及横纹肌肉瘤及其他软-组织肉瘤。在另一实施方式中，癌是脑瘤，例如，少突神经胶质瘤，室管膜瘤，脑膜瘤，淋巴瘤，许旺细胞瘤或成髓细胞瘤。在另一实施方式中，癌是乳腺癌。在另一实施方式中，癌是内分泌系统癌，例如，肾上腺，胰，甲状旁腺，垂体和甲状腺癌。在另一实施方式中，癌是消化道癌，例如，肛门，结直肠，食管，胆囊，胃，肝脏和小肠癌。在另一实施方式中，癌是妇科癌，例如，子宫颈，子宫内膜，子宫，输卵管，妊娠滋养层疾病，绒毛膜癌，卵巢，阴道或外阴癌。在另一实施方式中，癌是头和颈癌，例如，喉，口咽，甲状旁腺或甲状腺癌。在另一实施方式中，癌是黑色素瘤，鳞状细胞癌或基底细胞癌。在另一实施方式中，癌是白血病癌，例如，急性淋巴细胞白血病，急性髓性白血病，慢性淋巴细胞白血病，慢性髓性白血病，毛细胞白血病或骨髓增生病症。在另一实施方式中，癌是肺癌，例如，间皮瘤或非-小细胞肺癌。在另一实施方式中，癌是淋巴瘤，例如皮肤T细胞淋巴瘤，霍奇金病或非-霍奇金病。在另一实施方式中，癌是转移性癌。在另一实施方式中，癌是骨髓瘤，例如，多发性骨髓瘤。在另一实施方式中，癌是阴茎癌。在另一实施方式中，癌是前列腺癌。在另一实施方式中，癌是睾丸癌。在另一实施方式中，癌是甲状腺癌，例如，乳头，滤泡，髓质或退形性或未分化的甲状腺癌。在另一实施方式中，癌是尿道癌，例如，膀胱，肾或尿道癌。 
制备作为新鲜，冷冻的或固定的样品体外培养的细胞的方法为本领域技术人员已知，且例示方法如本文所述。在一实施方式中，本发明的测定在已固定和嵌入石蜡的组织样品上进行，以及可进行脱蜡步骤。组织样品可通过常规方法固定(即保存)。见，例如，Lee G.Luna， HT(ASCP)Ed.，1960，Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology 3rd edition.The Blakston Division McGraw-Hill Book Company，New York；Ulreka V.Mikel，Ed.，1994，The Armed Forces Institute of Pathology Advanced Laboratory Methods in Histology and Pathology，Armed Forces Institute of Pathology，American Registry of Pathology，Washington，D.C。本领域技术人员将认同通过将组织组织学染色或别的分析的目的确定固定剂的选择。本领域技术人员将也认同固定的长度依赖于使用的组织样品和固定剂的尺寸。 
通常，将组织样品首先固定，然后通过递升的系列的醇脱水，用石蜡或其他切片介质浸润和包埋，从而可切片组织样品。或者，可切片组织和固定得到的切片。通过实施例的方式，可通过根据常规技术或本文所述的常规方法将组织样品在石蜡中包埋和处理。一旦包埋组织样品，样品可通过切片机根据常规技术切片。切片可具有跨约3μm～约12μm的厚度，且优选，厚度跨约5μm～约10μm。在一实施方式中，切片可具有约10mm2～约1cm2的面积。一旦切割，切片可通过几种标准方法附着于载玻片。载玻片粘合剂例包括，但不限于，硅烷，明胶和聚-L-赖氨酸。石蜡-包埋切片可附着到带正电的载玻片和/或用聚-L-赖氨酸包被的载玻片。 
如果石蜡已用作包埋材料，通常在检测生物标记之前将组织切片脱蜡及再水化。组织切片可通过几种常规标准方法脱蜡。例如，二甲苯和逐渐降低的系列的醇可根据由本文提供的参考文献描述的常规技术使用。或者，可使用可商购的脱蜡非-有机制剂例如Hemo- (CMS，Houston，Tex.)。 
哺乳动物组织培养细胞或新鲜或冷冻的组织的细胞裂解产物可通过常规细胞裂解技术制备(例如，0.14M NaCl，1.5mM MgCl2，10mM Tris-Cl(pH8.6)，0.5％Nonidet P-40，及蛋白酶和/或磷酸酶抑制剂，根据需要)。对于新鲜哺乳动物组织，样品制备也可包括组织解聚步骤，例如压碎，切碎，磨碎或超声处理。 
产生表达变化的水平的Her-3的稳定的细胞系。稳定表达变化的水平的目的蛋白的细胞系在确认新测定(例如Her-3 测定)中有用，相应于许多参数例如最佳抗体浓度，精确度，灵敏度，重复性，精确度，线性，特异性和动态范围。将HEK 293细胞于创建稳定的Her-3-表达细胞系。HEK 293细胞是原本源于经腺病毒DNA转化的人胚胎肾细胞的特定细胞系(见Graham等人(1977)J.Gen.Virol.36：59～74)。HEK 293细胞容易在培养中生长，转染容易及多年来已广泛用于细胞生物学研究以及用于生物技术工业的蛋白生产。Her-3-表达细胞系的产生描述于实施例1，且在各这些细胞系中测定Her-3水平的ELISA测定结果显示于图1。 
在进一步优选的实施方式中，接近探针包括抗体和第1核酸，且结合化合物包括抗体和第2核酸，其中第1和第2核酸彼此互补，且能够杂交以测定有效接近距离和通过杂交直接或间接产生信号。在优选的实施方式中，接近探针和/或结合化合物能特异性地与Her-3结合。在优选的实施方式中，结合化合物和/或接近探针还包括抗体，且各抗体结合Her-3上的不同的表位。在优选的实施方式中，抗体是针对如实施例2和图2A所示的具有SEQ ID NO：1～8的肽之一产生的。在优选的实施方式中，抗体是包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：13，14和15分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：16，17和18分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和/或包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：19，20和21分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ IDNO：22，23和24分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3(表1B)。在优选的实施方式中，抗体是具有表1A所示的分别SEQ ID NO：9和11的氨基酸序列的轻链和重链，和/或表1A所示的分别SEQ ID NO：10和12的轻链和重链的抗体。在优选的实施方式中，样品是生物学样品。在优选的实施方式中，样品是组织样品。在优选的实施方式中， 样品是固定的样品，冷冻的样品或裂解产物。在优选的实施方式中，样品是肿瘤样品。在优选的实施方式中，样品是冷冻的肿瘤组织样品。在优选的实施方式中，样品包括肿瘤裂解产物。在优选的实施方式中，样品包括本文所述的乳腺癌样品。在优选的实施方式中，样品是FFPE样品或溶解的FFPE样品。在优选的实施方式中，样品是血，血浆或淋巴样品。在优选的实施方式中，血或血浆样品含循环肿瘤细胞。在优选的实施方式中，样品含外来体和/或其他囊泡。在优选的实施方式中，样品包括细胞系。在优选的实施方式中，测量可为跨宽动态范围的定量。在优选的实施方式中，宽动态范围是约2个对数。在更优选的实施方式中，宽动态范围在乳腺癌样品中是约1～1.5个对数。在优选的实施方式中，方法提供Her-3表达的定量连续谱。在优选的实施方式中，测量或量敏感于如通过利用良好-表征的细胞系模型和交叉-确认技术(例如ELISA和流式细胞术)的精确度研究测定的至少约1000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约5000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约10,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约25,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量如使用同种型对照抗体测定的和与常规IHC方法比较是特异的。本文中所示的接近探针和结合化合物例，可见于，例如，美国专利申请7,306,904；7,320,860和7,351,528，各通过引用并入本文，包括任何附图。 
接近测定对于理解分子复合物的生物学作用，以及在研究生物标记中越来越有用。例如，特异性地结合Her-3或复合物中的Her-3的结合化合物可与许多不同的检测系统偶联，以测量Her-3的存在和/或量或复合物中的Her-3。可根据本发明使用本领域技术人员已知的对于确定Her-3量或复合物中的Her-3有用的任何方法。所述方法包括但不限于Foerster共振能量转移(FRET)，生物发光共振能量转移(BRET)，生物分子荧光互补，接近连接测定(PLA)，闪烁接近测定(SPA)及滚环扩增(RCA)或任何其他方法用于检测由结合 探针和接近探针与核酸互补链接近形成的核酸双链体。 
在进行本发明的方法中，制备测定成分的组合，包括所测样品，结合化合物和任选接近探针。通常，测定成分可以任何顺序合并。但是，在某些应用中，添加顺序可相关。例如，可要监控竞争性结合，例如在定量测定中。或可要监控组装的复合物的稳定性。在所述应用中，反应可依阶段组装。 
各试剂的量可通常依经验测定。通过存在的预测量的靶复合物和用于监控测定信号的分离和检测手段测定测定中使用的样品量。一般而言，结合化合物和接近探针的量可以超过相对于样品中期望的靶分子量的摩尔提供，通常以超过至少约1.5的摩尔，更期望约10倍超过或更多。在特定应用中，使用的浓度可更高或更低，取决于结合化合物或接近探针的亲和性和单细胞中存在的靶分子的期望的量。 
测定混合物可在提供探针与细胞表面分子的结合的条件下，通常在含水培养基中，通常以生理pH(相当于细胞培养的pH)合并和温育，通过约10～200mM浓度范围的缓冲液维持。可使用常规缓冲液，以及其他常规添加剂，如果需要，例如盐，生长培养基，稳定剂，等。正常采用生理和恒定温度。温育温度正常跨约4°～70℃，通常约15°～45℃，更通常约25°～37℃。 
在优选的实施方式中，接近探针包括：切割探针，其具有切割-诱导部分；和至少一种结合化合物，其具有通过可切割的连接附接到结合化合物的一种或更多种分子标签，其中可切割的连接在有效接近距离内可切割，产生与Her-3的存在和/或量关联的信号。在优选的实施方式中，切割探针和/或结合化合物能特异性地与Her-3结合。在优选的实施方式中，结合化合物和/或接近探针还包括抗体，且各抗体结合Her-3上的不同的表位。在优选的实施方式中，抗体是针对如实施例2和图2A所示的具有SEQ ID NO：1～8的肽之一产生的。在优选的实施方式中，抗体是包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：13，14和15分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具 有SEQ ID NO：16，17和18分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和/或包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：19，20和21分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：22，23和24分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3。在优选的实施方式中，抗体是具有表1A所示的分别SEQ ID NO：9和11的氨基酸序列的轻链和重链，和/或表1A所示的分别SEQ ID NO：10和12的轻链和重链的抗体。在优选的实施方式中，样品是生物学样品。在优选的实施方式中，样品是组织样品。在优选的实施方式中，样品是固定的样品，冷冻的样品或裂解产物。在优选的实施方式中，样品是肿瘤样品。在优选的实施方式中，样品是冷冻的肿瘤组织样品。在优选的实施方式中，样品包括肿瘤裂解产物。在优选的实施方式中，样品包括本文所述的乳腺癌样品。在优选的实施方式中，样品是FFPE样品或溶解的FFPE样品。在优选的实施方式中，样品是血，血浆或淋巴样品。在优选的实施方式中，血或血浆样品含循环肿瘤细胞。在优选的实施方式中，样品包括细胞系。在优选的实施方式中，测量可为跨宽动态范围的定量。在优选的实施方式中，宽动态范围是约2个对数。在更优选的实施方式中，宽动态范围在乳腺癌样品中是约1～1.5个对数。在优选的实施方式中，方法提供Her-3表达的定量连续谱。在优选的实施方式中，测量或量敏感于如通过利用良好-表征的细胞系模型和交叉-确认技术(例如ELISA和流式细胞术)的精确度研究测定的至少约1000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约5000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约10,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量或量敏感于至少约25,000受体/细胞～约200,000受体/细胞。在优选的实施方式中，测量如使用同种型对照抗体测定的和与常规IHC方法比较是特异的。 
优化2种抗体接近测定。将Ab-6(LabVision)，具有对于Her-3细胞质末端的表位特异性的Her-3-特异性单克隆抗体，缀合于 报告子(Pro 11)用作接近探针(Ab-6-Pro11)。将专利单克隆抗体，B9A11，缀合于生物素，当与链霉亲和素-亚甲蓝(“分子剪刀”)复合时用作切割探针(B9A11-生物素)。测定方法描述于实施例5。在最优化研究中使用表达跨非常高水平(在稳定转染的HEK 293细胞系之一，称为293H3-克隆1)至中等到低水平(分别MDA-MB-468和MDA-MB-453)至低到无可检测的Her-3(在SKOV3细胞中)的变化的水平的Her-3的几种细胞系。最优化处理包括：确定用于最大化动态范围的最佳抗体浓度(见实施例7和图6)，确定测定精确度(见实施例8和图7)，测试测定的灵敏度，重复性及精确度(分别见实施例9/图8，实施例10/图9和实施例11/图10)，不同的样品尺寸中的测定线性(见实施例12和图11)和通过使用同种型对照测试非-特异性结合的测定特异性(见实施例13和图12)。 
一般进行同种型对照来排除结合结果由抗体的特定同种型而非个体抗体所致的可能性。额外地，本领域技术人员将认同见于同种型对照的任何信号“噪音”可从总信号减去，潜在地产生更精制的结果。当进行同种型对照实验时，观察到非-特异性结合的贡献非常低(见图12)。 
通过使用可释放的分子标签测量Her-3或复合物中的Her-3提供许多优势，包括分离从测定混合物释放的分子标签，提供大大降低的背景和灵敏度显著的获得，且分离和检测提供方便的多次进行能力，从而可容易在相同的测定中同时测量多种受体复合物成分。采用所述标签的测定可具有各种形成及公开于下列参考文献：美国专利号7,105,308；6,627,400；7,402,397；7,402,398和7,402,399，以及国际专利公开No.WO 2004/011900，各通过引用以其整体并入本文。可采用可基于分离的分子中一种或更多种物理，化学或光学差异区别分子的广泛的分离技术，所述差异包括：电泳迁移率，分子量，形状，溶解度，pKa，疏水性，带电性，荷质比或极性。在一实施方式中，多种或一组分子标签在电泳迁移率和光学检测特征上不同，且通过电泳分离。在另一实施方式中，多种或一组分子标签可在分子量，形状，溶 解度，pKa，疏水性，带电性，极性上不同，且通过正相或反相HPLC，离子交换HPLC，毛细管电子层析，质量光谱学或气相层析分离。 
提供可在从结合化合物释放后通过分离技术分成不同的条带或峰的多组分子标签。所述峰的鉴定和定量提供Her-3的存在和/或量的测量或特征。一组之内的分子标签可为化学多样的；但是，为了方便，通常使多组分子标签化学关联。例如，它们可全部是肽或它们可由相同的基础构建或单体的不同的组合构成或它们可使用具有用于附加不同的分离特征的不同的取代基的相同的基础支架合成。多个分子标签的数可依赖于几个因素变化，包括采用的分离模式，分子标签上使用的用于检测的标记物，结合部分的灵敏度和可切割的连接切割的效率。 
直接对组织样品的测量可通过包括对细胞或组织靶的测量标准化，其为样品中总细胞数的代表和/或样品中特定亚型的细胞数(见，例如，美国专利申请出版物No.US 2009/0191559将其通过引用整体并入本文，包括任何描绘)。额外的测量可优选，或甚至必需，因为患者样品(尤其肿瘤样品，其可包括正常细胞的实质性级分)的细胞和组织异质性。 
在一实施方式中，结合化合物可以下式表示： 
B-(L-E)k
其中B是结合部分；L是可切割的连接，而E是分子标签。在同源测定中，可切割的连接，L，可为氧化-不稳定的连接，及更优选地，其为可通过纯态氧切割的连接。部分“-(L-E)k”表示可具有经可切割的连接附接的多种分子标签的单个结合化合物。一方面，k是大于或等于1的整数，但在其他实施方式中，k可大于几百，例如100～500或k大于几百至几千，例如500～5000。通常各多种不同类型的结合化合物具有不同的分子标签，E。可切割的连接，例如氧化-不稳定的连接，及分子标签，E，通过常规化学方式附接到B。 
优选，B是特异性地结合靶，例如Her-3的抗体。本文中所示实施例中提供了特异于Her-3表位的抗体。抗体组合物可由广泛的可商购的抗体(任一单克隆或多克隆)或通过本文中公开的方法容易形成。 
可切割的连接，L，可实际上是可在不降解结构或影响释放的分子标签，E的检测特征的条件下切割的任何化学连接基。无论何时在同源测定形式中使用切割探针，可切割的连接，L，通过由切割探针产生的切割制剂切割，所述切割探针短距离作用，从而仅在接近探针的有效接近距离内的可切割的连接被切割。一般，所述制剂必需通过使反应混合物经物理或化学变化来活化，从而制剂产生扩散到可切割的连接而影响切割的短寿命的活性物质。 
在非-同源形式中，因为将特异性地结合的结合化合物从未结合的结合化合物分离，可用可切割的连接和切割制剂的更宽的选择。可切割的连接可不仅包括对于与局部作用反应性物质(例如过氧化氢，纯态氧等)反应不稳定的连接，但也对于在整个反应混合物操作的制剂不稳定的连接，例如碱不稳定的连接，光切割性连接，可通过还原切割的连接，通过氧化切割的连接，酸-不稳定的连接和可通过特异性蛋白酶切割的肽连接。描述许多所述连接的参考文献包括：Greene and Wuts，1991，Protective Groups in Organic Synthesis，Second Edition，John Wiley & Sons，New York；Hermanson，1996，Bioconjugate Techniques，Academic Press，New York；及美国专利No.5,565,324，各通过引用并入本文中。 
当多种分子标签的分离通过气相色谱或质量光谱法进行时，分子标签，E，在本发明中可包括如以下参考文献中所述的电泳标签：见，例如，Zhang等人，2002，Bioconjugate Chem.13：1002-1012；Giese，1983，Anal.Chem.2：165-168；及美国专利No.4,650,750；5,360,819；5,516,931；及5,602,273，各通过引用整体并入本文。 
分子标签，E，优选为水溶性有机化合物，其相应于活性物质，尤其纯态氧稳定，且包括检测或报告基团。另外，E可在尺寸和结构上变化广泛。在一实施方式中，E具有约50～约2500Da范围的分子量，更优选地，约50～约1500Da。E可包括用于产生电化学，荧光或发色信号的检测基团。在采用通过质量检测的实施方式中，E可不具有用于检测目的的分离部分。优选，检测基团产生荧光信号。 
选择多数中的分子标签，从而各相应于相同多数的其他成员具有独特分离特征和/或独特光学性质。在一实施方式中，层析或电泳分离特征是在本领域常规的一组标准分离条件，例如，电压，柱压力，柱类型，移动相或电泳分离介质下的滞留时间。在另一实施方式中，光学性质是荧光性质，例如发射光谱，荧光寿命或给定波长或波长带的荧光强度。优选，荧光性质是荧光强度。1种或2种或更多种多数分子标签可具有相同的迁移或滞留时间，但它们将具有独特荧光性质，例如光谱可分辩的发射波谱，从而多数的全部成员通过分子分离及荧光测量的组合可区分。 
优选，释放的分子标签通过电泳分离及检测基团的荧光检测。在所述实施方式中，具有基本上相同的荧光性质的分子标签具有不同的电泳迁移率从而在分离条件下在电泳图谱中形成不同的峰。优选，将本发明的多种分子标签，在常规筛模的存在或缺乏下通过常规毛细管电泳设备分离。电泳分离期间或后，分子标签通过记录分离的化合物的荧光信号和迁移时间(或迁移距离)或通过构建相对荧光的表和分子标签的迁移顺序(例如，作为电泳图谱)检测或鉴定。优选，分子标签的存在，缺失和/或量通过使用一种或更多种标准测量。 
切割-诱导部分，或切割剂，是产生能切割(优选通过氧化)可切割的连接的活性物质的基团。优选，活性物质是呈现短-寿命的活性，从而其切割-诱导效应仅在其产生位点附近的化学物质。任一活性物质是固有地短寿命的，从而其将不创建超过其创建接近距离的显著的背景，或采用有效清除活性物质的清除剂，从而其不可与超过从其产生位点短距离的可切割的连接反应。例示活性物质包括纯态氧，过氧化氢，NADH和羟基自由基，苯氧基自由基，超氧化物等。例示用于导致氧化的活性物质的猝灭剂包括聚烯，类胡萝卜素，维生素E，维生素C，酪氨酸，组氨酸和谷胱甘肽的氨基酸-吡咯N-缀合物。见，例如Beutner等人，2000，Meth.Enzymol.319：226-241。 
采用切割-诱导部分和可切割的连接的设计测定中的一种考虑是当结合到受体复合物时它们不彼此远离，通过切割-诱导部分产生的活 性物质不可有效切割可切割的连接。在一实施方式中，可切割的连接优选在结合的切割-诱导部分的约1000nm之内和优选约20～200nm之内。更优选地，对于产生纯态氧的光敏化剂切割-诱导部分而言，可切割的连接在受体复合物中光敏化剂的约20～100nm之内。本领域普通技术人员将认可，特定敏化剂的有效接近距离可取决于特定测定设计的细节，且可通过常规实验测定或修饰。 
敏化剂是可经诱导产生反应性中间体，或物质，通常为纯态氧的化合物。优选，根据本发明使用的敏化剂是光敏化剂。其他包括在本发明的范围之内的敏化剂是通过热，光照，电离辐射或化学活化激发会释放纯态氧分子的化合物。此类化合物的最佳已知的成员包括内过氧化物，例如1，4-双羧乙基-1，4-萘内过氧化物，9，10-二苯基蒽-9，10-内过氧化物和5，6，11，12-四苯基萘5，12-内过氧化物。由这些化合物的加热或直接光吸收释放纯态氧。其他敏化剂公开于Di Mascio et al.，1994，FEBS Lett.355：287and Kanofsky，1983，J.Biol.Chem.258：5991-5993；Pierlot et al.，2000，Meth.Enzymol.319：3-20。 
光敏化剂可直接或间接，经共价或非-共价连接附接到抗体。构建所述组合物的介绍可见于文献，例如光动力学治疗，免疫诊断学等领域。例示介绍可见于Ullman et al.，1994，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91，5426-5430；Strong et al.，1994，Ann.New York Acad.Sci.745：297-320；Yarmush et al.，1993，Crit.Rev.Therapeutic Drug Carrier Syst.10：197-252；and U.S.Patent Nos.5,709,994，5,340,716，6,251,581，and 5,516,636。 
各种光源可用于光-活化光敏化剂，以产生纯态氧。只要足够强，可将多色及单色光源用作光源，以在实践时间持续时间产生足够的纯态氧。照射长度取决于光敏化剂的性质，可切割的连接的性质，照射光源功率和其从样品的距离。一般而言，照射时间可小于约1s至约3小时，且通常在15分钟～2小时的范围。例示光源包括激光器，例如，氦-氖激光器，氩激光器，YAG激光器，He/Cd激光器及红宝石激光器；光电二极管；汞，钠和氙蒸汽灯及白炽灯，例如，钨和钨/卤素及 闪光灯。可适用于本发明中的方法的例示光活化装置公开于国际专利公开No.WO 03/051669，将其通过引用并入本文中，包括任何附图。在所述实施方式中，光活化装置是安装在允许同时照射96孔板的全部孔的外壳的发光二极管(LED)阵列。 
可在本发明中利用的光敏化剂例是具有以上性质和公开于美国专利No.5,536,834，5,763,602，5,565,552，5,709,994，5,340,716，5,516,636，6,251,581和6,001,673；公开的欧洲专利申请No.0484027；Martin等人，1990，Methods Enzymol.186：635-645和Yarmush等人，1993，Crit.Rev.Therapeutic Drug Carrier Syst.10：197-252的那些，将全部通过引用并入本文中，包括任何附图。说道敏化剂，在某些实施方式中，光敏化剂可通过共价或非-共价附接到支持物表面或合并入支持物体部与固相支持物关联。一般而言，光敏化剂以对于达到必需量的纯态氧必需的量与支持物关联。通常，光敏化剂的量根据常规方法依经验测定。 
切割后，可然后分析样品，以测定已释放的分子标签的特性。当采用采用多种结合化合物的测定时，分子标签的分离将通常先于它们的检测。分离和检测的方法在设计用于测定的分子标签的过程中确定。优选的分离模式采用电泳，其中各标签将基于已知的它们的电泳迁移率的差异分离。 
在第2方面，本发明针对用于确定患癌受试者是否可能响应靶向治疗处理，用于预测疾病时间进程和/或用于预测受试者的癌时间进程中的显著事件的概率的方法，包括测量来自受试者癌的生物学样品中的Her-3量，其中方法依赖于Her-3水平。 
在某些实施方式中，如果Her-3水平高，患者欠可能或不可能响应靶向治疗。在某些实施方式中，如果Her-3水平低，患者更可能响应靶向治疗。在本文中更详细的某些实施方式中，所述治疗是Her作用剂。在进一步实施方式中，所述治疗是Her-2作用剂或靶向Her-3的制剂中的至少一种。 
在某些实施方式中，乳腺癌是早期阶段(即辅佐性)乳腺癌或转 移性乳腺癌。在某些实施方式中，乳腺癌中Her-2的表达水平高。在某些实施方式中，高Her-2表达是log10H2T≥约1.14～1.25。在某些实施方式中，高Her-2表达包括非常高和/或中等高的表达。在某些实施方式中，非常高Her-2表达是log10H2T≥约1.84～2.21。或者，可依赖于患者同群使用其他范围。 
在优选的实施方式中，时间进程通过确定患者的疾病过程中显著的事件之间的时间来测量，其中测量预测是否患者具有长时间进程。在优选的实施方式中，显著的事件是从初始诊断到死亡的进展。在优选的实施方式中，显著的事件是从初始诊断到转移性疾病的进展。在优选的实施方式中，显著的事件是从初始诊断到复发的进展。在优选的实施方式中，显著的事件是从手术到死亡的进展。在优选的实施方式中，显著的事件是从手术到复发的进展。在优选的实施方式中，显著的事件是从手术到转移。在优选的实施方式中，显著的事件是从转移性疾病到死亡的进展。在优选的实施方式中，显著的事件是从转移性疾病到复发的进展。在优选的实施方式中，显著的事件是从复发到死亡的进展。在优选的实施方式中，时间进程相应于总体存活率，进展用时间和/或使用RECIST或其他应答标准测量。 
Her-3 测定用于检查来自国际血清Her-3/neu研究组试验的患者同群的Her-3水平。主要通过IHC选择这些患者(n＝105)的Her-2阳性，其由一个病理学家在中心位置进行及全部接受曲妥珠单抗。此研究仅包括患Her-2过-表达肿瘤(＞10％的肿瘤细胞IHC 3+，如通过HercepTest测定)和/或ErbB2-扩增的(用对全部IHC 2+情况强制性的阳性FISH测试)转移性乳腺癌的患者(额外的细节见实施例14)。对这些患者样品进行Her3 测定，及对其中的105个样品进行测定，85个具有检测限以上的可测量的Her-3水平(在测定中，8个无可检测的肿瘤，1个样品具有荧光素失效，及8个样品在检测限以下，被认为低/阴性)。结果显示于图13。 
Her-2阳性肿瘤中的Her-3水平和尤其是Her-3水平已牵涉具有相应于疾病进展的时间进程和总体存活以及对治疗的应答和尤其相应 于从EGFR-家族-靶向治疗剂逃逸的预后值。见Sergina et al.(2007)Nature 445：437-441，Osipo et al.(2007)Int J Oncol.30：509-520，De Alava et al.(2007)Clinical Oncol.25：2656-2663，Ma and Bose(2008)E-Updates in HER1and HER2Targeting in Breast Cancer，Volume 2，Tovey et al.(2006)J.Pathol.210：358-362，Menendez and Lupu(2007)Breast Cancer Res.9：111，Fuchs et al.(2006)Anticancer Res.26：4397-4402，Lee-Hoeflich et al.(2008)Cancer Res.68：5878-5886。 
已在许多癌检查Her-3表达，包括用治疗剂靶向EGFR家族成员(例如，曲妥珠单抗，培妥珠单抗，拉帕替尼，西妥昔单抗，吉非替尼和厄洛替尼)以及化学治疗剂治疗的患者的肿瘤。比较Her-家族成员水平与临床结果，数据特别提示，Her-3表达和/或Her-2和Her-3的相对量在卵巢癌(见Amier et al.(2008)J Clin.Oncol.26：abstract 5552，Amier et al.(2008)Meeting：2008Molecular Markers，abstract 25and Xu et al.(1999)Clin.Cancer Res.5：3652-3660)和非-小-细胞肺癌(Cappuzzo et al.(2005)Brit.J.Cancer 93：1334-1340)中可用作预后及预测性诊断性生物标记。在优选的实施方式中，方法还包括通过Her-2-阳性患者样品分组为至少2个亚组来确定是否Her-3水平高或低，包括一个亚组具有高Her-3量和至少一个其他亚组具有低Her-3量，其中如果Her-3低，则患者可能响应Her-2-靶向治疗，疾病的时间进程可能长和患者不可能具有显著的事件。在优选的实施方式中，受试者癌是乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，膀胱癌，前列腺癌，非-小细胞肺癌，黑色素瘤，咽癌，胰腺癌，食管癌，神经胶质瘤，胆管癌，胆道癌，胆管上皮癌，胃癌，子宫内膜癌，胆囊癌，鳞状细胞癌或基底细胞癌。在优选的实施方式中，受试者癌是乳腺癌，黑色素瘤，结直肠癌或卵巢癌。在优选的实施方式中，受试者癌是Her-2阳性乳腺癌。在优选的实施方式中，乳腺癌是早期阶段(即辅佐性)乳腺癌或转移性乳腺癌。 
在优选的实施方式中，靶向治疗是至少一种靶向Her家族的制剂。在优选的实施方式中，靶向Her家族的制剂是多靶向或单靶向制剂。 在优选的实施方式中，多靶向制剂是双激酶抑制剂或双特异性抗体。在优选的实施方式中，Her家族靶向的制剂是曲妥珠单抗，拉帕替尼或培妥珠单抗。在优选的实施方式中，至少一种靶向Her家族的制剂是至少2种制剂，其中至少2种制剂是一种或更多种靶向Her-2的单克隆抗体和/或靶向EGFR的单克隆抗体和/或EGFR和Her-2双激酶抑制剂。在优选的实施方式中，单克隆抗体是曲妥珠单抗。在优选的实施方式中靶向EGFR的单克隆抗体是西妥昔单抗或帕尼单抗。在优选的实施方式中，靶向EGFR的单克隆抗体是扎芦木单抗，尼妥珠单抗及马妥珠单抗。在优选的实施方式中，双激酶抑制剂是拉帕替尼，厄洛替尼或吉非替尼。在优选的实施方式中，靶向治疗是Her-3或Her-3信号转导通路作用剂。在优选的实施方式中，Her-3或靶向Her-3信号转导通路的制剂是Her-3单克隆抗体，Her-3二聚化抑制剂，Her-3磷酸化抑制剂和/或Her-3信号转导通路成员的抑制剂，其选自PI3K，Akt，mTOR，ERK1/2或PYK2。在优选的实施方式中，响应的可能性，具有长时间进程的可能性和/或具有显著的事件的可能性使用RECIST标准测量为：总体存活率，进展用时间，无疾病存活，无进展存活，和/或对象肿瘤应答。信号转导指细胞将一种类型的信号转变为另一种的任何过程。一般，此涉及细胞表面的一些类型的信号(例如，配体与细胞表面受体的结合)，然后是细胞内生物化学反应的级联，其由酶进行，产生信号转导通路或信号转导通路，实现多种细胞功能。在酪氨酸激酶受体EGFR家族的情况中，家族中的4种受体中的每一种具有细胞外结构域，兼包括具有酪氨酸激酶活性的二聚化结构域和配体-结合结构域，以及跨膜结构域和细胞内结构域(见Burgess et al.(2003)Mol Cell.12：541-542)。在Her-3中，激酶结构域无功能，除非通过与其他家族成员，Her-3二聚化，才可发挥显著的信号转导通路效应。证据提示，细胞转化起始需要多种ErbB受体和配体的合作。当活化时，此家族的受体支持信号转导通路的复合物网络。已在各种癌中发现全部EGFR家族成员表达和/或改变，且可在肿瘤发展(包括增殖，凋亡和转移)中起到显著的作用(见Burgess(2008)Growth  Factors 26：263-274和Normanno et al.(2006)Gene 366：2-16)。对靶向EGFR家族成员(见Bianco et al.(2007)Int.J.Biochem.Cell.Biol.39：1416-1431)，尤其EGFR和Her-2的强烈的兴趣，导致几种获得批准的靶向治疗剂。基于体外和体内测试模型中的有希望的临床前数据，临床试验中的结果多少令人失望，导致对其他家族成员，例如Her-3，以及下游信号转导通路成员的增加的兴趣。 
Her-3信号转导已关联到癌，且尤其是，Her-2/Her-3二聚体形成可对于过表达Her-2的肿瘤中增加的攻击关键，导致对抑制二聚体形成以及被Her-3活化的下游通路的靶向治疗剂的兴趣。Her-3尤其熟练于信号转导，因为其具有膦酸肌醇3’-激酶(PI3K)的6个结合位点，其进而活化蛋白激酶B(也称为AKT)。″PI3K/AKT″信号转导通路已显示在极其多样的的细胞活性(最显著是细胞增殖和存活)中需要，点燃了靶向Her-3以及下游信号转导通路成员以创建新靶向治疗剂或提升当前EGFR-家族靶向治疗剂的治疗性价值的兴趣(作为综述，见Stern(2008)J Mammary Gland Biol Neoplasia 13：215-223，Sithanandam and Anderson(2008)Cancer Gene Ther.15：413-448andArkin and Moasser(2008)Curr.Opin.Investig.Drugs 9：1264-1276)。 
在优选的实施方式中，是否癌是Her-2阳性通过IHC，FISH，CISH，定量mRNA，杂交阵列或 测定。在优选的实施方式中，确定Her-3水平使用IHC，FISH，CISH，定量mRNA，杂交阵列或 进行。在优选的实施方式中，方法还包括通过比较受试者癌中的Her-3量与预测定的截止值确定是否Her-3蛋白量低。在优选的实施方式中，方法还包括确定Her-3水平通过将Her-2-阳性患者样品组分为至少2个亚组，包括具有高Her-3量的一个亚组和至少一个具有低Her-3量的其他亚组，其中如果Her-3高，则患者不可能响应Her-2-靶向治疗，疾病的时间进程可能短和/或患者可能具有显著的事件。 
在优选的实施方式中，方法还包括确定不可能响应根据本发明的方法治疗的患Her-2阳性癌的受试者，然后给出给受试者施用有效量 的不同的治疗剂的治疗选项的医学专业性的建议。 
在第3方面，本发明针对结合Her-3的纯化的抗体。在优选的实施方式中，抗体是多克隆抗体或单克隆抗体。在优选的实施方式中，抗体是单克隆抗体。在优选的实施方式中，抗体是针对如实施例2和图2A所示的具有SEQ ID NO：1～8的肽之一产生的。在优选的实施方式中，抗体是包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：13，14和15分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ IDNO：16，17和18分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和/或包括下列轻链可变区和重链可变区的单克隆抗体：(a)轻链可变区，其包括具有SEQ ID NO：19，20和21分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和(b)重链可变区，其包括具有SEQ ID NO：22，23和24分别所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3(表1B)。在优选的实施方式中，抗体是具有表1A所示的分别SEQ ID NO：9和11的氨基酸序列的轻链和重链，和/或表1A所示的分别SEQ ID NO：10和12的轻链和重链的抗体。 
在优选的实施方式中，本发明针对编码抗体的DNA。编码单克隆抗体的DNA使用克隆领域技术人员通常已知的技术分离和测序。一旦分离，可将DNA连接到表达载体和转染进适当的宿主细胞以从培养的细胞获得重组抗体(见Plueckthun(1992)Immunological Rev.130：151-188)。 
本领域技术人员将认同可修饰抗体的氨基酸序列，及该修饰可期望增强抗体用于治疗，分析或诊断用途的性质。还将认同，可不略微渐小抗体的结合特征地通过插入，缺失或置换来改变这些抗体的一个或更多个氨基酸。例示氨基酸变化将为使用具有类似分子特征的氨基酸的置换(即保守性置换，例如，从以下亚组内改变氨基酸：芳族氨基酸，酸性氨基酸碱性的氨基酸或具有酰胺或硫的氨基酸)。可不略微改变分子完整性或结合特征地进行其他非-保守性置换或插入。而且，一些氨基酸变化或一批氨基酸变化将增强抗体性质，包括但不限于，更佳 的结合亲和性，更大的稳定性，(例如，对于蛋白酶的抗性)选择性和/或产生容易性。改变氨基酸序列和/或选择具有更佳性质的分子的方法为本领域技术人员已知。优选，在完整的抗体中，修饰后序列同一性程度是至少50％和更优选地，至少75％和最优选至少90～95％。各这些抗体期望在含盖的发明的范围之内。 
在优选的实施方式中，靶向Her-3的抗体可用于开发额外的靶向Her-3的分子。本文所述的抗体的修饰可期望改善质量，包括但不限于，增加效应子功能，降低免疫原性，增加稳定性，改良药理学性质，例如血清半衰期及辅助生产容易性和产率。各这些靶向的分子期望在含盖的发明的范围之内。 
在优选的实施方式中，人框架中包括本文所述的抗体的抗原结合区的人源化的抗体(见表1A)可用于治疗性应用。已报告用于人源化抗体的几种方法(见Jones等人(1986)Nature 321：522-525，Riechmann等人(1988)Nature 332：323-327和Verhoeyen等人(1988)Science239：1534-1536)。一般，通过计算机针对人轻链和重链可变结构域序列的整个库筛选可变结构域的非-人序列，以寻找最接近啮齿动物序列的人可变框架序列(见Sims et al.(1993)J.Immunol.151：2296-2308，Chothia et al.(1987)J.Mol.Biol.186：901-917)。或者，可使用共有框架(见Carter et al.(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：4285-4289and Presta et al.(1993)J.Immunol.151：2623-2632)。在优选的实施方式中，计算机-辅助的设计用于选择赋予稳定性和保留或改善结合特征的序列。各这些期望在含盖的发明的范围之内。 
在另一实施方式中，抗体CDR可用于创建结合Her-3中的相同的表位，但含在不是天然的抗体的框架之内的靶向的结合分子。例如，本领域技术人员将认同方法可用于创建框架可为抗体的部分(例如，scFv或F(ab’)2)的结合分子(分别见WO 93/16185和Carter et al.(1992)Bio/Technology 10：163-167)，各将其通过引用并入本文中。本领域技术人员也可认同，完全不相关的蛋白(例如细菌β-内酰胺酶)可恰当地展示结合结构域，以形成结合化合物。从此意义上来看，相关的 抗体，如本文中定义的，期望在本发明的范围之内。 
抗体可通过单独结合或通过其他性质(例如，酶促活性或毒性弹头)治疗性地作用。在一实施方式中，可修饰靶向的蛋白，以发挥治疗效果或经抗原-依赖性细胞-介导的细胞毒性(ADCC)或补体-依赖性细胞毒性(CDC)发挥更大的治疗效果。在另一实施方式中，毒素可缀合于抗体或靶向的蛋白。例示小分子毒素包括但不限于美坦辛，加利刹霉素和CC-1065(见，例如，Carter and Senter(2008)Cancer J.14：154-169)。此外，可将放射性标记物连接到抗体，以创建靶向治疗剂。也可将生物学毒素连接到靶向的蛋白和包括但不限于白喉毒素，假单胞菌属(Pseudomonas)外毒素，相思豆毒蛋白和蓖麻毒素(见Kreitman(2006)AAPS J.18：E532-551)。 
在进一步实施方式中，靶向的抗体(或其片段)可融合到酶用于抗体-导向的酶药物前体治疗(ADEPT；见Bagashawe(1987)Br.J.Cancer 58：700-703and Senter et al.(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85：4842-4846)。在另一实施方式中，抗体或靶向的蛋白可融合到分子，例如聚乙二醇，其增强药理学性质，例如血清半衰期(见Harris and Chess(2003)Nat.Rev.Drug Discov.2：214-221)。 
【实施例】
可参考以下非-限制实施例更佳理解本发明。 
【实施例1：表达变化的水平的HER3蛋白的稳定的细胞系的产生】 
将全长HER3(NM_001982.2)的可商购的eDNA(Origene Technologies，Inc.)用限制酶Not I和Xba I消化，并将得到的片段亚克隆到pcDNA.31Zeocin可选择的表达载体。将得到的质粒转化进细菌，并筛选以确证正确的插入。确证阳性克隆的序列，在细菌中扩增，并将质粒使用Qiagen Maxi-prep试剂盒纯化。人胚胎肾细胞(HEK-293)购自美国典型培养物保藏中心并于37℃、5％CO2维持于补充了10％FBS，1×青霉素-链霉素(100×是10,000U/ml青霉 素-G和10,000μg/ml链霉素)，及Glutamax(GIBCO)的DMEM中。转染前一天，使细胞分裂至约25～30％汇合及在无pen-strep的培养基中温育过夜。然后将细胞用Fugene HD(Roche)根据生产商的使用说明转染。次日将培养基用新鲜完全培养基取代，并在将400mg/mL Zeocin(Invitrogen)添加到完全培养基的48小时之前将细胞温育。通过在不含转染的质粒的野生型293细胞上使用变化的浓度的Zeocin进行杀伤曲线来测定Zeocin浓度。使用克隆环分离约16个Zeocin抗性克隆，并在液氮中冷冻。可将原克隆子集使用HER3-特异性ELISA试剂盒(R&D Systems，Inc)，根据制造商的使用说明成功地扩展和测试，并确证为过-表达HER3(图1)。如通过ELISA展示的一个具有高HER3表达的克隆(293-H3克隆1)选定为对照用于优化的测定。 
【实施例2：针对HER3的抗体的产生和筛选】 
具有对HER3的细胞质末端的表位特异性的HER3-特异性单克隆抗体(Ab-6)购自LabVision。根据之前描述的流程合成的和纯化 报告子(Pro11)和缀合链霉亲和素的亚甲蓝(“分子剪刀”)(见，例如，以上和美国专利7,105,308，将其通过引用并入本文中，包括任何附图)。抗体- 和抗体-生物素缀合物，即Ab6-Pro11和B9A11-生物素，使用硫-NHS-LC-LC-生物素(Pierce)作为接头根据生产商的流程制备，并通过HPLC(Agilent)纯化缀合产物。一系列专利抗体如下产生。将小鼠用固定的293克隆13细胞或代表含于HER3蛋白的c-端区之内的不同的表位的一系列肽免疫(图2A)。免疫期间，各小鼠经4周时期接受几次免疫。产生杂交瘤，并使用有限稀释分离克隆。通过一系列测定表征来自个体克隆的条件培养基，包括CellSpotTM或ELISA筛选，然后是放大，然后通过免疫组织化学(IHC)(图2B)，然后最后通过 技术使用任一化学释放方法(亚甲蓝)(图2C)或双抗体光照释放方法(图2D)进一步筛选。使用这些方法表现良好的几种抗体描述于图2A。一种尤其是，B9A11，是最稳健的和给出最佳动态范围和灵敏度，并推进到 开发如以下实施例5所述的最终形式的测定。 
【实施例3：通过FACS和ELISA由表达变化的水平的HER3的一组细胞系的块和FFPE切片的产生】 
具有变化的HER3蛋白表达的3种细胞系，MDA-MB-453，MDA-MB-468和SKOV-3购自美国典型细胞培养物保藏中心。将MDA-MB-453和MDA-MB-468细胞系于37℃和5％CO2保持在Dulbecco’s修饰的Eagle培养基(DMEM)，10％FBS，1×青霉素-链霉素和1×Glutamax中。SKOV3细胞于37℃和5％CO2保持在补充了10％FBS，1×青霉素-链霉素和1×Glutamax(GIBCO)的McCoy’s 5a培养基中。将293-H3克隆1细胞于37℃和5％CO2保持在补充了10％FBS，1×青霉素-链霉素和1×Glutamax的DMEM中。细胞在对于各细胞系至少10个500mm培养板上生长至接近汇合。去除培养基后，细胞用冷1×PBS洗涤一次，并将15mL的1×Pen-固定(Thermo科学)添加到各板。将细胞刮下来，及将细胞溶液于4℃固定过夜(＞16小时)。过夜固定后，细胞以3200×g离心15min。将细胞沉淀转移到橡胶O-环，用过滤纸包装和放入处理盒。用自动组织-Tek处理器处理。简言之，细胞沉淀暴露于增加浓度的醇，Clear-rite(二甲苯替代品)和石蜡。处理后，使用石蜡包埋站将沉淀包埋成块。用于细胞沉淀处理的全部溶剂获自Richard-Allen Scientific。使用流式细胞术通过以下方法测试所述部分的相同群的细胞的HER3受体数。由细胞制备物制备全细胞裂解产物，用于定量HER3受体水平的通过使用可商购的ELISA试剂盒和以下生产商的建议(人ErbB3-DuoSet ELISA；R&D systems)。用切片机(LEICA)切片7μm厚度的切片，并放在带正电的玻璃载玻片(VWR)上。载玻片风干30min和然后在设于70℃的加热炉烘烤1.5小时。全部样品载玻片保存于4℃用于将来测定。ELISA，流式细胞术，IHC和 的结果比较显示于图3。 
【实施例4：来自可商购的乳腺癌FFPE切片的切片的产生】 
FFPE乳腺癌块购自Asterand。用切片机(LEICA)切片5μm厚 度的切片，并放在带正电的玻璃载玻片(VWR)上。切片风干30min，然后在70℃炉中烘烤1.5小时。全部样品载玻片保存于4℃用于将来测定。之前切片的来自临床材料的乳腺肿瘤也用于这些研究。在玻璃载玻片上H&E染色的肿瘤的实施例显示于图4。 
【实施例5：在福尔马林固定的，石蜡包埋(FFPE)的细胞系和乳腺组织中的Her-3 测定】 
将FFPE样品使用一系列溶剂脱蜡/再水化。简言之，将载玻片依次浸入二甲苯(2×，5min)，100％乙醇(2×，5min)，70％乙醇(2×，5min)和去离子水(2×，5min)。在含250mL的1×DAKO(pH9.0)(Lab Vision)的载玻片支架中使用高压锅(Biocare)进行再水化样品的热-诱导的表位收回。于室温冷却30min后，将载玻片用去离子水润洗一次。在载玻片上使用疏水笔(Zymed)画疏水圈，以在载玻片上保留试剂。然后将样品用含1％小鼠血清，1.5％BSA和蛋白酶和磷酸酶抑制剂(Roche)在1×PBS中的混合剂的封闭缓冲液封闭1hr。用抽吸去除封闭缓冲液后，添加在封闭缓冲液中制备的缀合 的(Ab-6：LabVision，1μg/mL)和缀合生物素的(B9A11；Monogram专利，2μg/mL)抗体的混合物，将结合反应在湿润的室内于4℃伴着摇动温育过夜。吸入抗体混合剂，且将样品用在1×PBS中含0.25％TritonX-100的洗涤缓冲液洗涤，并添加2.5μg/mL浓度的1×PBS中的缀合链霉亲和素的亚甲蓝。于室温温育1小时后，吸去过量的链霉亲和素-亚甲蓝试剂，并将样品以洗涤缓冲液洗涤一次，然后是改成去离子水洗涤3次。将在0.01×PBS中含3pM荧光素和2CE内部标记物(MF和ML)的照射缓冲液添加到样品切片。结合的 于～4℃通过光活化的切割使用配备电子冷却部的室内LED阵列照明灯(Torrey Pine Scientific)释放。照射后，通过添加硼氢化钠将 中间体还原为可定量的形式。从以上载玻片上的组织切片收集含释放的 报告子的CE样品，并将CE样品中的释放的 报告子分离，并用ABI3130CE仪器(22cm毛细管阵列；Applied Biosystems)在6kV的CE注射条件下和 于30℃检测50s。临床实验室中H3T测定的通用的流程图显示于图5。 
【实施例6：CE峰分析，肿瘤面积标准化和批标准化】 
的鉴定和定量使用 Informer软件(见，例如，美国公开号2007-0203408-A1)进行。为分析原始CE电泳图谱中的 信号，2CE内部标记物，MF(第1标记物)和ML(最后标记物)，用于根据它们的相对于2种标记物的电泳迁移率或迁移时间，t鉴定 峰，即 鉴定的 峰然后通过对于各 的峰面积计算定量。为校正从组织切片 恢复中的变异性，及整个毛细管阵列的CE注射效率和/或检测灵敏度中的运行变异性，使荧光素(3pM)包括于照射缓冲液，及在各样品运行中作为内部参比对照共电泳。然后将各 峰的面积通过 峰( 峰面积)到内部荧光素峰(荧光素峰面积/3pM)的面积标准化而报道为RFU或RPA。此对于可变异的肿瘤样品定量为RPA＊IB vol/TA(＝相对峰面积乘以装载到样品切片的照射缓冲液体积(IB)；除以以mm2的肿瘤面积(RPA＊IB vol/TA＝pmole/L＊L/mm2＝pmole/mm2))。特别是， 报告子的CE荧光信号强度，或峰面积 以经时间整合的相对荧光单位(信号高度)(RFU-S/S)给出。相对峰面积 通过相应于已知的浓度(PAF)的内部荧光素标准标准化 峰面积 来测量，因此与所测的分析物初始浓度成比例。由于 测定信号是计量肿瘤含量的定量读数，临床样品之间 测定信号的精确的比较要求调节此参数中的差异。因此，对于样品 测定信号数据收集测量肿瘤含量，及肿瘤含量用于标准化 测定结果。需知，如果肿瘤样品非常小或非常大，则调整反应体积(即抗体体积，缀合链霉亲和素的亚甲蓝和照射缓冲液试剂)，及此调节以肿瘤含量标准化反映。对于迁移时间，荧光素，照射缓冲液和肿瘤面积调整 峰面积后，对照和样品通过使它们的调整的峰面积乘以相应计算的批 标准化因数(BNF)来标准化。各调整的RPA值乘以相应BNF，以获得标准化的RPA值。因为此标准化的RPA值通过定义无单位，其值以 单位表示。取对于给定样品的全部可报道的(不失效，及不饱和的)标准化的值的平均，以测定该样品的最终值。 
已开发了各质量控制检查，以确保数据是最高质量。 
1.荧光素溢出。有微量荧光素溢出的样品失效。荧光素范围通过使用调整的荧光素值+/-XX％的中位值计算。XX％值，一般20～40％，是可调整的，且与个体模板相关。样品峰失效如果峰的绝对高度＞7000U，称为饱和的峰。 
2.RPA必需大于或等于0.03。 
3.如果未稀释的转变的峰样品由于RPA＜0.03而失效，然后全部相应转变的峰稀释的样品也失效。 
4.至少2个转变的峰对照必需要求对于转变的峰批标准化的值以进行。 
5.具有差的痕量质量的样品或对照失效。 
6.如果仅照射缓冲液对照具有污染，样品可失效，如果痕量质量可被影响，例如，如果污染峰与释放的峰重叠。 
7.具有差的批标准化的批失效。 
8.具有异常地高批标准化因数的批失效。 
对于各样品， 测定后，进行H&E(苏木素和伊红)染色和评估，以保证有肿瘤细胞和以使估计肿瘤面积。使这些载玻片使用标准过程脱蜡，水合，染色，然后脱水和封固，之后显微镜检查。 
【实施例7：抗体浓度最优化，以增加动态范围】 
通过对跨测定的整个动态范围的细胞系组(293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDA-MB-468和SKOV3)改变 HER3总测定(如以上所述)中的终浓度来测定Ab-6和B9A11抗体的最佳浓度。然后将这些结果与基于自相同的细胞系FFPE块制备物的HER3流式细胞术和ELISA结果的期望的倍数变化比较。选择2mg/mL B9A11-生物素和1mg/mL的Ab-6Pro-11的最佳浓度用于表 现基于HER3的精确的检测，相比期望的倍数变化，相比ELISA和流式细胞术，在如图6中所示的此相同组细胞系中，其中圈住了B9A11对Ab-6的2∶1比。 
【实施例8：HER3总 测定的精确度】 
一批HER3总 测定使用3次成功的重复从4种良好-表征的细胞系(293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDA-MB468，MDA-MB-231和SKOV3)进行，然后与室内产生的流式细胞术和ELISA数据比较 测量的精确度。100％的结果匹配来自的流式细胞术和ELISA的室内数据，其中293H3-克隆1＞MDA-MB-453＞MDA-MB468＞SKOV3。在4种细胞系样品之任何的信号水平之间未观察到重叠，即各细胞系完全分离。通过ELISA和流式细胞术产生对HER3总水平的内部数据组。4种精确度细胞系的结果显示于图7。自HER3流式细胞术的结果非常类似于自HER3ELISA的结果，其中通过使用这些交叉-确认技术展示相同的等级次序保存。 
【实施例9：HER3总 测定的灵敏度】 
HER3总 测定的灵敏度通过将含低HER3表达对照细胞系，MDA-MB-468的8个重复的一批与低/阴性HER3表达对照细胞系，SKOV3的8个重复比较来测定。将MDA-MB-468的各重复的值通过配对比较与SKOV3重复相比，以测定灵敏度。MDA-MB-468和SKOV3之间的100％(64/64)的配对比较导致MDA-MB-468＞SKOV3(图8)。 
【实施例10：HER3总 测定的重复性】 
批间重复性通过对4种良好表征的细胞系(293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDA-MB-468和SKOV3)使用不同的仪表(CE，照明灯)，几种算子进行8个分离批的如以上所述的HER3总 测定，及进行测定经4周时期来测定。批标准化过程后，比较8批之间的数据，以测定重复性。动态范围之间的重复性在8～15％之间(见图9)。 
【实施例11：HER3总 测定的精确度】 
批内重复性通过进行HER3总 测定的1批/细胞系，以及比较各3种对照细胞系(293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDA-MB-468)的15个重复的表现来测定。配对比较由各批的15个重复组成，以测定测定精确度。95％的293H3-克隆1数据在1.2倍之内，100％的MDA-MB-453数据在1.23倍之内，及95％的MDA-MB-468数据在1.37倍之内。结果显示于图10。 
【实施例12：HER3总 测定的线性】 
HER3 结果的线性通过取良好-表征的细胞系对照293H3-克隆1，MDA-MB-453，MDA-MB-468，以及进行随后“切开”实验以创建具有以下尺寸1，1/2，1/4，1/16的FFPE切片来确定。然后将这些“切开”切片在H3T 测定中运行，并将最终截面积标准化的数据以配对方式比较，以了解相应于切片尺寸的测定线性(图11)。MDA-MB-453是降至原切片尺寸的约1/16的线性，而MDA-MB-468是降至原切片尺寸的大致1/2的线性。结果显示于图11。 
【实施例13：HER3总 测定的特异性】 
患者-来源的肿瘤样品和细胞系对照使用 HER3总测定和使用同种型对照抗体运行。对于HER3Ab-6-Pro11，匹配的同种型对照是IgG1-Pro11。对于HER3B9A11-生物素，匹配的同种型对照也是IgG1-生物素。来自这些反应的信号不是抗原-特异性的，及会代表非特异性背景。样品以各以下3种形式运行，且在相同的批之内并排运行： 
形式1：HER3Ab6-Pro11/B9A11-生物素(正常形式) 
形式2：HER2Ab6-Pro11/IgG1-生物素 
形式3：IgG1-Pro11/B9A11-生物素 
将自各IgG1形式(形式2和形式3)的样品结果与存在于各批的阴性对照，SKOV3相比(比较参数A)。也将样品结果与相应实际的HER3总信号(形式1)比较。结果显示于图12。 
【实施例14：临床乳腺肿瘤和动态范围的测量】 
研究群包括在一个学会在1999和2006年之间基于曲妥珠单抗的治疗期间预期地观察的患者(n＝105)(国际血清Her-2/neu研究组试验)。仅包括具有HER-2/neu-过表达(＞10％的肿瘤细胞IHC 3+，如通过HercepTest测定；DAKO诊断，Austria)和/或ERBB2-扩增的(具有在全部IHC 2+情况中强制性的阳性FISH测试)MBC的门诊患者(ECOG PS 0-2，龄＞18岁，估计的预期寿命＞12周)。此外，患者被要求是曲妥珠单抗-幼稚的，且具有治疗起始之前4周之内进展的二维可测量的疾病(排除之前照射的损伤)。来自的此研究组试验的样品在H3T 测定中以8个分离的批运行。对于各批，进行CE峰分析，以及肿瘤面积分析，以及将批随之标准化。在所述测定中运行超过105个患者样品，85个样品具有检测限以上的可测量的H3T水平，8个患者样品无可检测的肿瘤，1个样品呈现排除数据的荧光素失效，及最后有8个患者样品在测定的检测限以下，以及在H3T表达中被认为低/阴性。结果显示于图13。 
【实施例15：曲妥珠单抗应答的最佳截止值的确定】 
使用位置扫描分析，测定了最佳截止值，其中在统计学地显著的截止值以上的患者相比在此截止值以下的患者具有不利的进展用时间(TTP)(图14)。截止值是所测群的结果的中位值(0.158，HR＝2.3，p＝0.0004)。TTP定义为从含曲妥珠单抗的治疗起始到进展(SWOG)或潜意识抑制的时间，及OS被定义为从含曲妥珠单抗的治疗起始到死亡或潜意识抑制的时间。当观察此患者群中的总体存活时，无显著的截止值可测定，但是在使用0.158截止值的OS中有趋势(HR＝1.7；p＝0.059)。 
【实施例16：对于TTP的Kaplan Meier(KM)分析】 
之前报告的H2T截止值(logH2T≥1.14)用于将患者亚分为HER2-正常(N＝26，中位TTP＝4.1mos)和HER2-过表达(N＝55，中位TTP＝11.1mos，HR＝0.43，p＝0.0002)组。在HER2-过表达组中，如通过位置扫描指定的在最佳截止值以上的H3T表达水平(H3T＞0.158；图14)预测了相比在截止值以下的H3T表达(N＝30，中位TTP＝13.1 mos，HR＝2.7，p＝.0002)更短的中位进展用时间(N＝25，中位TTP＝6.1mos)。检查HER2-过表达亚-组的单变量Cox比例危险度分析将H3T(特定截止值以上对比以下)鉴定为TTP的最显著的预估(HR＝2.98，p＝0.0004)。这些结果显示于图15。 
【实施例17：其他恶性肿瘤中通过 的HER3总表达】 
对许多不同于乳腺癌(包括结肠，卵巢，滑膜肿瘤)的不同的恶性肿瘤进行H3T 测定(图16)。从全部这些具有以下范围等级次序的癌观察到类似动态范围：卵巢＞滑膜癌＞/＝结肠。这些肿瘤中的动态范围依赖于癌而跨0.5～1.5个对数。 
【实施例18：与P95关联的HER3和与曲妥珠单抗应答的相关性的测量】 
之前报告的P95截止值(US专利申请12/629,037)用于基于它们的HER3水平初始细分化后，进一步分划以上描述的HER-2过表达患者，以产生如图17所示的4个患者亚组。具有定义为在通过位置扫描预测的最佳截止值以下的低水平的P95和HER3的患者，相比其他任何亚组(对于趋势p＜0.0001的时间等级测试)具有更长中位进展用时间(TTP＝15.0mos)。具有高水平的P95和HER3的患者具有最短的中位进展用时间(TTP＝3.2mos)。结果显示于图17。 
【实施例19：HER2，HER3和P95以及与曲妥珠单抗应答的相关性的测量】 
将实施例17中的患者群通过它们如图18所示的HER2，P95和HER3水平亚分组。通过位置扫描方法指定为HER2-高，P95-低和HER3-低的患者相比具有高水平的HER2和高水平的HER3或P95或两者的患者具有更长进展用时间，后者与具有如通过H2T 测定测定的低HER2值的患者显示类似进展用时间。在具有正常HER2表达水平的亚组(H2Tlo)之内，FISH-阳性和FISH-阴性组经历类似进展用时间。 
本文所述的全部出版物和其他材料用于阐释本发明或提供有关实践的额外的细节，并通过引用整体并入本文。 

Claims (178)

1.Her-3抗体用于制备测量来自患者的样品中Her-3或复合物中的Her-3的量的试剂盒的用途，其中所述测量通过包括下列步骤的方法实施：
●将样品与所述Her-3抗体混合，其中所述Her-3抗体包括：
(a)抗体，其包含下述：
(i)轻链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:13，14和15所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和
(ii)重链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:16，17和18所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；或
(b)抗体，其包含下述：
(i)轻链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:19，20和21所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和
(ii)重链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:22，23和24所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；
●基于结合于所述样品的Her-3抗体的量确定样品中Her-3和/或复合物中的Her-3的量。
2.权利要求1的用途，其中样品包括FFPE样品。
3.权利要求1的用途，其中样品包括溶解的FFPE样品。
4.权利要求1的用途，其中样品包括肿瘤样品。
5.权利要求1的用途，其中样品包括乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，非-小细胞肺癌或胃癌的样品。
6.权利要求1的用途，其中样品包括乳腺癌样品。
7.权利要求1的用途，其中样品包括转移性癌样品。
8.权利要求1的用途，其中样品包括早期阶段乳腺癌样品。
9.权利要求1的用途，其中样品包括Her-2阳性癌样品。
10.权利要求1的用途，其中测量样品中Her-3的量包括使用免疫组织化学、杂交阵列或Vera测定来定量Her-3的量。
11.权利要求1的用途，其中测量样品中Her-3的量包括测量总Her-3蛋白、Her-3同源二聚体或Her-3异源二聚体中的至少一种。
12.权利要求1的用途，其中所述方法包括将下列物质混合：
(i)样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3；
(ii)接近探针，其能结合Her-3，所述接近探针具有有效接近距离，和
(iii)Her-3抗体，所述Her-3抗体有一种或多种信号转导分子附接于其上，
其中接近探针和Her-3抗体的在有效接近距离内的结合由与Her-3和/或复合物中的Her-3的量关联的分子标签产生信号。
13.权利要求12的用途，其中接近探针能特异性地与Her-3或至少一种其他分析物结合。
14.权利要求12的用途，其中
●接近探针包括具有切割-诱导部分的切割探针，且
●Her-3抗体具有通过可切割的连接附接到Her-3抗体的一种或多种分子标签，
其中可切割的连接在有效接近距离内可切割，产生与Her-3的存在和/或量关联的信号。
15.权利要求1的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括：
混合下列物质的步骤：
●样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3，
●Her-3抗体，
●第2结合化合物，所述第2结合化合物能够特异性地结合Her-3抗体，且已用对于检测有用的探针标记，以及
●检测结合到所述样品的探针的量。
16.权利要求1的用途，其中所述方法还包括检测至少一种其他生物标记。
17.权利要求16的用途，其中所述至少一种其他生物标记包括Her-2或p95。
18.权利要求17的用途，其中所述测量样品中Her-2的量包括测量总Her-2蛋白或Her-2同源二聚体中的至少一种。
19.权利要求9的用途，其中所述Her-2阳性的表征包括使用原位杂交、免疫组织化学、定量mRNA分析、杂交阵列或Vera测定来定量样品中Her-2的量。
20.Her-3抗体用于制备用于测量来自患者的样品中Her-3或复合物中的Her-3的量的试剂盒的用途，其中所述测量通过包括下列步骤的方法实施：
●将样品与所述Her-3抗体混合，其中所述Her-3抗体包括：
■具有分别具有SEQ ID NO:9和11的轻链和重链的氨基酸序列的抗体；或
■具有分别具有SEQ ID NO:10和12的轻链和重链的氨基酸序列的抗体；
●基于结合于所述样品的Her-3抗体的量确定样品中Her-3和/或复合物中的Her-3的量。
21.权利要求20的用途，其中所述样品包括FFPE样品。
22.权利要求20的用途，其中所述样品包括溶解的FFPE样品。
23.权利要求20的用途，其中所述样品包括肿瘤样品。
24.权利要求20的用途，其中所述样品包括乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，非-小细胞肺癌或胃癌。
25.权利要求20的用途，其中所述样品包括乳腺癌样品。
26.权利要求20的用途，其中所述样品包括转移性癌样品。
27.权利要求20的用途，其中所述样品包括早期阶段乳腺癌样品。
28.权利要求20的用途，其中所述样品包括Her-2阳性癌样品。
29.权利要求20的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括使用免疫组织化学、杂交阵列或Vera测定来定量Her-3的量。
30.权利要求20的用途，其中所述测量样品中的Her-3量包括测量总Her-3蛋白、Her-3同源二聚体或Her-3异源二聚体中的至少一种。
31.权利要求20的用途，其中所述方法包括将下列混合：
(i)样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3；
(ii)接近探针，其能结合Her-3，所述接近探针具有有效接近距离，和
(iii)Her-3抗体，所述Her-3抗体有一种或更多种信号转导分子附接于其上，
其中接近探针和Her-3抗体的在有效接近距离内的结合由与Her-3和/或复合物中的Her-3的量关联的分子标签产生信号。
32.权利要求31的用途，其中接近探针能特异性地与Her-3或至少一种其他分析物结合。
33.权利要求31的用途，其中
●接近探针包括具有切割-诱导部分的切割探针，且
●Her-3抗体具有通过可切割的连接附接到Her-3抗体的一种或更多种分子标签，
其中可切割的连接在有效接近距离内可切割，产生与Her-3的存在和/或量关联的信号。
34.权利要求20的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括混合下列的步骤：
●样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3，
●Her-3抗体，
●第2结合化合物，所述第2结合化合物能够特异性地结合Her-3抗体，且已用对于检测有用的探针标记，以及
●检测结合到所述样品的探针的量。
35.权利要求20的用途，其中所述方法还包括检测至少一种其他生物标记。
36.权利要求35的用途，其中所述至少一种其他生物标记包括Her-2或p95。
37.权利要求36的用途，其中测量样品中Her-2的量包括测量总Her-2蛋白或Her-2同源二聚体中的至少一种。
38.权利要求28的用途，其中所述Her-2阳性的表征包括使用原位杂交、免疫组织化学、定量mRNA分析、杂交阵列或Vera测定来定量样品中的Her-2的量。
39.Her-3抗体用于制备用于确定患癌受试者是否可能响应用靶向Her家族的制剂治疗，用于预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的疾病时间进程和/或用于预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的受试者的癌时间进程中的显著事件的概率的试剂盒的用途，其中所述确定和预测通过包括下列步骤的方法实施：
(a)使用Her-3抗体测量来自受试者癌的样品中的Her-3量，其中所述Her-3抗体包括：
■抗体，其包含下述：
(i)轻链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:13，14和15所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和
(ii)重链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:16，17和18所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；或
■抗体，其包含下述：
(i)轻链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:19，20和21所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和
(ii)重链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:22，23和24所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和
(b)通过比较样品中的Her-3量与预定的截止值来测定受试者样品中的Her-3量是否低，其中低Her-3是小于预定的截止值的量度；
(c)将在所述样品中测量的Her-3量与至少下列之一关联：
■确定受试者是否会响应用靶向Her家族的制剂治疗的相对可能性，
■预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的疾病时间进程，和/或
■预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的受试者的癌时间进程中的显著事件的概率；以及
(d)如果所述样品中的Her-3量低，相比所述样品中的Her-3量高的情况，则指示受试者：
■更可能响应靶向Her家族的制剂，
■在用靶向Her家族的制剂治疗期间更可能具有长时间进程，和/或
■在用靶向Her家族的制剂治疗期间欠可能具有显著事件。
40.权利要求39的用途，其中所述样品包括FFPE样品。
41.权利要求39的用途，其中所述样品包括溶解的FFPE样品。
42.权利要求39的用途，其中受试者癌包括：乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，非-小细胞肺癌或胃癌样品。
43.权利要求39的用途，其中受试者癌包括乳腺癌样品。
44.权利要求39的用途，其中受试者癌包括转移性癌样品。
45.权利要求39的用途，其中所述受试者癌包括早期阶段乳腺癌样品。
46.权利要求39的用途，其中所述受试者癌包括Her-2阳性癌样品。
47.权利要求39的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括使用免疫组织化学、杂交阵列或Vera测定来定量Her-3的量。
48.权利要求39的用途，其中所述测量样品中的Her-3量包括测量总Her-3蛋白、Her-3同源二聚体或Her-3异源二聚体中的至少一种。
49.权利要求39的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括将下列混合的步骤：
(i)样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3；
(ii)接近探针，其能结合Her-3，所述接近探针具有有效接近距离，和
(iii)Her-3抗体，所述Her-3抗体有一种或更多种信号转导分子附接于其上，
其中接近探针和Her-3抗体的在有效接近距离内的结合由与Her-3和/或复合物中的Her-3的量关联的分子标签产生信号。
50.权利要求49的用途，其中接近探针能特异性地与Her-3或至少一种其他分析物结合。
51.权利要求49的用途，其中
●接近探针包括具有切割-诱导部分的切割探针，且
●Her-3抗体具有通过可切割的连接附接到Her-3抗体的一种或更多种分子标签，
其中可切割的连接在有效接近距离内可切割，产生与Her-3的存在和/或量关联的信号。
52.权利要求39的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括：
混合下列的步骤：
●样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3，
●Her-3抗体，
●第2结合化合物，所述第2结合化合物能够特异性地结合Her-3抗体，且已用对于检测有用的探针标记，以及
●检测结合到所述样品的探针的量。
53.权利要求39的用途，其中所述方法还包括检测至少一种其他生物标记。
54.权利要求53的用途，其中所述至少一种其他生物标记包括Her-2或p95。
55.权利要求54的用途，其中测量样品中Her-2的量包括测量总Her-2蛋白或Her-2同源二聚体中的至少一种。
56.权利要求46的用途，其中所述Her-2阳性的表征包括使用原位杂交、免疫组织化学、定量mRNA分析、杂交阵列或Vera测定来定量样品中的Her-2的量。
57.权利要求39的用途，其中所述方法还包括测量来自受试者癌的样品中p95的量，其中如果p95和Her-3的表达量低，则受试者
●更可能响应靶向Her家族的制剂，
●在用靶向Her家族的制剂治疗期间更可能具有长时间进程，和/或
●在用靶向Her家族的制剂治疗期间欠可能具有显著事件。
58.权利要求39的用途，其中靶向Her家族的制剂包括多靶向或单靶向制剂。
59.权利要求39的用途，其中靶向Her家族的制剂包括单靶向制剂。
60.权利要求39的用途，其中靶向Her家族的制剂包括靶向Her-2的制剂或靶向Her-3的制剂中的至少一种。
61.权利要求39的用途，其中靶向Her家族的制剂包括双激酶抑制剂或双特异性抗体。
62.权利要求39的用途，其中靶向Her家族的制剂包括下列中的至少一种：曲妥珠单抗，拉帕替尼或培妥珠单抗。
63.权利要求39的用途，其中响应的可能性，具有长时间进程的可能性和/或具有显著事件的可能性使用RECIST标准测量为下列中的至少一种：总体存活率，进展用时间，无疾病存活，无进展存活，远期复发用时间，危害比和/或对象肿瘤应答或临床益处。
64.Her-3抗体用于制备用于确定患癌受试者是否可能响应用靶向Her家族的制剂治疗，用于预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的疾病时间进程和/或用于预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的受试者的癌时间进程中的显著事件的概率的试剂盒的用途，其中所述确定和预测通过包括下列步骤的方法实施：
(a)使用Her-3抗体测量来自受试者癌的样品中的Her-3量，其中所述Her-3抗体包括：
■具有分别具有SEQ ID NO:9和11的轻链和重链的氨基酸序列的抗体；或
■具有分别具有SEQ ID NO:10和12的轻链和重链的氨基酸序列的抗体；和
(b)通过比较样品中的Her-3量与预定的截止值来测定受试者样品中的Her-3量是否低，其中低Her-3是小于预定的截止值的量度；
(c)将在所述样品中测量的Her-3量与至少下列之一关联：
■确定受试者是否会响应用靶向Her家族的制剂治疗的相对可能性，
■预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的疾病时间进程，和/或
■预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的受试者的癌时间进程中的显著事件的概率；以及
(d)如果所述样品中的Her-3量低，相比所述样品中的Her-3量高的情况，则指示受试者：
■更可能响应靶向Her家族的制剂，
■在用靶向Her家族的制剂治疗期间更可能具有长时间进程，和/或
■在用靶向Her家族的制剂治疗期间欠可能具有显著事件。
65.权利要求64的用途，其中所述样品包括FFPE样品。
66.权利要求64的用途，其中所述样品包括溶解的FFPE样品。
67.权利要求64的用途，其中受试者癌包括：乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，非-小细胞肺癌或胃癌样品。
68.权利要求64的用途，其中受试者癌包括乳腺癌样品。
69.权利要求64的用途，其中受试者癌包括转移性癌样品。
70.权利要求64的用途，其中所述受试者癌包括早期阶段乳腺癌样品。
71.权利要求64的用途，其中所述受试者癌包括Her-2阳性癌样品。
72.权利要求64的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括使用免疫组织化学、杂交阵列或Vera测定来定量Her-3的量。
73.权利要求64的用途，其中所述测量样品中的Her-3量包括测量总Her-3蛋白、Her-3同源二聚体或Her-3异源二聚体中的至少一种。
74.权利要求64的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括将下列混合的步骤：
(i)样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3；
(ii)接近探针，其能结合Her-3，所述接近探针具有有效接近距离，和
(iii)Her-3抗体，所述Her-3抗体有一种或更多种信号转导分子附接于其上，
其中接近探针和Her-3抗体的在有效接近距离内的结合由与Her-3和/或复合物中的Her-3的量关联的分子标签产生信号。
75.权利要求64的用途，其中接近探针能特异性地与Her-3或至少一种其他分析物结合。
76.权利要求64的用途，其中
●接近探针包括具有切割-诱导部分的切割探针，且
●Her-3抗体具有通过可切割的连接附接到Her-3抗体的一种或更多种分子标签，
其中可切割的连接在有效接近距离内可切割，产生与Her-3的存在和/或量关联的信号。
77.权利要求64的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括：
混合下列的步骤：
●样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3，
●Her-3抗体，
●第2结合化合物，所述第2结合化合物能够特异性地结合Her-3抗体，且已用对于检测有用的探针标记，以及
●检测结合到所述样品的探针的量。
78.权利要求64的用途，其中所述方法还包括检测至少一种其他生物标记。
79.权利要求78的用途，其中所述至少一种其他生物标记包括Her-2或p95。
80.权利要求79的用途，其中测量样品中Her-2的量包括测量总Her-2蛋白或Her-2同源二聚体中的至少一种。
81.权利要求71的用途，其中所述Her-2阳性的表征包括使用原位杂交、免疫组织化学、定量mRNA分析、杂交阵列或Vera测定来定量样品中的Her-2的量。
82.权利要求64的用途，其中所述方法还包括测量来自受试者癌的样品中p95的量，其中如果p95和Her-3的表达量低，则受试者
●更可能响应靶向Her家族的制剂，
●在用靶向Her家族的制剂治疗期间更可能具有长时间进程，和/或
●在用靶向Her家族的制剂治疗期间欠可能具有显著事件。
83.权利要求64的用途，其中靶向Her家族的制剂包括多靶向或单靶向制剂。
84.权利要求64的用途，其中靶向Her家族的制剂包括单靶向制剂。
85.权利要求64的用途，其中靶向Her家族的制剂包括靶向Her-2的制剂或靶向Her-3的制剂中的至少一种。
86.权利要求64的用途，其中靶向Her家族的制剂包括双激酶抑制剂或双特异性抗体。
87.权利要求64的用途，其中靶向Her家族的制剂包括下列中的至少一种：曲妥珠单抗，拉帕替尼或培妥珠单抗。
88.权利要求64的用途，其中响应的可能性，具有长时间进程的可能性和/或具有显著事件的可能性使用RECIST标准测量为下列中的至少一种：总体存活率，进展用时间，无疾病存活，无进展存活，远期复发用时间，危害比和/或对象肿瘤应答或临床益处。
89.抗体，其包括：
●轻链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:13，14和15所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和
●重链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:16，17和18所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；或
●轻链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:19，20和21所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和
●重链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:22，23和24所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3。
90.抗体，其包括：
●具有分别具有SEQ ID NO:9和11的轻链和重链的氨基酸序列的抗体；或
●具有分别具有SEQ ID NO:10和12的轻链和重链的氨基酸序列的抗体。
91.Her-3抗体用于制备制剂的用途，所述制剂用于测量和/或定量来自患者的样品中Her-3或复合物中的Her-3的存在和/或量，所述测量和/或定量通过包括下列步骤的方法实施：
●将样品与Her-3抗体混合，其中所述Her-3抗体包括：
■抗体，其包含下述：
(i)轻链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:13，14和15所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和
(ii)重链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:16，17和18所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；或
■抗体，其包含下述：
(i)轻链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:19，20和21所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和
(ii)重链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:22，23和24所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和
●基于结合于所述样品的Her-3抗体的量确定样品中Her-3和/或复合物中的Her-3的存在和/或量。
92.权利要求91的用途，其中样品包括FFPE样品。
93.权利要求91的用途，其中样品包括溶解的FFPE样品。
94.权利要求91的用途，其中样品包括肿瘤样品。
95.权利要求91的用途，其中样品包括：乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，非-小细胞肺癌或胃癌样品。
96.权利要求91的用途，其中样品包括乳腺癌样品。
97.权利要求91的用途，其中样品包括转移性癌样品。
98.权利要求91的用途，其中样品包括早期阶段乳腺癌样品。
99.权利要求91的用途，其中样品包括Her-2阳性癌样品。
100.权利要求91的用途，其中测量样品中Her-3的量包括使用免疫组织化学、杂交阵列或Vera测定来定量Her-3的量。
101.权利要求91的用途，其中测量样品中Her-3的量包括测量总Her-3蛋白、Her-3同源二聚体或Her-3异源二聚体中的至少一种。
102.权利要求91的用途，其中所述方法包括将下列物质混合：
(i)样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3；
(ii)接近探针，其能结合Her-3，所述接近探针具有有效接近距离，和
(iii)Her-3抗体，所述Her-3抗体有一种或多种信号转导分子附接于其上，
其中接近探针和Her-3抗体的在有效接近距离内的结合由与Her-3和/或复合物中的Her-3的量关联的分子标签产生信号。
103.权利要求102的用途，其中接近探针能特异性地与Her-3或至少一种其他分析物结合。
104.权利要求102的用途，其中
●接近探针包括具有切割-诱导部分的切割探针，且
●Her-3抗体具有通过可切割的连接附接到Her-3抗体的一种或更多种分子标签，
其中可切割的连接在有效接近距离内可切割，产生与Her-3的存在和/或量关联的信号。
105.权利要求91的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括：
混合下列的步骤：
●样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3，
●Her-3抗体，
●第2结合化合物，所述第2结合化合物能够特异性地结合Her-3抗体，且已用对于检测有用的探针标记，以及
●检测结合到所述样品的探针的量。
106.权利要求91的用途，其中所述方法还包括检测至少一种其他生物标记。
107.权利要求106的用途，其中所述至少一种其他生物标记包括Her-2或p95。
108.权利要求107的用途，其中Her-2的测量包括测量总Her-2蛋白或Her-2同源二聚体中的至少一种。
109.权利要求99的用途，其中所述Her-2阳性的表征包括使用原位杂交、免疫组织化学、定量mRNA分析、杂交阵列或Vera测定来定量样品中的Her-2的量。
110.Her-3抗体用于制备制剂的用途，所述制剂用于测量和/或定量来自患者的样品中Her-3或复合物中的Her-3的存在和/或量，所述测量和/或定量通过包括下列步骤的方法实施：
●将样品与Her-3抗体混合，其中所述Her-3抗体包括：
■具有分别具有SEQ ID NO:9和11的轻链和重链的氨基酸序列的抗体；或
■具有分别具有SEQ ID NO:10和12的轻链和重链的氨基酸序列的抗体；和
●基于结合于所述样品的Her-3抗体的量确定样品中Her-3和/或复合物中的Her-3的存在和/或量。
111.权利要求110的用途，其中样品包括FFPE样品。
112.权利要求110的用途，其中样品包括溶解的FFPE样品。
113.权利要求110的用途，其中样品包括肿瘤样品。
114.权利要求110的用途，其中样品包括：乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，非-小细胞肺癌或胃癌样品。
115.权利要求110的用途，其中样品包括乳腺癌样品。
116.权利要求110的用途，其中样品包括转移性癌样品。
117.权利要求110的用途，其中样品包括早期阶段乳腺癌样品。
118.权利要求110的用途，其中样品包括Her-2阳性癌样品。
119.权利要求110的用途，其中测量样品中Her-3的量包括使用免疫组织化学、杂交阵列或Vera测定来定量Her-3的量。
120.权利要求110的用途，其中测量样品中Her-3的量包括测量总Her-3蛋白、Her-3同源二聚体或Her-3异源二聚体中的至少一种。
121.权利要求110的用途，其中所述方法包括将下列物质混合：
(i)样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3；
(ii)接近探针，其能结合Her-3，所述接近探针具有有效接近距离，和
(iii)Her-3抗体，所述Her-3抗体有一种或多种信号转导分子附接于其上，
其中接近探针和Her-3抗体的在有效接近距离内的结合由与Her-3和/或复合物中的Her-3的量关联的分子标签产生信号。
122.权利要求121的用途，其中接近探针能特异性地与Her-3或至少一种其他分析物结合。
123.权利要求121的用途，其中
●接近探针包括具有切割-诱导部分的切割探针，且
●Her-3抗体具有通过可切割的连接附接到Her-3抗体的一种或更多种分子标签，
其中可切割的连接在有效接近距离内可切割，产生与Her-3的存在和/或量关联的信号。
124.权利要求110的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括：
混合下列的步骤：
●样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3，
●Her-3抗体，
●第2结合化合物，所述第2结合化合物能够特异性地结合Her-3抗体，且已用对于检测有用的探针标记，以及
●检测结合到所述样品的探针的量。
125.权利要求110的用途，其中所述方法还包括检测至少一种其他生物标记。
126.权利要求125的用途，其中所述至少一种其他生物标记包括Her-2或p95。
127.权利要求126的用途，其中Her-2的测量包括测量总Her-2蛋白或Her-2同源二聚体中的至少一种。
128.权利要求118的用途，其中所述Her-2阳性的表征包括使用原位杂交、免疫组织化学、定量mRNA分析、杂交阵列或Vera测定来定量样品中的Her-2的量。
129.Her-3抗体用于制备用于确定患癌受试者是否可能响应用靶向Her家族的制剂治疗，用于预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的疾病时间进程和/或用于预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的受试者的癌时间进程中的显著事件的概率的试剂的用途，其中所述确定和预测通过包括下列步骤的方法实施：
(a)使用Her-3抗体测量来自受试者癌的样品中的Her-3量，其中所述Her-3抗体包括：
■抗体，其包含：
(i)轻链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:13，14和15所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和
(ii)重链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:16，17和18所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；或
■抗体，其包含：
(i)轻链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:19，20和21所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3，和
■(ii)重链可变区，其包括分别具有SEQ ID NO:22，23和24所示的序列的CDR1，CDR2和CDR3；和
(b)通过比较样品中的Her-3量与预定的截止值来测定来自受试者癌的样品中的Her-3量是否低，其中低Her-3是小于预定的截止值的量度；
(c)将在所述样品中测量的Her-3量与至少下列之一关联：
■确定所述受试者是否会响应用靶向Her家族的制剂治疗的相对可能性，
■预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的疾病时间进程，和/或
■预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的受试者的癌时间进程中的显著事件的概率；以及
(d)如果所述样品中的Her-3量低，相比所述样品中的Her-3量高的情况，则指示受试者：
■更可能响应靶向Her家族的制剂，
■在用靶向Her家族的制剂治疗期间更可能具有长时间进程，和/或
■在用靶向Her家族的制剂治疗期间欠可能具有显著事件。
130.权利要求129的用途，其中样品包括FFPE样品。
131.权利要求129的用途，其中样品包括溶解的FFPE样品。
132.权利要求129的用途，其中受试者癌包括：乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，非-小细胞肺癌或胃癌样品。
133.权利要求129的用途，其中受试者癌包括乳腺癌样品。
134.权利要求129的用途，其中受试者癌包括转移性癌样品。
135.权利要求129的用途，其中所述受试者癌包括早期阶段乳腺癌样品。
136.权利要求129的用途，其中所述受试者癌包括Her-2阳性癌样品。
137.权利要求129的用途，其中测量样品中Her-3的量包括使用免疫组织化学、杂交阵列或Vera测定来定量Her-3的量。
138.权利要求129的用途，其中测量样品中Her-3的量包括测量总Her-3蛋白、Her-3同源二聚体或Her-3异源二聚体中的至少一种。
139.权利要求129的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括将下列混合的步骤：
(i)样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3；
(ii)接近探针，其能结合Her-3，所述接近探针具有有效接近距离，和
(iii)Her-3抗体，所述Her-3抗体有一种或多种信号转导分子附接于其上，
其中接近探针和Her-3抗体的在有效接近距离内的结合由与Her-3和/或复合物中的Her-3的量关联的分子标签产生信号。
140.权利要求139的用途，其中接近探针能特异性地与Her-3或至少一种其他分析物结合。
141.权利要求139的用途，其中
●接近探针包括具有切割-诱导部分的切割探针，且
●Her-3抗体具有通过可切割的连接附接到Her-3抗体的一种或多种分子标签，
其中可切割的连接在有效接近距离内可切割，产生与Her-3的存在和/或量关联的信号。
142.权利要求129的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括：
混合下列物质的步骤：
●样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3，
●Her-3抗体，
●第2结合化合物，所述第2结合化合物能够特异性地结合Her-3抗体，且已用对于检测有用的探针标记，以及
●检测结合到所述样品的探针的量。
143.权利要求129的用途，其中所述方法还包括检测至少一种其他生物标记。
144.权利要求143的用途，其中所述至少一种其他生物标记包括Her-2或p95。
145.权利要求144的用途，其中Her-2的测量包括测量总Her-2蛋白或Her-2同源二聚体中的至少一种。
146.权利要求136的用途，其中所述Her-2阳性的表征包括使用原位杂交、免疫组织化学、定量mRNA分析、杂交阵列或Vera测定来定量样品中的Her-2的量。
147.权利要求129的用途，其中所述方法还包括测量来自受试者癌的样品中p95的量，其中如果p95和Her-3的表达量低，则受试者
●更可能响应靶向Her家族的制剂，
●在用靶向Her家族的制剂治疗期间更可能具有长时间进程，和/或
●在用靶向Her家族的制剂治疗期间欠可能具有显著事件。
148.权利要求129的用途，其中靶向Her家族的制剂包括多靶向或单靶向制剂。
149.权利要求129的用途，其中靶向Her家族的制剂包括单靶向制剂。
150.权利要求129的用途，其中靶向Her家族的制剂包括靶向Her-2的制剂或靶向Her-3的制剂中的至少一种。
151.权利要求129的用途，其中靶向Her家族的制剂包括双激酶抑制剂或双特异性抗体。
152.权利要求129的用途，其中靶向Her家族的制剂包括下列中的至少一种：曲妥珠单抗，拉帕替尼或培妥珠单抗。
153.权利要求129的用途，其中响应的可能性，具有长时间进程的可能性和/或具有显著事件的可能性使用RECIST标准测量为下列中的至少一种：总体存活率，进展用时间，无疾病存活，无进展存活，远期复发用时间，危害比和/或对象肿瘤应答或临床益处。
154.Her-3抗体用于制备用于确定患癌受试者是否可能响应用靶向Her家族的制剂治疗，用于预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的疾病时间进程和/或用于预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的受试者的癌时间进程中的显著事件的概率的试剂的用途，其中所述确定和预测通过包括下列步骤的方法实施：
(a)使用Her-3抗体测量来自受试者癌的样品中的Her-3量，其中所述Her-3抗体包括：
■具有分别具有SEQ ID NO:9和11的轻链和重链的氨基酸序列的抗体；或
■具有分别具有SEQ ID NO:10和12的轻链和重链的氨基酸序列的抗体；和
(b)通过比较样品中的Her-3量与预定的截止值来测定来自受试者癌的样品中的Her-3量是否低，其中低Her-3是小于预定的截止值的量度；
(c)将在所述样品中测量的Her-3量与至少下列之一关联：
■确定所述受试者是否会响应用靶向Her家族的制剂治疗的相对可能性，
■预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的疾病时间进程，和/或
■预测在用靶向Her家族的制剂治疗期间的受试者的癌时间进程中的显著事件的概率；以及
(d)如果所述样品中的Her-3量低，相比所述样品中的Her-3量高的情况，则指示受试者：
■更可能响应靶向Her家族的制剂，
■在用靶向Her家族的制剂治疗期间更可能具有长时间进程，和/或
■在用靶向Her家族的制剂治疗期间欠可能具有显著事件。
155.权利要求154的用途，其中样品包括FFPE样品。
156.权利要求154的用途，其中样品包括溶解的FFPE样品。
157.权利要求154的用途，其中受试者癌包括：乳腺癌，结直肠癌，卵巢癌，非-小细胞肺癌或胃癌样品。
158.权利要求154的用途，其中受试者癌包括乳腺癌样品。
159.权利要求154的用途，其中受试者癌包括转移性癌样品。
160.权利要求154的用途，其中所述受试者癌包括早期阶段乳腺癌样品。
161.权利要求154的用途，其中所述受试者癌包括Her-2阳性癌样品。
162.权利要求154的用途，其中测量样品中Her-3的量包括使用免疫组织化学、杂交阵列或Vera测定来定量Her-3的量。
163.权利要求154的用途，其中测量样品中Her-3的量包括测量总Her-3蛋白、Her-3同源二聚体或Her-3异源二聚体中的至少一种。
164.权利要求154的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括将下列混合的步骤：
(i)样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3；
(ii)接近探针，其能结合Her-3，所述接近探针具有有效接近距离，和
(iii)Her-3抗体，所述Her-3抗体有一种或多种信号转导分子附接于其上，
其中接近探针和Her-3抗体的在有效接近距离内的结合由与Her-3和/或复合物中的Her-3的量关联的分子标签产生信号。
165.权利要求164的用途，其中接近探针能特异性地与Her-3或至少一种其他分析物结合。
166.权利要求164的用途，其中
●接近探针包括具有切割-诱导部分的切割探针，且
●Her-3抗体具有通过可切割的连接附接到Her-3抗体的一种或多种分子标签，
其中可切割的连接在有效接近距离内可切割，产生与Her-3的存在和/或量关联的信号。
167.权利要求154的用途，其中所述测量样品中Her-3的量包括：
混合下列物质的步骤：
●样品，其可含Her-3和/或复合物中的Her-3，
●Her-3抗体，
●第2结合化合物，所述第2结合化合物能够特异性地结合Her-3抗体，且已用对于检测有用的探针标记，以及
●检测结合到所述样品的探针的量。
168.权利要求154的用途，其中所述方法还包括检测至少一种其他生物标记。
169.权利要求168的用途，其中所述至少一种其他生物标记包括Her-2或p95。
170.权利要求169的用途，其中Her-2的测量包括测量总Her-2蛋白或Her-2同源二聚体中的至少一种。
171.权利要求161的用途，其中所述Her-2阳性的表征包括使用原位杂交、免疫组织化学、定量mRNA分析、杂交阵列或Vera测定来定量样品中的Her-2的量。
172.权利要求154的用途，其中所述方法还包括测量来自受试者癌的样品中p95的量，其中如果p95和Her-3的表达量低，则受试者
●更可能响应靶向Her家族的制剂，
●在用靶向Her家族的制剂治疗期间更可能具有长时间进程，和/或
●在用靶向Her家族的制剂治疗期间欠可能具有显著事件。
173.权利要求154的用途，其中靶向Her家族的制剂包括多靶向或单靶向制剂。
174.权利要求154的用途，其中靶向Her家族的制剂包括单靶向制剂。
175.权利要求154的用途，其中靶向Her家族的制剂包括靶向Her-2的制剂或靶向Her-3的制剂中的至少一种。
176.权利要求154的用途，其中靶向Her家族的制剂包括双激酶抑制剂或双特异性抗体。
177.权利要求154的用途，其中靶向Her家族的制剂包括下列中的至少一种：曲妥珠单抗，拉帕替尼或培妥珠单抗。
178.权利要求154的用途，其中响应的可能性，具有长时间进程的可能性和/或具有显著事件的可能性使用RECIST标准测量为下列中的至少一种：总体存活率，进展用时间，无疾病存活，无进展存活，远期复发用时间，危害比和/或对象肿瘤应答或临床益处。
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